100% satisfaction guarantee Immediately available after payment Both online and in PDF No strings attached
logo-home
Previously searched by you
Previously searched by you
logo
Samenvatting Bio-informatica stof Bio-informatica Course 2 HAN Nijmegen $6.69
Add to cart
Quickly navigate to
Preview
  2.  
  3. Hogeschool Arnhem En Nijmegen (HAN)
  4.  
  5. Bioinformatica

Summary

Samenvatting Bio-informatica stof Bio-informatica Course 2 HAN Nijmegen

1 review
 0 purchase
  • Module
  • Bioinformatica
  • Institution
  • Hogeschool Arnhem En Nijmegen (HAN)

Samenvatting van de Bio-informatica stof Bio-informatica Course 2 HAN Nijmegen. Samenvatting is van collegejaar 2019/2020. De samenvatting bevat alle kennis die nodig is voor de toets.

Last document update: 3 year ago

Preview 10 out of 20  pages

Document information

  • July 3, 2021
  • July 3, 2021
  • 20
  • 2019/2020
  • Summary

Subjects

  • intronen en exonen
  • omim database
  • pcr
  • primers
  • primer blast tool
  • primer3plus tool
  • reads
  • genstructuur

Written for

  • Hogeschool Arnhem en Nijmegen (HAN)
  • Bio-informatica
  • Bioinformatica
All documents for this subject (3)

1  review

review-writer-avatar

By: pepijnvandenberg • 1 month ago

reply-writer-avatar

By: nicksomsen • 3 weeks ago

Translated by Google

Hi Pepijn, Too bad to see you're not satisfied with this summary! This specific summary hasn't been sold recently, but it was previously part of a bundle. Maybe you purchased it at the time? I love making summaries that really help others. If there's anything you'd like to see differently, I'd love to hear it.

Seller

avatar-seller
nicksomsen

Reviews received

Content preview

Exoom = alle exonen




Zoektermen OMIM:
- Progressive degeneration retina (Progressieve degeneratie van het netvlies)
- Early aduldhood (vanaf vroege volwassenheid, 22e)
- Night blindnes (slecht zien in het donker)
- Degeneration Central vision (Langzame afname centrale gezichtsveld)
* + zijn genen
# % zijn ziekten
- AD= autosomal dominant
- AR = autsomaal reseccief
- XR = x-linked receccief
- …


Mendeliaanse overervingspatroon: je kijkt hoe de ziekte overerft, bv autosomaal recessief,
x-chromosomaal dominant, enz
- Uit twee gezonde ouders komen gezonde kinderen, volgende generatie heeft dan wel
weer ziekte: recessief allel ziekte.
- Zie bijlage stambomen!


Wij denken dat dit de ziekte van Petra is:
RETINITIS PIGMENTOSA 9; RP9

# 180104

,Stamboom op thema toets

Eerste sequencing methode is nog steeds de beste: Sanger sequencing

Lang stuk (meer dan 50 aminozuren) zonder stop codon heet ORF: open reading frame

Snp = single nucleotide polymorfism
Op een plek kan de nucleotide een andere letter zijn.

Annotatie = informatie over data


In vitro: in reageerbuis
In vivo: in levend organisme
In situ: op de plek zelf


Primer:
- klein stukje DNA dat als start dient voor wanneer er begonnen moet worden met het
maken van de PCR
- Belangrijke eigenschap primer: primer moet uniek zijn voor het genoom. Tussen de
18 en de 25, maar het liefst 20 nucleotiden achter elkaar.
- Primers hebben een richting, ze gaan altijd van 5’ naar 3’:
o Forward primer (fw): wordt de 5’  3’ . De forward primer bint aan de 3’  5’
streng, dus let op welke nucleotiden er op de primer komen.
o Reverse primer (rv): wordt de 3’  5’. De reverse primer bint aan de 5’  3’
streng. Je leest DNA altijd van 5’  3’, dus achterstevoren. [?]
- Primer moet buiten het CDS, in UTR = untranslated region
- Energie komt vrij door het afknippen van 2 fosfaat van de suikergroep ofzo [?]


mRNA en DNA is altijd van 5’ naar 3’ in databases (de onderste van DNA is dan natuurlijk
andersom)


Promotor: stukje sequentie dat aangeeft de een gen begint, en vanaf wanneer RNA
polymerase moet dus gaan transcriberen.

,Het PCR en primer principe: 5
.
4
2 .
.


1
.

6
3 .
.

Wat er gebeurt: je hebt bij stap 1 een DNA molecuul. Door denaturatie smelten de strands
open. Dan ben je bij stap 2. Daarna gaan de primers op de DNA sequentie. De forward
primer bindt aan de 3’  5’ strand (stap 3). Let dus goed op welke nucleotiden de primer
moet hebben, om dan tegenover die strand te kunnen liggen. De forward primer wordt dus
zelf de 5’  3’. De reverse primer bindt aan de 5’  3’ strand (stap 4). De reverse primer
wordt dus zelf de 3’  5’. Maar let op bij het aflezen! Je moet DNA altijd van 5’  3’ lezen,
dus voor de reverse primer begin je aan de 5’ en ga je naar de 3’. Zie onderstaande
afbeelding. Polymerase bindt zich aan de primer en begint vanaf daar met het leggen van de
nucleotiden (stap 5 en 6).

,Je doet meerdere cycles in de PCR. Je wilt uiteindelijk deze versies hebben, met de goede
lengtes.
Voor weektaak 2 moeten wij een forward en reverse primer maken, met de volgende eisen:
De forward primer bevindt zich in de 5 UTR en de reverse primer in de 3 UTR

 5' en 3' kant van de primers
 Lengte primers (minimaal 18, maximaal 25)
 GC percentage primers
 Theoretische smelttemperatuur (Tm) van de primers (Gebruik hiervoor de
vuistregel: G en C 4°C, A en T 2°C, dus het aantal GC x 4 en het aantal AT x 2 bij
elkaar optellen). De temperatuur van de 2 primers moet zo dicht mogelijk bij
elkaar liggen, maximaal 5 C verschil, maar het beste 0! Rond de 55 – 62 C is het
best. De temperatuur waarbij precies 50% van de primers vast zitten en 50% los zit.
 Lengte geamplificeerde fragment(lengte forward primer + lengte sequentie + lengte
reverse primer)
 Geen complentaire regio’s. Dat ze dus niet aan elkaar kunnen binden.
o Primer dimer: de twee verschillende primers binden echt aan elkaar.
o Primer hairpin: één primer bindt met zichzelf. (vorm een soort lusje)
 GC klem: het eind van de primer moet goed vast zitten, dus c/g op het eind van
primer! (dus dat is de 3’ kant van de fw en rv primer)
 GC percentage tussen 40 en 60 procent.
 Geen repeats: vaak dezelfde nucleotide.

Je vindt de mRNA sequentie zo:

,Je klikt hier
Dan klik je onder DNA op NCBI RefSeq




Dan kom je op de NCBI site en zie je resultaten. Kies niet de PREDICTED resultaten, want
dat zijn voorspellingen. Kies ook niet non coding mRNA (zit in de titel). Kies het bovenste
resultaat dat aan de eisen voldoet. Daarna kom je op een normale NCBI site en staat
helemaal onderaan de sequentie.


Accessiecode van het uiteindelijk PRPH2 van PH7 is: NM_000322

,Maken van primer:

,Op het tentamen moet je met de hand een primer kunnen schrijven!


PCR:
- DNA template
- Taq DNA polymerase: thermus aquarius bacterie. Werk sneller maar maakt
statistisch gezien een fout van 1 op 1000, geen proof reading.
- Nucleotiden: dNTPs
o d: deoxy - DNA
o N: kan A,T,G,C zijn
o TPs: tri fosfaat
- 2 ssDNA primers
- Buffer (incl MgCl) + water: co-factor. Een lading zodat het eiwit actief wordt.


PCR processen:
- Denaturatie: DNA wordt verhit tot 94 C. Waterstofbruggen gaan kapot, ion-bindingen
blijven bestaan.
- Annealing: primers binden. De temperatuur is 4 C lager dan Tm (smelttemperatuur)
[?]. Wanneer er dan primers opzitten, dan blijven die er ook opzitten.
- Extension/elongation[?]: polymerase verlengt primers bij 72 C


Polymerase houd op totdat het DNA op is, of totdat je onder de 94 C gaat.

Polymerase met proof reading: polymerase die controleert bij elke nucleotide of het de goede
is, maar werkt trager.


Onze primers:

Forward primer

- 5’ – acccggactacacttggcaa – 3’
- Lengte primer: 20 nt
- GC% primer: 55,0%
- Tm primer: 62 °C
- Lengte geamplificeerde fragment: 1100 nt


Reverse primer

- 5’ – tttctcagtgttcgggaggg – 3’
- Lengte primer: 20 nt
- GC% primer: 55,0%
- Tm primer: 62 °C
- Lengte geamplificeerde fragment: 1100 nt

,dbSNP: database singel nucleotide polymorphism.



Twee tools ontwerpen primer:
- Primer-BLAST
- Primer3Plus
Self complementair moet zo laag mogelijk zijn!
In primer blast kun je zelf je primers ook invoeren

SNPS zijn begonnen als natuurlijk voorkomende mutaties, maar vallen niet meer onder de
mutaties. Mutaties zijn dingen waarbij er echt gemuteerd wordt, bijvoorbeeld door straling.


Verschillende soorten mutaties:
- Puntmutatie: verandering op enkele plaats in het DNA, dat kan leiden tot een eiwit dat
minder functioneel is of juist functioneler.
- Baas-paar substitutie:
o Silent mutaties: mutatie nucleotide, maar aminozuur blijft hetzelfde.
o Missense mutatie: mutatie nucleotide, ander aminozuur
o Nonsense mutatie: mutatie nucleotide, stopcodon komt eerder/later, eiwit
wordt korter/langer
- Baas-paar insertie of deletie:
o Frameshift, veroorzaakt nonsense: eerder/later stopcodon
o Frameshift, veroorzaakt missense: missende letter, ander aminozuur
o Geen frameshift, maar 3 deletie van 3 base-paren: het missen van een
amionzuur.

,Primer-BLAST: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?
LINK_LOC=BlastHome


De pagina ziet er zo uit:




Je voert hier je accesiecode in.
Vervolgens geef je de regio van de forward primer en de reverse primer aan.
- Forward primer: 1 – [begin locatie CDS]
- Reverse primer: [eind CDS] – [eind sequentie]
Daarna voer je bij PCR product size het minimum en maximum in:
- Minimum: lengte CDS
- Maximum: eind sequentie

, Je scrolt iets naar beneden. Als database kun je Refseq mRNA houden. Organisme in dit
geval Homo Sapiens




Vervolgens klik je op Get Primers. Het moet even laden, en dan krijg je je resultaten.


Primer3Plus: http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi
De pagina ziet er zo uit:




Je voert hier je sequentie in (copy – paste)

The benefits of buying summaries with Stuvia:

Guaranteed quality through customer reviews

Guaranteed quality through customer reviews

Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.

Quick and easy check-out

Quick and easy check-out

You can quickly pay through credit card for the summaries. There is no membership needed.

Focus on what matters

Focus on what matters

Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!

Frequently asked questions

What do I get when I buy this document?

You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.

Satisfaction guarantee: how does it work?

Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.

Who am I buying these notes from?

Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller nicksomsen. Stuvia facilitates payment to the seller.

Will I be stuck with a subscription?

No, you only buy these notes for $6.69. You're not tied to anything after your purchase.

Can Stuvia be trusted?

4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)

64257 documents were sold in the last 30 days

Founded in 2010, the go-to place to buy revision notes and other study material for 15 years now

Start selling

Recently viewed by you

Book review ·

(0)

Critical analysis essay over The Witches of Eastwick by John Updike

Essay ·

(0)

MOD-5 Analysis Paper

Presentation ·

(0)

3.2.1A Praktijkleerplan LCZ

Package deal ·

(0)

NURS5315 /NURS 5315 Advanced Pathophysiology Exams PACKAGE DEAL| BUNDLE contains the latest Exams 1,2,3,4,5 and Final exam with verified solutions including study guides for University of Texas at Ar

Summary ·

(0)

Samenvatting Sportletsels en Artrose

Essay ·

(0)

NUR 400 Milestone_3_Redo study guide essay

Exam (elaborations) ·

(0)

NURS-6521D-6 NURS-6521F-6 NURS-6521N-6- Advanced Pharmacology 98 out of 100 points

$6.69
  • (1)
Add to cart
Added