Contents
(College 1) Chapter 2 Chemical Components of Cells .......................................................... 2
Chemical bonds................................................................................................................. 2
Small molecules in cells .................................................................................................... 8
Macromolecules in cells .................................................................................................. 12
(College 2) Chapter 4 Protein Structure and Function ......................................................... 28
The shape and structure of proteins ................................................................................ 28
How proteins work ........................................................................................................... 32
How proteins are controlled ............................................................................................. 37
How proteins are studied ................................................................................................. 40
(College 3) Chapter 17 Cytoskeleton .................................................................................. 47
Intermediate filaments ..................................................................................................... 48
Microtubules .................................................................................................................... 50
Actin filaments ................................................................................................................. 55
Muscle contraction........................................................................................................... 58
(College 4) Chapter 11 Membrane Structure ....................................................................... 63
The lipid bilayer ............................................................................................................... 64
Membrane proteins.......................................................................................................... 68
(College 4) Chapter 12 Transport Across Cell Membranes ................................................. 71
Principles of membrane transport .................................................................................... 72
Transporters and their functions ...................................................................................... 75
Ion channels and the membrane potential ....................................................................... 79
Ion channels and nerve cell signaling .............................................................................. 81
(College 5) Chapter 3 Energy, Catalysis and Biosynthesis .................................................. 84
Free energy and catalysis................................................................................................ 84
Activated carriers and biosynthesis ................................................................................. 88
(College 5) Chapter 13 How Cells Obtain Energy from Food .............................................. 91
The breakdown and utilization of sugars and fats ............................................................ 91
1
,M1 Biochemie Adeline Visser
(College 1) Chapter 2 Chemical Components of Cells
De chemie is grotendeels gebaseerd op koolstoffen, dit is wat we organische chemie
noemen. De chemie wordt gedomineerd en gecoördineerd door collecties van grote
polymeren, dit zijn moleculen die zijn bestaan uit vele chemische sub units die, achter
elkaar, aan elkaar zitten. In dit hoofdstuk gaan we in op de chemie van de levende cel, met
behulp van de wetten van de chemie en natuurkunde.
Chemical bonds
Matter is gemaakt van combinaties van elementen, stoffen zoals waterstof of koolstof die
niet kunnen worden afgebroken of omgezet door chemische processen. Het kleinste deeltje
van een element dat zijn chemische eigenschappen behoudt is een atoom. De manier
waarop atomen zijn samengesteld en hoeveel hiervan aanwezig zijn, bepalen het molecuul.
Cells are made of relatively few types of atoms
Elk atoom heeft zijn centrum een dicht opeengepakte, positief geladen nucleus. Om deze
nucleus hangt op enige afstand een wolk van negatief geladen elektronen. Deze wolk blijft in
zijn baan om de nucleus door de elektrostatische aantrekkingskracht. De nucleus bevat twee
deeltjes: protonen, positief geladen, en neutronen, welke neutraal geladen zijn. Het
atoomnummer van een element is gebaseerd op het aantal protonen die aanwezig zijn in de
nucleus.
De elektrische lading van ieder proton is exact gelijk en tegenovergesteld aan de lading van
één elektron. Omdat het gehele atoom neutraal geladen is, is het aantal negatief geladen
elektronen die om de nucleus heen zitten, gelijk aan het aantal positief geladen protonen die
de nucleus bevat. Dit betekent: het aantal elektronen in een atoom is gelijk aan het
atoomnummer.
Neutronen hebben in de essentie dezelfde massa als protonen. Ze dragen bij aan de
structurele stabiliteit van de nucleus, als er te veel of te weinig zijn, kan het vervallen wat
resulteert in radioactiviteit. Een element kan in verschillende fysieke vormen voorkomen,
toch zijn deze chemisch aan elkaar gelijk. Wij noemen dit isotopen, deze stoffen hebben
verschillende aantallen neutronen maar identieke aantallen protonen.
2
, M1 Biochemie Adeline Visser
Het atoomgewicht van een atoom, of het
moleculaire gewicht van een molecuul, is de massa
relatief tot de massa van een waterstof atoom. Deze
waarde is gelijk aan het aantal protonen plus het
aantal neutronen. De elektronen worden hier niet in
meegenomen, deze zijn namelijk zo licht dat het
vrijwel niets uitmaakt. De massa van een atoom of
molecuul wordt normaliter uitgedrukt in de eenheid
dalton, waar één dalton gelijk staat aan de massa
van een waterstof atoom.
Het getal van Avogadro, laat ons dagelijkse
hoeveelheden te relativeren samen met individuele
atomen en moleculen. Als een substantie een
molecuulgewicht heeft van X, C grammen van die
substantie zal 6 * 1023 moleculen bevatten. Deze
hoeveelheid noemen we 1 mol van de substantie.
Dit is een belangrijke manier van benaderen, omdat
deze veel met berekeningen wordt gebruikt.
The outermost electrons determine how atoms interact
Protonen en neutronen zijn strak met elkaar verbonden in de nucleus, deze wisselen alleen
van partner in extreme gevallen, bijvoorbeeld met radioactief verval. In levend weefsel,
ondergaan alleen de elektronen herschikking. De elektronen vormen het toegankelijke deel
van het atoom en bepalen dus ook de chemische regels waarmee ze eventueel met atomen
zouden kunnen samengaan om moleculen te vormen. Dit toegankelijke deel wordt
gerangschikt in een zogenaamde elektronen schil. De schil het dichtste bij de nucleus kan
maximaal twee elektronen bevatten, de tweede schil kan maximaal acht elektronen
behouden, de derde schil kan ook acht elektronen huishouden, de vierde en vijfde kunnen
ieder achttien elektronen behouden. Atomen met meer dan vier schillen komen vrijwel niet
voor bio biologische moleculen.
Het atoom is het
stabielst wanneer
alle elektronen in de
meest hechte
schillen zich
bevinden, dit
betekent het
dichtste bij de
nucleus. Een atoom
met de buitenste
schil volledig gevuld
is extra stabiel en
daardoor
chemische niet
reactief, zoals bij
Neon (Ne).
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller adelinevisser. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.94. You're not tied to anything after your purchase.