Summary
samenvatting bio-informatica
- Course
- Institution
samenvatting van alle hoorcolleges en overzicht van alle informatie. alle oefeningen zijn hierin uitgewerkt. Door dit document te gebruiken haalde ik in eerste zit een 18/20.
[Show more]
Seller
Follow
JenteDG
Reviews received
Content preview
Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)ENTREZ GENE (Home - Gene - NCBI (nih.gov)) \
www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?db=refseqn;id=NM_000231;format=fasta&style=raw
- Dit is in deault formaat
- Zoals een genbank formaat
- Via deze site: NM nummer vervangen => FASTA sequentie meteen te zien!
Informatie over een gen
- Gen structuur
- Functies
- Gen expressie
- Interacties met andere proteïnen
- Mutante fenotypes
- Homologie
Gegeven info
- Elke lijn = transcript isovorm
- NM_identifier = RefSeq identifier
Geeft de FASTA sequentie door erop te klikken
Zoeken in entrez nucleotide (Home - Nucleotide - NCBI (nih.gov))
- NP_ = protein entry
- Non-coding exon = licht groen <-> coding exon = donker groen
RefSeq
- Veel sequenties zitten vaker in genbank => redundantie
- Doel: voor elk molecule een referentiesequentie hebben
- Elke RefSeq = uniek molecule van een organisme
- RefSeq is niet redundant => elk bestaat maar 1 keer
- NT_, NP_, NM_
- XP_ = voorspellingen
Voorbeeld: EIF4EI (accession number: U54469)
- U54469 ingeven in entrez nucleotide
- Header, features en sequence gegeven
- CDS = coding sequence
- Genproduct = eukaryotic initiation factor 4E-II
- Gennaam = eIF4E
European database – EMBL/EBI (EBI Search < EMBL-EBI)
- ENSG nummer = ensemble gene ID
- Europese versie van NCBI
DBFETCH (Dbfetch < EMBL-EBI)
European nucleotide archive -ENA (ENA Browser (ebi.ac.uk))
,Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)
OEFENING 1
Vindt de publicatie in PubMed met PMID 29764999
1) Open entrez all databases
2) Geef het PMID in
3) Artikel gegeven over het gen
Welk gen is ermee gelinkt?
1) Het E2F1 gen komt voor in het artikel
Er is maar 1 transcript: geef de FASTA, GenBank en graphics
1) Open entrez nucleotide
2) Geef E2F1 in
3) Je kan zien dat er maar 1 transcript is
4) Klik op de RefSeq transcripts: het transcript is NM_005225
5) Klik links boven op FASTA, GenBank en Graphics
Download het GenBank formatted flatfile
1) Druk rechts boven op sent to
2) Druk op file en genbank formaat
3) En download het
Download de flatfile met DBFetch (default format)
1) Ingeven in link bovenaan bladzijde
2) Crtl+A en crtl+C
3) Crtl+V in notepad++
Open het in een text editor
1) Open notepad++
2) Open het gedownloade bestand
PROTEIN DATABASES
Via entrez gene
- Gen ingeven in entrez gene
- Bij de tab “NCBI reference sequences” staan links naar sites
- NP_ = link naar entrez Protein (Home - Protein - NCBI (nih.gov))
- P = link naar UniProtKB (UniProt)
- UniportKB = swissprot
GFF format
- Alleen de features
- Tab seperated text file -> 9 kolommen
- sequentie naam – bron – type feature – start – stop – score – strand – frame – extra tekst
OEFENING 1
Download de FASTA sequentie van humaan hemoglobin alpha protein from uniprot
1) open uniprot
2) vul de naam van het eiwit in
3) ga naar FASTA
4) open de sequentie en plak hem in notepad++
,Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)
Download een GFF format list of features
1) ga via format naar GFF
2) plak in notepad++
OF: voeg het eiwit toe aan je basket -> download dan het juiste formaat
OEFENING 2
Vindt de paper over de rol van het DCC gen in cellular differentiation and colorectal
tumorgenesis (Hendrick et al. 1994)
1) zoek via pubmed all databases
2) geef “hendrick DCC gene” in
3) je krijgt nu het artikel te zien
Geef het pubmed ID
1) ID is te vinden onder de titel van het artikel
2) PMID: 7926722
Wat zijn de residus die de signal sequence bepalen volgens de uniprot entry?
1) Zoek het DCC gen in entrez gene
2) Ga naar de uniprot link
3) Zoek naar daar signal peptide
4) Positie 1-25
5) Via BLAST kan je de sequentie vinden
= MENSLRCVWVPKLAFVLFGASLFSA
Structuren
- Entrez structure in NCBI (Home - Structure - NCBI (nih.gov))
OEFENING 3
Hoeveel mRNAs zijn er van het SOX2 gen?
1) Ga naar entrez gene
2) Geef SOX2 in
3) Er is 1 transcript isovorm = 1 mRNA
Wat is de functie van dit gen?
1) Open de info over het gen
2) Ga naar de uniprot link
3) Hier kan je de functie lezen
Geef de FASTA sequentie van 1 mRNA
1) Ga naar NM identifier en klik erop
2) Open de FASTA
Geef de FASTA sequentie van 1 proteïne isovorm
1) Ga in uniprot naar de FASTA
2) Open de sequentie
Is de structuur beschikbaar?
1) Geef in entrez structure SOX2 in
2) Er zijn structuren beschikbaar
Zijn er geannoteerde domeinen in swissprot?
1) Ga in uniprot naar de tab “family and domains”
2) Hier zie je dat er 2 domeinen zijn
3) Positie 19-23 poly-gly
Positie 227-30 poly-ala
, Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)
GENE ONTOLOGY (GO) (QuickGO (ebi.ac.uk))
GO annotatie
- Functie
- Verwerking
- Component
- Annotaties = alle species die het gen ook hebben
Databases
- FlyBase (drosophila) (FlyBase Homepage)
- MGI (muizen) (MGI-Mouse Genome Informatics)
- SGD (gist)
- TAIR
- TIGR
- SWIS-PROT
- PSU
- ZFIN
- PAMGO
Vragen
- Wat doet het genproduct?
- Waar en wanneer doet het dat?
- Waarom doet het dat?
Componenten
- Cellular component
- Molecular function
- Biological process
OEFENING 1
Vindt de GO annotatie van het humaan PAX6 in uniprotKB, mouse PAX6 in MGI en fly in flybase
1) open uniprotKB
2) geef het PAX6 gen in
3) ga via quick GO naar de GO annotatie = 222
4) je kan deze opslaan via export – GAF – GO
5) open MGI
6) geef het PAX6 in
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller JenteDG. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.05. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
64438 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now