Zusammenfassung
Samenvatting Molmic
- Kurs
- Hochschule
Deze samenvatting is bedoeld voor studenten die de specialisatie microbiologie volgen.
[ Mehr anzeigen ]vorschau 4 aus 45 Seiten
Vorschau 4 aus 45 Seiten
In den Einkaufswagen
In den Einkaufswagen
Verkäufer
Folgen
manarlzz
Inhaltsvorschau
Samenvatting moleculaire microbiologieLes 1 en 2
Klassieke technieken:
- Morfologie
- Bacterie kleuringen
- Groei op kweekmedia onder verschillende laboratorium condities
- Fenotypering op basis van biologische kenmerken (identificatie: bonte rij, Api)
- Nadeel van klassieke technieken is dat het veel tijd kost. Bacteriën moeten groeien
etc.
Moderne technieken:
- Rt PCR: amplificatie (qPCR is kwanitifactie)
- Sequencing
- Maldi-TOF
- Microscopie
- Andere testen zoals: hybridisatie (array), serologische testen (ELISA, agglutinatie
testen etc.)
Moleculaire technieken – mijlpalen:
- James Watson en Francis Crick (1953): Ontrafeling dubbele helix structuur (Nobelprijs
1962)
- Fred Sanger (1975): Ontwikkeling efficiënte sequence methodiek (Nobelprijs 1980)
- Kary Mullis (1983): Uitvinding Polymerase Chain Reaction (Nobelprijs 1994)
- Roche 1992: Eerste commerciële moleculaire tests
Je begint bij het samplen van virus/bacterie, zodat je DNA krijgt. Bij bacterieonderzoek wordt
gebruik gemaakt van 16s RNA. Het is een onderdeel van ribosoom. Je kan het goed
gebruiken voor identificatie van soorten.
PCR en Q-PCR:
o Gebruikt als identificatiemethode op een moleculair lab
- Soort-specifieke amplificatie van 16s rRNA gen
- Amplificatie van soort-specifieke genen (virulentie factoren)
- Amplificatie van familie-specifieke DNA fragmenten (‘’huishoudgenen’’)
- Amplificatie van resistentie-genen
- Amplificatie van het hele genoom
,DNA nucleotiden:
- Fosfaatgroep
- Suikergroep (deoxyribose)
- Stikstofbase (A,G,C, T)
- Purines: Adenine en Guanine
- Pyrimidines: Thymine en Cytosine
- 3 nucleotiden: een triplet of codon (coderen voor een specifiek aminozuur)
- Aminozuren zijn de bouwstenen van eiwitten
Chemische structuur DNA:
- Lange, dubbele helix met suiker (deoxyribose) en fosfaat buitenstructuur. Basen aan
de binnenzijde.
- Gestabiliseerd door waterstofbruggen tussen de basen.
- Strengen in tegenovergestelde richting en anti-parallel (reverse complement).
DNA:
- Een purine (A en G) bindt altijd met een pyrimidine (C en T) base (behoudt de
structuur).
- Adenine bindt aan thymine met twee waterstofbruggen.
- Guanine bindt aan cytosine met drie waterstofbruggen.
2
,Verschil DNA en RNA:
- DNA heeft deoxyribose, RNA heeft ribose
- DNA heeft 2 strengen, RNA heeft 1 streng
- DNA heeft thymine, RNA heeft uracil
Reverse transcriptase:
- Er ontstaat een DNA-RNA hybride
- Reverse transcriptase: an enzyme binds to oligo (nucleotidensequentie met een
beperkt aantal nucleotiden) dT primer and synthesis the cDNA (DNA dat door
reverse-transcriptase uit mRNA is verkregen; bevat geen introns of
signaalsequenties) by adding dNTPs.
- RNA hybrid formation: first – strand cDNA synthesis
Essentiële ingrediënten PCR-mix:
- Target DNA (gezuiverd)
- Alle 4 de dNTPs
o 20-200 micrometer van alle 4 de dNTPs
o Een te hoge concentratie kan synthesefouten veroorzaken
- PCR-buffer
o Tris-HCL buffer van pH=7,8 is optimaal
o Optioneel zijn Tween (stabilisteert Taq), BSA en eenwaardige ionen
- Taq-DNA polymerase (Thermus aquaticus)
o Essentieël: hittestabiel
o Snelle synthese
o Gevoelig voor allerlei remmende stoffen
o Géén 3’-5’ exonuclease activiteit, dus géén proofreading
- MgCl2, essentiële co-factor voor Taq en heeft stabiliserend effect
3
, - Primers
o Ongeveer tussen de 18-25 nucleotiden lang
o Primerpaar: vergelijkbaar hoog GC gehalte (40% tot 70%)
o Primerpaar: ongeveer dezelfde annealing temperatuur
o Géén baseparing mogelijk in de primer zelf of tussen twee primrs (primer-
dimeer)
o Amplicon (piece of DNA or RNA that is the source and/or product of
amplification or replication events) bij voorkeur 75-200 basenparen.
Hoogste efficiëntie
o Smelttemperatuur (Tm ) tussen circa 50 en 65 graden celcius
- Polymerase remmers
o Proteolytische enzymen (pronase, proteïnase K)
o Heparine, ijzerionen profyrine-skeletten (bloed)
o DMSO (hoge concentratie)
o Urinecomponenten en hoge zoutconcentraties
o SDS
o Ureum
Keuze gen:
Conservatief houdt in dat de sequenties erg op elkaar lijken.
Goede primers:
- voordeel rtPCR: geen
gel nodig.
- Voor PCR detectie
van specifieke
sequenties (lab
vereisten):
1. Specifieke
technische
handelingen,
reagentia en
personeel.
4
Alle Vorteile der Zusammenfassungen von Stuvia auf einen Blick:
Garantiert gute Qualität durch Reviews
Stuvia Verkäufer haben mehr als 700.000 Zusammenfassungen beurteilt. Deshalb weißt du dass du das beste Dokument kaufst.
Schnell und einfach kaufen
Man bezahlt schnell und einfach mit iDeal, Kreditkarte oder Stuvia-Kredit für die Zusammenfassungen. Man braucht keine Mitgliedschaft.
Konzentration auf den Kern der Sache
Deine Mitstudenten schreiben die Zusammenfassungen. Deshalb enthalten die Zusammenfassungen immer aktuelle, zuverlässige und up-to-date Informationen. Damit kommst du schnell zum Kern der Sache.
Häufig gestellte Fragen
Was bekomme ich, wenn ich dieses Dokument kaufe?
Du erhältst eine PDF-Datei, die sofort nach dem Kauf verfügbar ist. Das gekaufte Dokument ist jederzeit, überall und unbegrenzt über dein Profil zugänglich.
Zufriedenheitsgarantie: Wie funktioniert das?
Unsere Zufriedenheitsgarantie sorgt dafür, dass du immer eine Lernunterlage findest, die zu dir passt. Du füllst ein Formular aus und unser Kundendienstteam kümmert sich um den Rest.
Wem kaufe ich diese Zusammenfassung ab?
Stuvia ist ein Marktplatz, du kaufst dieses Dokument also nicht von uns, sondern vom Verkäufer manarlzz. Stuvia erleichtert die Zahlung an den Verkäufer.
Werde ich an ein Abonnement gebunden sein?
Nein, du kaufst diese Zusammenfassung nur für 3,49 €. Du bist nach deinem Kauf an nichts gebunden.
Kann man Stuvia trauen?
4.6 Sterne auf Google & Trustpilot (+1000 reviews)
45.681 Zusammenfassungen wurden in den letzten 30 Tagen verkauft
Gegründet 2010, seit 15 Jahren die erste Adresse für Zusammenfassungen