BMW Genoom Deel 2 - HC Samenvatting DNA Analysetechnieken
13 views 1 purchase
Course
Genoom
Institution
Universiteit Utrecht (UU)
Dit document bevat een gedetailleerde samenvatting van alle hoorcolleges die zijn gegeven in deel 2 van de BMW cursus Genoom aan de UU in blok 2 (jaar 2020/2021). Het document is erg overzichtelijk en bevat veel ondersteunende afbeeldingen.
Biomedische Wetenschappen
Blok 2 Genoom – Deel 2
Inhoud
DNA-Analyse.......................................................................................................................................3
DNA-manipulatie technieken – recombinant technieken.......................................................................7
BMW Genoom – HC 2 – maandag 18 januari.......................................................................................11
CRISPR/Cas9 gene editing.................................................................................................................11
BMW Genoom – Next Generation Sequencing – maandag 25 januari.................................................19
Specifieke toepassingen van DNA-analyse m.b.v NGS......................................................................23
BMW Genoom – HC Onderzoeksvragen en designs – Ma 25 jan..........................................................27
1
,BMW Genoom – HC 1 – maandag 11 januari
In vivo = in een levende omgeving / cel
In vitro = in een reageerbuis
Manieren om cellen en celprocessen te manipuleren
DNA veranderen of toevoegen
RNA toevoegen (mRNA / siRNA)
Eiwit toevoegen
Kleine moleculen toevoegen
Verschillende analyse technieken
DNA
1. PCR - aanwezigheid
2. Restrictie-enzymen -
aanwezigheid
3. DNA-gelelectroforese -
aanwezigheid
4. Sanger sequencing (dideoxy-
sequencing) - sequentie
5. Next Generation sequencing -
sequentie
RNA
1. In-situ hybridisatie –
aanwezigheid en locatie
2. cDNA maken- aanwezigheid en
sequentie
3. RT-PCR - hoeveelheid
4. RNA sequencing – hoeveelheid,
aanwezigheid en sequentie
Hybridisatie = het aan elkaar zitten van
DNA en RNA door de basenparen. Het is een
basisprincipe in veel DNA- en RNA-technieken. Vaak is het een klein
complementair stukje dat op een lange streng gaat hybridiseren. Komt door
Brownian motion
1. Denaturatie
2. Renaturatie
3. Primer (PCR), probe of oligo (NGS)
2
, DNA-Analyse
[1] PCR – Polymerase Chain Reaction
Als doel: selecteren + ampliferen
Voorwaarden: de uiteinden van het stuk dat je wilt vermeerderen zijn
bekend
Het stuk dat je wilt vermeerderen kan max. enkele duizenden bp groot zijn
Er wordt gebruik gemaakt van de temperatuur.
Hoge T H-bruggen van DNA gaan uit elkaar waardoor het kan dienen als
template.
Lage T H-bruggen herstellen weer waardoor basenparing plaatsvindt
DNA polymerase gaat door, waardoor je ook nog extra DNA krijgt die je
niet wilt
Na een aantal cycli heb je pas de stukjes DNA die je écht wilt gebruiken.
De andere stukjes zijn aanwezig in een verwaarloosbaar lage concentratie
1. Je hebt DNA (in vitro)
2. Toevoegen een stukje DNA aan het eind + een stukje DNA aan het begin –
2 primers. Op twee plekken heb je een startpunt voor de DNA polymerase
(3’OH kant)
3. Toevoegen Taq DNA polymerase en nucleotiden
4. Transcriptie van het gen
[2] Restrictie-enzymen - endonucleases
Enzymen die een sequentie in het
dsDNA herkennen en hierin knippen
(hydrolyse-reactie)
De herkenning is van een
symmetrische sequentie (GAAGTC /
CTGAAG)
Binden vaak als dimeer
Sticky ends = basen die een
overhang hebben met elkaar
Blunt end = als er rechtstreeks wordt geknipt (Haelll)
[3] DNA-gelelectroforese
Gelatine achtige vloeistof fungeert als zeef waar stukjes DNA
doorheen moeten
Er wordt spanning toegevoegd zodat het DNA (-) gaat bewegen
naar de (+) pool
Scheiding DNA fragmenten op basis van grootte waarbij de
kleine DNA stukjes sneller over de vloeistof vloeien en dichter
bij de + pool komen
1 DNA molecuul kan je NIET zien, je hebt meerdere DNA
fragmenten van dezelfde grootte nodig voor een streepje
DNA-fragmenten zichtbaar gemaakt door ethidiumbromide en
UV-licht of fluorescente vloeistof (giftige stof)
[1,2,3] DNA-restrictie-enzym analyse – Digestie
Je kan ook zien of iemand dan heterozygoot of homozygoot is
1. PCR een stukje van het waarin één nucleotidevariatie zit
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lisaauerbach. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $4.75. You're not tied to anything after your purchase.
