Class notes
College aantekeningen DT1 Moleculair Genetische Onderzoeks Technieken (B-B2MGOT14)
- Course
- Institution
Hoorcollege aantekeningen MGOT deeltoets 1
[Show more]
1 review
By: tessalammens • 11 months ago
Seller
Follow
liekevelth
Reviews received
Content preview
MGOT Hoorcolleges Deeltoets 1Hoorcollege 2, Bacterial Genetic Exchange
Genetische elementen
- Chromosoom (circulair in prokaryoten, lineair in eukaryoten).
- Plasmiden (klein circulair DNA in prokaryoten).
- Virale genomen (DNA/RNA, geïntegreerd of vrij in cel).
- Transposons (mobiele genetische DNA elementen).
- Organellen (mitochondriën/chloroplast in eukaryoten).
Prokaryoot vs. Eukaryoot
Prokaryoten hebben geen kern, kan tegelijk transcriptie/translatie plaatsvinden.
- 1 plek waar replicatie plaatsvindt (oriC), terminatie zone waar replicatie vorken bij elkaar
komen.
- Meerdere replicaties per cel, replicatie 10:1 (DNA polymerase werkt sneller dan RNA
polymerase. Hierdoor gen oriëntatie zelfde kant als replicatievork.
- Nucleoid, vindt replicatie en expressie plaats.
Eukaryoten hebben intronen die in de kern eruit gehaald moeten worden. Translatie vindt buiten de
kern plaats.
- Meerdere plekken waar replicatie plaatsvindt op het chromosoom.
- 1 replicatie per cel.
- Chromatine
Operon: prokaryoot
Genen zijn georganiseerd in operons. 1 promotor voor meerdere genen. Op promotor binden
transcriptie factoren. Op operator bindt de repressor, zorgt ervoor dat als er glucose aanwezig is dat
er geen lactose wordt gebruikt (lac-operon).
Plasmieden
Extra-chromosomaal DNA in bacteriën.
Meestal circulair/soms lineair.
Bevatten meestal niet essentiële genen, bevatten eigenschappen die gunstig zijn om te
overleven. (resistentie tegen antibiotica, symbiose, pathogeniteit).
Vergroot aanpassingsvermogen van bacteriën.
Eigenschappen: Replicatie onafhankelijk van het chromosoom met een eigen ori waar de eiwitten
zitten eiwitten en functie nodig voor initiatie. Op de ori zitten 2 RNA genen en een eiwit. ie zorgen er
samen voor dat initiatie van replicatie gereguleerd wordt. Bij voldoende plasmide wordt er RNA 1
geproduceerd: anti-sense van RNA II, als die binden dan functioneert RNA II niet meer. Er is dus
remming door RNA I.
Ori: host range, copy number en compatibiliteit.
Copy number
Single copy: replicatie lijkt op die van chromosoom, 1 replicatie per cyclus. Geconctroleerde
segregatie over dochtercellen.
Multiple copy: meerdere replicaties per celcyclus, segregatie verloopt random. Meestal
kleine plasmides. Dit helpt om plasmide in populatie te houden.
Plasmiede partitionering
Selecteren op het behouden van het plasmide. Het plasmide maakt killer & tegengif (antidode). Als
cel plasmide verliest dan gaat de bacterie dood. Dit is een selectie op behoud van plasmide. Bij single
copy gaat die door segregatie via par genen (lijkt op centromeer).
DNA coiling
, DNA heel goed verpakken door DNA coiling. Extra spanning in DNA door een enkelstrengs-breuk te
maken, die een paar keer draaien en ligeren. Topo-isomerase wordt gebruikt om DNA uit elkaar te
halen met een dubbelstrengs-breuk.
DNA gelelektroforese
DNA is negatief geladen. Agarose vormt een netwerk waar
kleine fragmenten snel gaan en grote fragmenten langzaam
migreren. Kleuring met Ethidium Bromide (UV belichting).
Afhankelijk van het percentage agarose kun je beter grote of
kleine deeltjes scheiden. Markers gebruiken om de afstand te
meten en grootte bepalen.
Plasmide DNA is supercoiled, die is heel klein en zal snel door
de gel migreren. Als je DNA kapot is (Nicked), dan is het open
en zal het langzaam door de gel migreren. EtBr beïnvloed
mobiliteit, dus alvast in gel stoppen.
Mechanisme van genetic exchange
Conjugatie: Overdracht van DNA tussen 2 bacteriën via een conjugatiebuis (F-pilus).
oriT is plaats waar transfer start, traA codeert voor pilin subunit. Als een bacterie al een F
plasmide heeft zal hij niet binden aan de pilus. Er wordt enkel strengs DNA overgebracht.
F plasmide kan in genoom intergreren episoom. Hele genomen kunnen van F episoom
getransferred worden.
Transductie: Overdracht met een faag. Kan lineair enkelstrengs lambna DNA injecteren. In de
bacterie wordt het weer circulair. Hierna:
Lysogene cyclus: geïntegreerd in het genoom. Recombinatie door intergrase.
Lytische cyclus: Cel lysis laten nieuwe virussen vrij na replicatie van lambna DNA.
Transformatie: DNA opnemen uit de omgeving door competente bacteriën. Receptoren op
buitenmembraan herkennen DNA, enkele streng wordt naar binnen gebracht in het
genoom of weer ds gemaakt.
DNA transformatie methoden
a) CaCl2, Ca bindt DNA en membraan helpt membraan permeabeler te maken bij hitte
shock.
b) Elektroporatie, door ontlading ontstaan er poriën in DNA.
c) Particle bombardment, DNA coaten op kogeltjes.
IS element en Transposons:
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller liekevelth. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.59. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
77254 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now