100% satisfaction guarantee Immediately available after payment Both online and in PDF No strings attached
logo-home
Samenvatting Cel 4: partim Genetica $16.06
Add to cart

Summary

Samenvatting Cel 4: partim Genetica

 110 views  2 purchases
  • Course
  • Institution

Volledige samenvatting van deel Genetica van het vak Cel IV. Zeer volledig, inclusief inhoud van de lessen + cursus.

Preview 4 out of 34  pages

  • April 14, 2021
  • 34
  • 2021/2022
  • Summary
avatar-seller
Cel IV: Genetica

Les 1 en 2: Moleculaire basis van monogenische aandoeningen

H1: inleiding

 Mendel
o Genen
o Dom/recessief
o Onafh overerving


 Humaan genoom = 46 chromosomen => domein vd cytogenetica
o 3 miljard bp
o 98% niet coderend DNA
o Repeats: >50%
o Genetische variatie
- 99,8% identiek
- Single nucleotide varianten (SNVs)
- Structurele varianten (SVs) incl
kopijveranderingen (CNVs)

 Structuur genomen
o Cis en trans, vnl niet-coderend


 Chromosomen dragen DNA
o DNA bestaat uit 4 nucleotiden (G,A,T,C) rond histonen
o Groep histonen = nucleosoom


H4: Moleculaire basis van monogenische aandoeningen

4.1 Moleculaire pathologie: basisbegrippen

4.1.1 Basisbegrippen

 Germinale / constitutionele mutatie
o Kan op volgende generatie

 Somatische mutatie: niet doorgegeven
o Bij kanker!
 Polymorfisme (=benigne variant)
o Niet geassocieerd met fenotype, onopgemerkt
 Pathogene variant
o Geassocieerd met ziekte, wel fenotype

, Genlocus: locatie gen op chromosoom
 Genotype: geheel van allelen aanwezig op bepaalde locus
 Homozygoot: zelfde allelen voor 2 kopijen bep genlocus
 Hemizygoot: mannen hebben slechts 1 X chromosoom
 Heterozygoot: 2 verschillende allelen
o Variant type
o Wild type
 Samengesteld heterozygoot (compound heterozygoot)
o 2 verschillende allelen voor bep genlocus

 Chromosomale afwijkingen
o Klinische cytogenetica (bv interstitiële deletie, translocatie)
o Microscopisch zichtbaar

 Genomische herschikkingen
o Moleculaire cytogenomica (bv deletie, duplicatie)
o Submicroscopisch

 Sequentievariaties
o Moleculaire genetica
o Vroeger: puntmutaties

 De novo variant: niet in ouders individu aanwezig – opzoeken met trio-analyse


4.1.2 Classificatie mutaties

4.1.2.1 Basenpaarsubstituties

 Puntmutaties
 Transitie
o Purine (Pu) > Pu
o Pyrimidine (Py) > Py
o Frequenter dan transversie

 Transversie
o Purine naar Pyrimidine of omgekeerd

 Hoge frequentie C>T: spontane deaminatie gemethyleerde cytosines (CpG hotspots)

 Silent: geen AZ verandering (synoniem)
 Missense (niet synoniem)
o Verandering 1 AZ
o Stopcodon!

, Nonsense
o Coderend codon -> stopcodon (=prematuur stopcodon = PTC)
 Nonsense-mediated decay zorgt voor degradatie
- Enkel als het te ver van echt stopcodon gelegen is

 Splice-site mutaties
o Mutatie in splice donor of splice acceptor site => aberrant RNA-splicing
o Mature mRNA = enkel exons
o Splice donor = 5’ splice site met vooral GT
o Splice acceptor = 3’ splice site met vooral AG
o Kan door substituties in intron/exonranden


4.1.2.2 Deleties/inserties

 1 of meer nucleotiden in of uit
 Duplicatie: DNA fragment verdubbeld
 In frame
o Veelvoud van 3 nucleotiden
o Leesraam niet verstoord
o Niet perse pathogeen

 Frameshift
o Geen veelvoud van 3
o Meestal pathogeen
o Meestal PTC

 Totale gendeletie en totale genduplicaties
o Niet-allelische homologische recombinatie (NAHR) tss twee low copy repeats (LCRs)
- Mispairing LCRs => abnormale recombinatie

 Structurele varianten (SVs) - gebalanceerd
o Grote verandering
o Deletie, insertie, inversie of translocatie mogelijk

 Kopijveranderingen (CNVs) – ongebalanceerd

 PM22 – door NAHR => Charcot-Marie-Tooth –- ev door consanguiniteit
o Verminderde dosage: loss of function – deletie => HNPP (hereditaire druk
neuropathie)
o Activerende mutatie: gain of function
o Inactiverende mutatie: loss of function
4.1.2.3 (Triplet) repeat-expansies – exx!

 Herhalingen 3 nucleotiden: (GAA)n of (CGG)n,...
 Variabele lengte

,  3 categorieën betrokken bij ziekte
o 5’UTR/promotor – niet coderend
- CGG: Fragile X Syndroom
o Coderend
- CAG: Huntington
- Allemaal neurodegeneratief
o 3’UTR – niet coderend
- CTG: myotone dystrophy = ziekte v Steinert

 Dynamische mutaties
o Instabiel tijdens meiose
o Kan leiden tot patho


 Stabiele mutaties
 Anticipatie
o Age of onset (=aanvangsleeftijd ziekte) daalt en ernst stijgt
o Oorzaak: toename repeat expansie tijdens meiose


4.1.3 Nomenclatuur voor mutaties

 Nucleotidenniveau (cDNA)
o Start met C
o Nadien A van startcodon ATG (gezien als +1)
- Voorgegane base is -1 (geen 0)

 Proteïneniveau (HGVS-nomenclatuur)


4.1.4 Richtlijnen voor evalueren significantie
mutaties

 Significantie variant nagaan
o Aard variant evalueren
- Totale gendeletie, nonsense en frameshift => bijna altijd patho
- Splice-mutatie => verstoring genfunctie

The benefits of buying summaries with Stuvia:

Guaranteed quality through customer reviews

Guaranteed quality through customer reviews

Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.

Quick and easy check-out

Quick and easy check-out

You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.

Focus on what matters

Focus on what matters

Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!

Frequently asked questions

What do I get when I buy this document?

You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.

Satisfaction guarantee: how does it work?

Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.

Who am I buying these notes from?

Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller Bix01. Stuvia facilitates payment to the seller.

Will I be stuck with a subscription?

No, you only buy these notes for $16.06. You're not tied to anything after your purchase.

Can Stuvia be trusted?

4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)

52510 documents were sold in the last 30 days

Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now

Start selling
$16.06  2x  sold
  • (0)
Add to cart
Added