100% satisfaction guarantee Immediately available after payment Both online and in PDF No strings attached
logo-home
Previously searched by you
Previously searched by you
logo
Samenvatting van alle zelfstudieopdrachten $6.29   Add to cart
Quickly navigate to
Preview
  2.  
  3. Universiteit Antwerpen (UA)
  4.  
  5. Biomedische Wetenschappen
  6.  
  7. Moleculaire Biologie (1036FBDBMW)

Summary

Samenvatting van alle zelfstudieopdrachten
 22 views  0 purchase
  • Course
  • Moleculaire Biologie (1036FBDBMW)
  • Institution
  • Universiteit Antwerpen (UA)

Met deze samenvattingen van alle zelfstudie opdrachten heb ik een 16/20 behaald in eerste zit. Samenvatting van het boek en zelfstudies (samenvatting van de te kennen hoofdstukken van het boek in het Nederlands + slides + eigen notities)

Preview 4 out of 50  pages

Document information

  • March 5, 2021
  • 50
  • 2019/2020
  • Summary

Subjects

  • wetenschappen
  • bmw
  • biomedische wetenschappen
  • biomedsiche
  • universiteit
  • biomedische
  • genetica
  • biomedische wetenschappen
  • biomedische
  • uantwerpen
  • moleculaire
  • moleculaire biologie
  • ua
  • universiteit antwerpen
  • mo

Written for

  • Universiteit Antwerpen (UA)
  • Biomedische Wetenschappen
  • Moleculaire Biologie (1036FBDBMW)
All documents for this subject (85)

Seller

avatar-seller
lemmeslodders

Reviews received

Content preview

Samenvatting zelfstudieopdracht 1
Om DNA replicatie te initiëren zijn er verscheidene cellulaire proteïnen nodig.
DNA replicatie begint aan een ori (= origing of replication). Ter hoogte van dit punt
ontwinden de 2 DNA strengen en worden er 2 replicatievorken gevormd. Replicatie vindt
bidirectioneel plaats, wat wil zeggen dat het vanaf de replicatievorken naar buiten zal
plaatsvinden. Het aantal ori’s varieert per organisme.
Vanaf dat een ori ervoor heeft gezorgd dat een stukje van het DNA ontwindt zal een DNA
helicase ervoor zorgen dat deze ontwinding langs de beide vorken verder beweegt. DNA
helicase bind in elke vork aan een DNA-streng en beweegt in de 5’ naar 3’ richting naar de
vork toe.
Het DNA helicase zorgt ook voor coiling net voor de replicatievork, DNA topoisomerase zal
dit voorkomen.
Nadat de 2 strengen gescheiden zijn moeten ze zo blijven tot de dochterstrengen gemaakt
zijn. Hiervoor zorgen de single-strand binding proteïnen. De basen blijven vrij en kunnen nu
zorgen voor de synthese van een complementaire streng.
Het enzym DNA polymerase zorgt voor het covalent linken van nucleotiden om zo een DNA
streng te vormen. Wanneer de polymerase over het DNA glijdt gaan vrije nucleotiden met 3
fosfaatgroepen (= deoxynucleoside trifosfaat) H-bruggen vormen met de vrije basen volgens
de AT/GC regel. Aan de katalytische zijde gaat DNA polymerase de binding tussen de eerste
en tweede fosfaat verbreken en vervolgens het resulterende nucleotide met 1 fosfaatgroep
binden aan de 3’-einde van de groeiende streng d.m.v. een fosfodiësterbinding.

De snelheid van synthese is bij bacteriën 10 keer zo snel als bij eukaryoten.

Polymerase heeft 2 features:
- DNA polymerase kan geen synthese beginnen op een kale template streng. DNA
primase is hiervoor nodig, het maakt een complementaire primer (= klein RNA
segment van 12 nucleotiden) dat voor de start van de DNA replicatieproces zorgt.
- Wanneer synthese is begonnen kan de polymerase enkel in de 5’ naar 3’ richting
bewegen  nieuwe DNA strengen worden ook in deze richting gevormd.

De leading strand wordt gemaakt in dezelfde richting waarnaar de vork beweegt en is 1
continue streng. De lagging strand is gemaakt van een serie kleine fragmenten (= okazaki-
fragmenten) die daarna aan elkaar worden gezet om 1 continue streng te vormen. De
synthese van deze kleine fragmenten gebeurt in de omgekeerde richting dan de beweging
van de vork. Om de 2 fragmenten aan elkaar te plakken wordt de primer verwijderd en zorgt
DNA ligase voor de binding van de nieuw toegevoegde nucleotiden en de fragmenten.

E. Coli: 2 DNA polymerases (I en III) zorgen hier voor de replicatie. In de leading strand maakt
DNA primase 1 RNA primer t.h.v de ori en vervolgens zal DNA polymerase III nucleotiden
binden in de 5’ naar 3’ richting terwijl het naar de opening van de replicatievork glijdt.
Polymerase III valt niet van de template strand doordat het een subunit heeft genaamd
clamp proteïne.
In de lagging strand wordt de RNA primer verwijdert door DNA polymerase I en vervolgens
zal deze polymerase ook DNA op deze plaatsen toevoegen (nucleotiden). DNA ligase zorgt
ervoor dat de er een binding komt tussen de nieuwe nucleotiden en de fragmenten.

,Blijvende fouten tijdens replicatie zijn bijna onwaarschijnlijk. Een proces met hoge fidaliteit
wilt zeggen dat er in dit proces relatief weinig fouten gebeuren.
Er zijn verscheidene redenen waarom er weinig fouten gemaakt worden:
- De binding tussen bv TG en AC is veel zwakker dan AT en GC
- DNA polymerase kataliseert geen binding tussen verkeerde basen
- DNA polymerase kan een mismatch herkennen en verwijderen van de dochterstreng,
dit noemt proofreading. Wanneer de polymerase de mismatch herkent verandert
het de richting van voortbewegen (gaat dus nu van 3’ naar 5’). Wanneer het de
mismatch passeert en heeft verwijderd veranderd het terug van richting.
 Wanneer een mismatch herkened wordt zal het dit meteen opgelost, niet pas
nadat de volledige synthese gedaan is

Om ervoor te zorgen dat replicatie snel, juist en compleet gebeurt produceren speciën
verschillende types van DNA polymerase. Echter heeft niet elke species hetzelfde aantal
nodig, bijvoorbeeld: e coli bevat 5 verschillende polymerases terwijl mensen er >12
bevatten.

E. Coli
Polymerasetype Functie
III Verdubbeld het meeste DNA. Het bestaat uit
verscheidene subeenheden met hun eigen
functionele rol. Het heeft een subeenheid dat
ervoor zorgt dat het aan de template strand
klamt en heel snel nieuw DNA synthetiseerd
met een hoge fidaliteit.
I Verwijderd de primers en vult de gaten op. Het
bestaat uit 2 subeenheid.
II, IV en V Staan in voor het herstellen van DNA en
replicatie van DNA dat kapot was

Mensen
Polymerasetype Functie
 Synthetiseerd RNA primers gevolgd door een
klein stukje DNA. Heeft z’n eigen “built-in”
primase subeenheid.
 en  Verlengen het DNA met een hogere snelheid.
 Functioneert in de mitochondriën om daar
mitochondriëel DNA te repliceren.
Lesion replicatie-enzymen Worden aangetrokken naar kapot DNA (als de
bovenstaande types niet over het kapotte deel
kunnen synthetiseren). Ze hebben speciale
eenheden die ervoor zorgen dat ze een
complementaire streng kunnen synthetiseren
over het kapotte DNA.

, Samenvatting zelfstudieopdracht 2
Bij transcriptie wordt een DNA sequentie gekopieerd in een RNA sequentie.
Op moleculair niveau definieert men een gen als een georganiseerde eenheid van DNA
sequenties waarbij 1 segment van DNA vertaalt kan worden in RNA en uiteindelijk zal
resulteren in de informatie voor een functioneel product.
Wanneer een structureel gen wordt afgelezen wordt er een mRNA gemaakt dat de
aminozuursequentie van een polypeptide specificeert. De polypeptide wordt hierna een
functioneel product (mRNA is dus een intermediair voor de polypeptidesynthese).

Voor sommige genen is het functioneel product het RNA zelf. Het RNA van een niet-
structureel gen wordt NOOIT vertaald. Er zijn 2 belangrijke producten van niet-structurele
genen:
- Transfer RNA (tRNA): vertaalt het mRNA in een aminozuur.
- Ribosomaal RNA (rRNA): is een deel van de ribosomen, biedt de plaats waar
translatie plaatsvindt.

Transcriptie start naast een plaats in het DNA dat men de promotor noemt, terwijl de
terminator zorgt voor het einde van transcriptie  transcriptie gebeurt dus tussen deze 2
grenzen. Er zijn ook nog andere DNA sequenties betrokken bij de regulatie van transcriptie (=
regulatorische sequenties). Deze sequenties functioneren als een bindingsplaats voor
genetische regulatorische proteïnen. Wanneer een regulatorische proteïne bindt aan een
regulatorische sequentie kan het de snelheid van transcriptie beïnvloeden.

Transcriptie gebeurt in 3 stadia:
- Initiatie: dit is een herkenningsstap. Een sigma factor (typisch voor E. Coli) bindt het
RNA polymerase, daarnaast herkent het de basensequentie van de pormotor en
zorgt ervoor dat de RNA polymerase de promotor bindt. De initiatie stopt wanneer
de DNA-strengen ontwonden zijn net na de promotor (vormen een open complex,
10-15 bp). Na het open complex draait het DNA terug in z’n dubbele helix.

- Elongatie: RNA polymerase synthetiseert het RNA transcript. Hiervoor wordt de
sigmafactor verwijdert en glijdt de RNA polymerase langs het DNA. Tijdens dit
stadium binden nucleotiden aan de templatestrand en vormen een covalente binding
in de 5’ naar 3’ richting ( RNA wordt dus in de 5’ naar 3’ richting gemaakt).
Template strand = de streng DNA dat wordt gebruikt als een template voor RNA
synthese.
Coding strand = de andere DNA streng, wordt zo genoemd omdat het de informatie
voor het coderen van een polypeptide bevat.

- Terminatie: Hierbij komen de RNA polymerase en het RNA transcript streng los van
het DNA.

Wanneer we transcriptie bekijken van verscheidene genen binnen een chromosoom zien we
dat de richting kan verschillen. Dit hangt af van waar de promotorregio is, maar dit zal altijd
van 5’ naar 3’ gebeuren!

, De transcriptie van prokaryoten gebeurt zoals hierboven uitgelegd (initiatie, elongatie en
terminatie). De transcriptie van eukaryoten gebeurt gelijkaardig, enkel een beetje
complexer. Zij hebben echter een grotere complexiteit qua proteïnecomponenten. Zo
bevatten zij bijvoorbeeld 3 vormen van RNA polymerase. RNA polymerase I en III zijn
verantwoordelijk voor de vertaling van niet-gestructureerde genen. RNA polymerase II
daarentegen is verantwoordelijk voor de vertaling van structurele genen. Prokaryoten
daarentegen hebben 1 polymerase dat voor transcriptie zorgt van alle genen.

Bij de initiatie van de eukaryoten zijn er tevens ook transcriptiefactoren die de werking van
het RNA polymerase beïnvloeden. E. Coli heeft 1 proteïne (sigma factor) om de promotor te
herkennen, terwijl RNA polymerase II van eukaryoten altijd 5 transcriptiefactoren nodig
heeft voor de initiatie van transcriptie.


Samenvatting zelfstudieopdracht 3
In bacteriën kan mRNA direct worden vertaald in een polypeptide, bij eukaryoten is er nog
processing nodig (pre-mRNA ondergaat processing en wordt zo mature mRNA).
In genen van eukaryoten ziet men dat de coderende sequenties onderbroken worden door
delen die transcriptie ondergaan maar geen translatie.
Intronen (intervening regions): de delen die niet vertaald worden
Exonen (expressed regions): delen die wel vertaald worden

Pre-mRNA ondergaat splicing, hierbij worden de intronen weggeknipt en de exonen aan
elkaar geplakt, hiernaast worden er ook caps en tails toegevoegd aan het einde van het
mRNA. Na alle modificaties gaat het mRNA weg uit de nucleolus en gaat naar het cytosol.

Intronen worden verwijderd door een spliceosoom (bestaat uit verschillende snRNP-
subunits). Elke snRNP bestaat uit een klein nucleair RNA en een paar proteïnen.
Intronen worden herkend door hun sequentie, ze bevatten o.a. een 5’ splice site (begint met
GU), een branch site (bevat A) en een 3’ splice site (eindigt met AG). Spliceosoom subunits
binden aan specifieke sequenties op deze 3 plaatsen. Hierdoor zal de intron een loop
vormen waardoor de 2 exonen samenkomen. De 5’ splice site wordt geknipt en covalent
gebonden aan de branch site. Nu wordt de 3’ splice site geknipt en de exonen worden
covalent gebonden. De intron wordt hierna vrij gelaten en afgebroken door ribonucleasen.
Hieronder een specifiekere uitleg:
In pre-mRNA vindt men intronen en exonen. Aan de 5’-zijde van het intron bevindt zich de
splice donor. Aan de 3’-zijde van het intron bevindt zich de splice acceptor. Ergens in het
intron bevindt zich de branch site. De eerste 2 snRNP subunits binden aan de 5’-zijde en de
branch site. Nieuwe snRNP subunits binden en creëren een lus. Aan de 5’-zijde wordt
geknipt en deze zijde wordt aan de branch site vastgemaakt. 2 subunits worden losgelaten
en vervolgens wordt er aan de 3’-zijde geknipt. De 2 exonen worden aan elkaar vastgemaakt
en de intron wordt losgelaten en degradeert.

The benefits of buying summaries with Stuvia:

Guaranteed quality through customer reviews

Guaranteed quality through customer reviews

Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.

Quick and easy check-out

Quick and easy check-out

You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.

Focus on what matters

Focus on what matters

Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!

Frequently asked questions

What do I get when I buy this document?

You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.

Satisfaction guarantee: how does it work?

Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.

Who am I buying these notes from?

Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lemmeslodders. Stuvia facilitates payment to the seller.

Will I be stuck with a subscription?

No, you only buy these notes for $6.29. You're not tied to anything after your purchase.

Can Stuvia be trusted?

4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)

77254 documents were sold in the last 30 days

Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now

Start selling
$6.29
  • (0)
  Add to cart