Class notes
Tema 3: Traducció
- Course
- Institution
Apunts classe (Apunts classe)
[Show more]
Seller
Follow
mariaisamat
Content preview
TEMA 3: TRADUCCIÓLa formació de l'enllaç peptídic és una reacció químicament senzilla realitzada pel rRNA gran del
ribosoma (ribozim) però requereix una precisió i control elevats.
Hi ha més de 100 molècules implicades en la traducció, extensament regulades.
1. CARACTERÍSTIQUES DEL CODI GENÈTIC
→ És gairebé universal: Encara que E. Coli pot traduir
proteïnes humanes (proteïnes heteròlogues) i viceversa, no
és un codi universal de el tot, ja que s'incompleix en
protozous i mitocòndries.
→ Es llegeix de 5’-3’.
→ Està degenerat, en general (excepte Met i Trp) hi ha
més d'un codó per a un mateix aminoàcid.
→ Està format per triplets, (4 bases)3 = 64 codons
possibles
64 𝑐𝑜𝑑𝑜𝑛𝑠 − 20 𝑎𝑎 − 3𝑆𝑡𝑜𝑝 = 41 𝑐𝑜𝑑𝑜𝑛𝑠 𝑛𝑜 𝑛𝑒𝑐𝑒𝑠𝑠𝑎𝑟𝑖𝑠, el
que implica que el codi està degenerat.
❖ Leu, Arg i Ser tenen 6 codons (degenerats)
❖ Met, Trp tenen 1 codó (no degenerats)
❖ La resta té 2, 3 o 4 (mai 5) codons (degenerats)
La Leu i la Ala són molt abundants (l’arg es l’excepció), per això estan més degenerats. En canvi, el
Trp és l'aà menys freqüent.
Hidrofòbics Phe, Leu, Ile
Amb càrrega + Arg, Lys, His
Amb càrrega - Asp, Glu
Sense càrrega Ser, Tyr, Cys, Gln, Asn,
Thr
1.1 Codons d'STOP
UAG (ambar), UAA (ocre), UGA (sepia) .
El codo STOP no existeix perquè no hi ha tRNAs que llegeixin aquest codó, no té anticodò.
1.2 Codons d'inici
AUG codifica per Met, GUG codifica per Val, pero el ribosoma
afageix una metionina igualment.
,El problema que tenim amb l'AUG és diferenciar els Met inicials de les internes.
→ En eucariotes, com els mRNAs són monocistrònics, la Met inicial serà la del 1r AUG.
→ En procariotes, com els mRNAs són policistrònics, el rRNA 16S de la subunitat petita del
ribosoma s'unirà a la seqüència RBS (o Shine-Dalgarno) i el 1r AUG o Met que trobi serà el d'inici.
La seqüència Shine delgarno es complementaria a l'extrem 3’ del rRNA 16S (únic en la Subunitat
petita), el rRNA hibrida amb la seqüència Shine - dalgarno que es troba a menys 10 del codó d’inici.
Posiciona el ribosoma i llegeix el primer codó perquè és l’únic que es troba a la distància +10 de la
seqüència RBS.
QUÈ IMPLICA QUE ESTIGUI DEGENERAT?
1) % GC diferent entre espècies sense comprometre la proteïna.
El %GC varia entre procariotes (25-75%) i eucariotes (39-42%), en humans 41% de mitjana.
La degeneració del codi genètic minimitza les mutacions i permet fins a un 33% de canvi en el %GC
sense canviar el missatge de la proteïna, de manera silenciosa.
Ex: 1 psicròfil farà servir l'A, però un termòfil farà servir la G (sempre que pugui).
2) L’ordre no és a l’atzar
En funció de la posició, observarem més o menys canvis (degeneració).
o La 3a posició és la que més "balla", ja que tenim codons sinònims que codifiquen pel mateix aa
(mutació silenciosa) tot i tenir un 3r nt diferent.
A més, codons similars codifiquen aà amb propietats similars o iguals (mutació conservativa). Ex:
Phe i Leu (fixar-se en UUU, UUC, UUA, UUG). Això permet reduir errors.
o La 2a posició és la més estable: quan tenim ...
▪ Purina (R) → l’aà sol ser polar
▪ Pirimidina (I) → l’aà sol ser apolar
o La 1a posició també canvia, però no tant com la 3a. Si no dona el mateix aa serà molt semblant.
3) Ús de codó:
Quan tenim sinonims el % de l’ús depen de l’espècie, cada espècie
té preferència per a un codó a l'hora de sintetitzar una aà. La resta
de codons sinònims es diuen codons rars o estranys, perquè es
fan servir menys. Ex: Lys (imatge)
Optimització de l’ús de codó
Ex1: agafo totes les AAG i les canvio per AAA per augmentar la taxa de transcripció en E. coli.
Ex2: proteïna amb 2 dominis (2 nuclis hidrofòbics). Quan la proteïna surt del ribosoma, el nucli es
comença a plegar, però si el 2n nucli se sintetitza abans que és plegui LIADOTE. Aixi, s'ha observat
la presència de codons rars de per mig, per tal d'alentir la traducció i permetre un correcte
plegament.
CONCLUSIÓ: optimitzar l'ús de codó és l'ideal si es fa bé, no si ho fas a voleo.
, 4) Correlació Freqüència aà / nº gens de tRNAs isoaceptors
tRNAs isoaceptors = tRNAs que tenen anticodons sinònims, que
accepten el mateix aà La quantitat de tRNAs isoaceptors està
correlacionada amb:
o La freqüència de l'aà en la cèl·lula (com més alta, més tRNAs
amb més anticodons, ex: Leu) o El nº de codons sinònims i la seva
freqüència en el DNA
Ex: la Leu tindrà molts tRNAs perquè és un aà freqüent i, a més, té
6 codons.
→ L'excepció és l’Arg, 1 aà molt reactiu que és habitual en el CA
d'enzims i no sol utilitzar-se en zones estructurals. No se sap perquè l’Arg se surt de la regla.
2. t-RNA
2.1 La hipòtesi del adaptador (crick, 1955) i desxiframent (Ochoa, 1955)
Crick, sense informació experimental, postula que la forma més fàcil de reconèixer un àcid
nucleic és un altre àcid nucleic. Anomena els tRNAs adaptadors.
Ochoa descobreix la polinucleòtid fosforilasa (PNPasa) que in vitro sintetitza RNA sense
necessitar motlle (per ex 1 cua poliA). In vivo fa tot el contrari, degrada el RNA.
NOTA:
En E. coli un 1-2% de l'mRNA té 1 cua poliA que és forma gràcies a la PAP I (no és la
mateixa que la eucariota i és més curta). La PAP I la degrada i la PNP regula la degradació
unint-se al mRNA o no. La cua Poli-A marca la degradació, no es necesaria per la traducció
ni perquè es cicli (MOLT diferent a la d’eucariotes).
Després van fer el mateix però amb tetranucleòtids i van obtenir que en el 4t marc acababan
obtenint el mateix que el 1r però sense el 1r aà.
2.1.1 Traducció in vitro de 1 trunicleòtid. Unio a nitrocel·lulosa
Per tal de desxifrar el codifica genètic, tenien 20 tubs, 1 amb cada aminoàcid. Llavors, in vitro, es
marcava radioactivament només 1 aà cada cop i s’afegien els altres 19 sense marcar. La mescla es
passava pels 64 codons possibles i es filtrava en una membrana de nitrocel·lulosa (que reté
proteïnes, no àcids nucleics).
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller mariaisamat. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $5.89. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
67474 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now