Class notes
Tema 4A: Replicació
- Course
- Institution
Apunts de classe (Apunts de classe)
[Show more]
Seller
Follow
mariaisamat
Content preview
TEMA 4A: REPLICACIÓ1. REPLICACIÓ
Replicó → molècula circular de DNA que inicia el cicle de replicació: Controla la freqüència
d’iniciacions de replicació, segrega el cromosoma replicat a la cèl·lula filla i ordena la producció de
components estructurals cel·lulars.
El replicó ve definit per elements de control, que actuen en cis.
En el cas procariota, per exemple en E. coli, el cromosoma és un replicó i el plasmidi n’és un altre.
L’origen de replicació (oriC) en bacteris sol ser d’uns 300pb.
En el cas eucariota, els cromosomes contenen més d’un oriC en cada cromosoma, entre 40 i 300 kb
de distància. Aquest nombre serà variable en funció del teixit, tenint en compte que la fase S pot
durar diverses hores. Això vol dir, en primer lloc, que tindrem una regulació.
Per altra banda, la replicació no és simultània des de tots els oriC – no es posen en marxa a l’hora,
sinó es posen en marxa uns grups d’entre 20 i 80 replicons.
La senyal d’inici de la replicació esta modulada per enhancers. N’hi ha alguns que potencien la
transcripció d’encebadors, i després d’haver-se associat a l’oriC, uneixen factors específics de teixit.
La síntesi de DNA (i és la gran diferència amb RNA) necessita un encebador. Es duu a terme a través
de reaccions amb OH-3’.
1.1. Models de replicació
En primer lloc, és primordial tenir en compte que la replicació és
semiconservativa i semidiscontinua, ja que hi ha una cadena retardada on es
formen els fragments d’Okazaki.
La mida d’Okazaki que té l’encebador i la cadena és molt diferent segons l’espècie.
Respecte l’encebador, va des d’1 fins a 60 nt i, la forqueta de 1000 a 2000 nt en
procariotes i de 100 a 200 nt en eucariotes. En eucariotes hi ha una major
regulació.
, Els modes de replicació són els següents:
1) Mode θ (theta): també anomenat com a mode ull, hi ha una sola forquilla de
replicació en eucariotes: s’obre el DNA i se sintetitza de forma unidireccional.
En E. coli, que també la realitza, és bidireccional.
2) Mode σ (sigma): popularment descrit com a mode del cercle rodant del
bacteriòfag M13 (ssDNA, de cadena senzilla). Després d’un tall amb
endonucleasa en una de les dos cadenes, podem estirar un fragment 5’ i tenim
un 3’ lliure; Això dona lloc a una sèrie de còpies concatenades (un genoma rere
un altre). El bacteriòfag recollirà la seqüència pel 5’ i tallarà per un punt per a
omplir la càpsida.
3) Mode D: es dóna en mitocondris i és rar. Anteriorment es pensava que hi havia
dos oriC – un per a cada cadena – que replicaven a destemps, ja que es veia un
loop en forma de D. Les últimes investigacions sostenen que la cadena
retardada està formada per fragments d’Okazaki (tota de RNA) i aquesta és
reemplaçada per DNA gràcies a l’acció d’una polimerasa.
2. ENZIMS D’E.COLI
Diferents polimerases d’E.coli.
- 95% del total i elimina els fragments d’Okazaki;
Polimerasa I - Reomple el DNA
- Activitat exonucleasa correctora d’errors 5’-3’
- Implicada en el sistema de reparació per escissió de nucleòtids o NER
(Nucleotide Excission Repair).
Polimerasa II - Participa en mecanismes de reparació
- Exonucleasa correctora 5’-3’
Polimerasa III - Replicasa
- Exonucleasa correctora 5’-3’
Polimerassa IV i V - Només en sistemes de reparació (SOS)
Perquè la síntesi es 5’-3’?
Si la síntesi fos 3’-5’ no es podria reparar. L’enllaç difosfat que dóna
l’energia, el tenim acoblat a la cadena, i si hem de corregir-ho, hem
d’eliminar-lo, quedant-nos amb un sol fosfat i sense cap enllaç.
En canvi, si és de 5’ a 3’ i es comet alguna equivocació, no passa res
perquè el nou nucleòtid que vingui portarà el trifosfat amb energia.
Processivitat = nº de nucleòtids seguits que una polimerasa pot
sintetitzar.
, 2.1 DNA Polimerasa I
Participa en la replicació i reparació. És un monòmer de 2 dominis:
→ El domini N-terminal té activitat exonucleasa correctora 5’ a 3’ i quan
detecta un extrem 5’ lliure omple els espais (en NER o en l’encebador). Talla
uns 10 nt i després s’activa l’activitat polimerasa 5’→3’.
→ El domini C-terminal o fragment Klenow conté la activitat polimerasa 5’
a 3’ i exonucleasa correctora 3’ a 5’.
2.1.1 Estructura tridimensional
L’estructura tridimensional del fragment de Klenow recorda a una mà.
Per un costat, tenim els dits o fingers, que és per on entren els dNTP.
Per un altre, el polze o thumb, que és el lloc per on surt el DNA sintetitzat.
I finalment, hi ha la palma o palm, que és el centre actiu del fragment.
En un altre subdomini de Klenow (vindria a ser la part del canell si es segueix
amb la comparativa) hi ha el centre actiu per a la activitat exonucleasa.
Polimerasa amb processivitat baixa d’entre 20 i 30 nt consecutius.
La funció principal és eliminar els primers de RNA, que si són molt grans requeriran l’ajuda de proteïnes
de suport.
Té un error de 10-7.
2.2 DNA Polimerasa III (replicasa)
El seu error és de 10-10.
Està formada per un nucli (core) amb una estructura
3D semblant al fragment Klenow de la poli I, i per un
complex γ.
A diferència de la polimerasa I, no té activitat helicasa
(no pot obrir el DNA), fet que fa que necessiti
proteïnes extra.
Nucli
Subunitat α activitat polimerasa 5’ a 3’.
Subunitat ε ue fa la funció exonucleasa
correctora de 3’ a 5’.
Subunitat θ (teta): té la funció d’estimular la ε i activar-la.
Tot i així hi ha moltes més subunitats, mostrades a la TAULA XIV.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller mariaisamat. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.11. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
82871 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now