Systeembiologie deeltoets 1

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over het 1e hoofdstuk uit de reader. Begrippen die hierin naar voren komen, zijn: wetenschappelijke cyclus, database, data, crAssphage, datasets, data-driven discoveries, nulhypothese, Google, top down, bottom up, ISCB, fourth paradigm, FAIR da...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over het tweede hoofdstuk uit de reader van systeembiologie. In deze samenvatting worden veel voorbeelden gebruikt om de werkwijze van R duidelijk te maken. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: computers, modulaire architectuur, R, logical...

Dit is een samenvatting van de kennisclip over het berekenen van afstanden tussen vectoren volgens verschillende methodes, zoals de Manhattan distance en Euclidean distance. Andere begrippen die naar voren komen, zijn afstandsmatrix, Pythagoras, vectoren, magnitude, patroon, correlatie, Pearson, sim...

Dit is een samenvatting van de kennisclip over file formats. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fasta files, file extension, Phred score, ASCII tabel, fastq files, metadata, Genbank, tab-separated values, TSV, compressed files etc.

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 3 uit de reader: dimensies in data. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heatmap, weefselexpressie, expressiepatroon, vector, magnitude, distance matrix, data visualiseren, principale componenten, PC, PCA, co-expressie, m...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 4 uit de reader: fylogenetische bomen. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fylogenie, fylogenetische bomen, tips, nodes, root, moleculaire klok, evolutionaire afstand, topologie, branch support, parsimonie, ortholoog, paral...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 5 uit de reader: conservatie. Onderwerpen die hierin vermeld staan, zijn: evolutie, mutatie, conservering, substitutie, insertie, deletie, indel, inversie, duplicatie, HGT, conjugatie, transformatie, transductie, low complexity r...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 6 uit de reader: kwantificeren van sequentie similarity. Er zijn twee gedeeltes geel gemarkeerd, omdat ik daar maandag bij het hoorcollege nog vragen over heb. Onderwerpen die aan bod komen, zijn: similarity, fylogenetische boom,...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 7 uit de reader: algoritmes voor sequentie alignments. Onderwerpen die naar voren komen, zijn: algoritme, alignment, local alignment, global alignment, identity, alignment matrix, gap penalty, model van evolutie, gap open penalty...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 8 uit de reader. In het geel staan dingen gemarkeerd die nog niet helemaal duidelijk zijn. Daar verwacht na het hoorcollege van maandag meer duidelijkheid over te geven. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heuristieken, ...

Dit is een uitgebreide samenvatting van hoofdstuk 9 uit de reader: phylogenetic interference. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: fylogenetische interferentie, fylogenetische resolutie, distance-based, model-based, boom bouwen, UPGMA, multifurcating branch, root, ultrametric, evolutie, NJ, ne...

Dit is een samenvatting van het onderwerp permutatie statistieken. De volgende begrippen komen aan bod: statistiek, data permutatie, score, P-waarde, E-waarde etc.

Dit is een uitwerking van de DWO opgaven over kansberekening die deel uitmaken van systeembiologie. Hierin wordt per opgave uitgelegd waarom het bijbehorende antwoord klopt.