Hoofdstuk 2 chemie
Alles bestaat uit materie dat bestaat in 3 fases: vast, gas of vloeistoffen
Deze materie bestaat weer uit atomen: kleinste functionele eenheid van materie
Moleculen: twee of meer atomen dat een binding vormen
Element: specifiek atoom
Rutherford ontdekte door een experiment dat protonen in een hoog volume in het midden
van de kern zitten en dat het grootste deel van het volume van een atoom leef is
Het is onmogelijk om de precieze locatie van een elektron te bepalen. We kunnen alleen de
regio beschrijven om de nucleus waar de kans groot is dat het elektron is. Zo’n regio heet
een orbital kunnen maximaal 2 elektronen bevatten
S orbital: bolvormig
P orbital: lijkt op propeller
Orbitals zitten in elektronenschelpen/ energie levels
Elektronen hebben een kinetische energie
In de eerste schil zit een s orbital (2 e-), in de tweede schil zit 1 s orbital en 3 p orbitals
(totaal 8 e-). Dichtbij de nucleus zitten de e- met de minste energie en verder naar buiten de
e- met de meeste energie
2-8-18-32-32 etc.
Mass en weight zijn 2 verschillende zaken:
weight veranderd: op de maan ben je lichter dan op de aarde
Mass is de hoeveelheid materie blijft altijd hetzelfde gemeten in Da (u) atomaire
massa eenheid
Een mol van elke substantie bevat hetzelfde aantal deeltjes als dat er in 12 gram koolstof
zitten
1 mol van elk element bevat hetzelfde aantal deeltjes (getal van avogrado) 6.022x10^23
Isotoop: ander aantal neutronen in de kern onstabiel gemeten in halfwaarde tijd
(radioisotopen: zenden straling uit om te vervallen in een stabiele vorm)
PET: scannen van actieve radio isotoop van glucose 18F naar FDG omdat kanker cellen
veel glucose gebruiken kan zo in kaart worden gebracht
Zuurstof, koolstof, waterstof en stikstof zijn belangrijkste elementen in de cel (95%), water
60% en soms 95% in planten. Stikstof belangrijk in opbouw van eiwitten
Compound= mengsel: molecuul gevormd door 2 of meerdere verschillende elementen
In compounds zijn de emergente eigenschappen anders dan die van het element die ze
bevatten
1
,Soorten bindingen:
Covalente bindingen: worden gevormd wanneer atomen elektronen delen om hun buitenste
schillen te vullen
Atomen zijn het meest stabiel wanneer zij 8 atomen in de buitenste schil hebben
Polair of apolair:
Elektronegativiteit: het vermogen om elektronen aan te trekken om een binding te vormen
met een ander atoom
Polair: als 2 atomen met verschillende elektronegativiteit een covalente binding vormen, trekt
het atoom met de grootste elektronegativiteit de 2 elektronen meer naar de nucleus van dat
atoom
Apolair: wanneer 2 atomen met dezelfde elektronegativiteit een binding vormen
Waterstofbruggen: het vermogen van een molecuul om een zwakke binding te vormen met
een ander molecuul: water atoom in een polair molecuul wordt aangetrokken door een
elektronegatief atoom veel H-bruggen helpen mee om de 3d structuur te behouden
- Kleine moleculen kunnen bijvoorbeeld binden aan enzymen (moleculen die
katalyseren voor belangrijke chemische reacties) en kunnen vervolgens weer loslaat
nadat de enzymen van structuur zijn veranderd
Van der waals kracht: redelijk zwak alleen, maar groot met veel bindingen. Doordat e- in
orbitals zitten en ontstaan in een apolair molecuul, aantrekkingskracht tussen de moleculen
kan zo ontstaan
Ionen: wanneer een atoom 1 of meerdere e- verliest of krijgt, Kationen binden met anionen
Kationen: positief geladen
Anionen: negatief geladen
Bindingen van 2 moleculen kan de vorm van deze moleculen veranderen
Vrije radicalen: een molecuul dat 1 vrij elektron in zijn buitenste schil bevat heel reactief
wil elektron zo snel mogelijk kwijt kan zorgen dat cel uit elkaar gaat of het genetisch
materiaal beschadigen of ze kunnen slechte bacterien doden. Antioxidanten kunnen het ene
elektron opnemen en maken de vrije radicalen zo onschadelijk
Chemische reacties hebben 3 eigenschappen:
1. Energie
2. Katalysator (meestal)
3. Gaan in een bepaalde richting maar bereiken uiteindelijk een evenwicht
Solute: substanties die opgelost zijn in water
Solvent: de vloeistof waarin de oplosmiddelen zitten
Deze vormen samen een solution dus oplossing
Om in water op te kunnen lossen moet je polair zijn zodat je aan de H+ of O- deeltjes van
water wordt aangetrokken, Na+ en Cl- worden bijvoorbeeld door water moleculen omringd en
gaan zo uit elkaar
2
,Amphifatisch: zowel hydrofobe als hydrofiele eigenschappen lange moleculen van deze
hopen in water opeen en vormen zo een soort bol (hydrofobe stukken in het midden)
micelles worden bijvoorbeeld gebruikt om olie of viezigheid weg te halen
Concentratie is de hoeveelheid stof dat is opgelost in een oplosmiddel per volume eenheid
Molariteit: aantal mol stof dat is opgelost per liter
Vaporization: water naar gas, fusion: water naar ijs
Hydrolyse: H2O wordt opgenomen en condensatie is andersom (H2O komt vrij)
Evaporation: verdamping (van water naar gas)
Adhesie = aantrekkingskracht tot een Andere molecuul
Cohesie = aantrekkingskracht tot een dezelfde molecuul
Surface tension: mate van aantrekkingskracht tussen moleculen op het oppervlak van een
vloeistof
Bij een zuur komt een H+ vrij, bij een base OH-
Acidic: PH onder 7
Alkaline: PH boven 7
De PH van een oplossing kan invloed hebben op:
- De vorm en functie van moleculen
- De snelheid van chemische reacties
- De mogelijk van 2 moleculen om met elkaar te binden
- De mogelijkheid van ionen om op te lossen in water
Buffers minimaliseren veranderingen in de PH
3
, Hoofdstuk 3 chemie in de cel
Functional groups: groepen van atomen met karakteristische chemische structuren en
eigenschappen
Amino groep: -NH2 is een base
Isomeren: moleculen met dezelfde chemisch formule maar een andere structuurformule en
eigenschappen
Structuur isomeren: bevatten dezelfde atomen maar hebben een andere binding relatie
Stereo isomeren: hebben dezelfde bindingen, maar de positie van de atomen verschilt
Enantiomeren: spiegel isomerie
Grote moleculen komen bij elkaar door verschillende monomeren aan elkaar te binden
Condensatie reactie/ dehydratie reactie: H2O komt vrij wanner 2 monomeren worden
gebonden
Hydrolysatie: water wordt opgenomen wanneer 2 monomeren worden gevormd uit
polymeer
4 macromoleculen: koolstof, vet, eiwit en nucleïne zuren
Koolhydraten:
Monosachariden: ribose (DNA en RNA), glucose (ATP), galactose
Disachariden: sucrose (tafelsuiker, transport in plantencellen) fructose en glucose,
maltose (twee glucose molecule a-d aan a-d glucose) tijdens digestion (spijsvertering)
waarbij grote koolhydraten in darmen worden verteerd
lactose (B-D galactose aan B-D glucose) melk voor zoogdieren
4