Summary
complete samenvatting
- Course
- Institution
- Book
Samenvatting van college 1 t/m 13 van het vak moleculaire cel biologie. Per college zijn veel relevante afbeeldingen toegevoegd.
[Show more]
Connected book
Book Title:
Author(s):
- Edition:
- ISBN:
- Edition:
More summaries for
-
Molecular Biology of The Cell, 7th Edition
-
Summary Molecular Biology of the Cell 2 (book) (WBFA007-04)
-
Summary Regenerative Medicine
Seller
Follow
Britte2000
Content preview
Boek:H1: voorkennis
H4 173-186 herhaling
H4: 187-216 kern
H4: 217-234 herhaling/achtergrond
Lecture 1a
Basisbegrippen van DNA
- Opgebouwd uit nucleinezuren (4 types: G-C T-A)
- Dubbelstrengs DNA ontstaat door waterstofbruggen tussen de basen G-C (3) en T-A (2)
- Helix antiparallel
- 5’ (phosphate) and 3’ (hydroxyl)
- Altijd 5’ aan 3’ koppeling via phosphodiesters
- Biosynthese van 5’ naar 3’ richting
- Overall negatief geladen
- Polymeren via covalente verbindingen
Organisatie DNA in een eukaryotische cel
- In tegenstelling tot bij prokaryoten ligt het DNA van eukaryoten in hoge mate geordend in
de kern
o Gevolgen: betere controle van genexpressie & activatie en de-activatie van complete
chromatine-gedeeltes
Prokaryoten: nauwelijks transcriptie controle
Eukaryoten: organisatie van DNA bepaalt controle van genregulatie
Transcriptie: in de kern
Translatie: buiten de kern
Chromosomen (eukaryoten)
- Gepaarde chromosomen (2x23 = 46)
- De niet geslacht gepaarde chromosomen zijn diploïde
- In prokaryoten: DNA is cyclisch
- Telomeer
o Uiteindes van de chromosomen, wordt bij elke celdeling korter
o Uiteindelijk zo kort dat celdeling niet meer plaats kan vinden
o Bij geslachtscellen en sommige kankercellen worden de telomeren niet korter
o TTAAGGG sequentie
- Centromeer
o Waaraan de chromosomen vast zitten en uit elkaar worden getrokken tijdens deling
o Sequentie die de twee chromosomen aan elkaar koppelt
- Origin of replication
o Sequentie met het signaal om te starten
o Meerdere per chromosoom, omdat het zo snel plaats kan vinden
- Heterochromatine
o Heel dicht gepakt DNA
o Niet toegankelijk voor gentranscriptie (wel voor deling)
- Euchromatine
o Licht gepakte DNA
- Wanneer een gen van euchromatine naar heterochromatine gaat, wordt het uitgeschakeld
- X-chromosoom is groot & Y-chromosoom is klein
,Kleuring van de 46 chromosomen (karyotype) → specifiek voor verschillende chromosomen
Chromosoom translocatie
- Bij bepaalde ziektes of bij kanker
- Cellen gaan ongecontroleerder delen, waardoor fouten ontstaan
Chromosomen in verschillende stadia van de cel deling
Unique sequence van de chromosomen
- Exon: coderen voor de aminozuren (omgezet naar mRNA) (slechts paar procent)
- Intron: blijven niet over in het mRNA (ongeveer 20%)
- Overige deel (30%)
Repeated sequence
- Transposons
DNA vouwt zich om een histon → soort parel ketting die zorgt voor een compacte pakking
DNA kan ongeveer 2x om een histon heen vouwen
Nucleosoom = DNA (-) + histon (+)
De nucleosomen draaien in elkaar en vormen het chromatine fiber
Histon core = 8 verschillende eiwitten (2x 4 paren)
Histon fold (van de 4 histon eiwitten)
- Bestaat uit een lange alfa helix, 2 kortere alfa helixen met een kleine loop en via deze kleine
loop draaien deze twee alfa helixen terug over de lange alfa helix
- Door deze vouwing kunnen 2 histon eiwitten goed in elkaar grijpen = histon handshake
- Aan de N-terminus van de histon eiwitten komt een langere, minder gestructureerde staart
- Deze staart steekt uit de nucleosomen
- De N-terminus kan gelezen worden en is toegankelijk
- 4 verschillende histon eiwitten: H4 H3 H2A H2B
, - De 4 histon eiwitten vouwen al ons DNA → heel algemeen het DNA herkennen en niet op
basis van sequentie
- H4 – H3 & H2A – H2B
- Twee H4 – H3 komen bij elkaar en vormen een tetrameer → waar vervolgens het DNA zich
omheen vouwt
- De ruimtes die overblijven worden opgevuld door H2A – H2B dimeren
Nucleosomen zijn erg dynamisch
- Noodzakelijk om de DNA sequenties beschikbaar te maken
- Ze laten zo nu en dan een stukje van het DNA eventjes los
- Dit stukje wordt dan beschikbaar door eiwitten om aan te binden
- Dit DNA bindend eiwit kan een complex vormen met het nucleosoom
o Kan ervoor zorgen dat het DNA nog losser komt te zitten
o Kan ervoor zorgen dat het nucleosoom verschuift
- Het verplaatsen van het nucleosoom core → chromatine remodeling compex
- Heeft ATP nodig als energie bron
- Histon chaperone: zorgen ervoor dat de histonen heel uit het DNA gehaald worden
Het histon H1 eiwit bevindt zich niet in de nucleosoom zelf
- Bindt aan het DNA dat uit de nucleosoom komt en het DNA dat om het histon core heen zit,
om zo het DNA dichterbij het histon te trekken
- De nucleosomen kunnen op een goede manier in elkaar draaien als een soort helix
Kinetogoor
- Herkent speciale histon eiwitten in het centrosoom
- Trekt chromosomen samen in het centromeer
Lecture 1b
Epigenetica
= wetenschap die zich bezighoudt met overerving van eigenschappen die niet ontstaan door
veranderingen in nucleotide sequentie, maar door (veranderingen in)
- Gen-regulerende eiwitten
- Erfelijke modificaties van (histon eiwitten, DNA)
Genetica vs epigenetica
- Bij epigenetische modificaties wordt de modificatie bij de geslachtscellen “gewist” bij
genetische modificaties blijft de modificatie in de geslachtscellen aanwezig.
- Ofwel, de modificaties worden gereset bij de geslachtcellen (epigenetisch)
Epigenetische modificaties gebeuren omdat je alle genen toegankelijk wil hebben. Maar als een cel
zich gaat differentiëren, wil hij de genen die hij niet meer nodig heeft uit zetten.
Heterochromatine: compacte DNA waar de inactieve genen in voorkomen
Euchromatine: lossere gepakte DNA waar de actieve genen in voorkomen
- Maar: het is niet zo dat in alle genen in het euchromatine DNA tot expressie komen
White gene (bij fruitvlieg)
- Wanneer dit gen actief is, zijn de ogen rood
- Wanneer dit gen niet actief is, krijgen de ogen witte plekken
- Eerste keer is gevonden dat genen in het heterochromatine uit gezet kunnen worden was in
een fruitvlieg.
, - Het white gene is heel dichtbij het heterochromatine gevonden, waardoor het inactief was
Biochemische modificaties aan aminozuren van histonen
- Vinden plaats aan het lysine aminozuur
- Veel lysine aan N-terminus van histon
- Actylering (C2H2O) → verandering van lading (+ naar neutraal)
- Methylering (CH3) → geen verandering van lading, wel meer hydrofoob
- Modificaties kunnen herkent worden door bepaalde eiwitten
- Dit zijn reader eiwitten die specifieke eiwitdomeinen hebben die modificaties kunnen
herkennen en vervolgens kunnen binden
- Serine kan gefosforileerd worden (PO3) → verandering van lading (neutraal naar -)
- Belangrijk is: de modificaties die erop kunnen, kunnen er ook weer af (HDACS halen acetyl
eraf) = reversibel
N-termini van histon eiwitten
- Steken uit naar buiten
- Beschikbaar om gemodificeerd te worden door enzymen
- Zijn niet gestructureerd
- Kunnen uitgelezen worden als een soort streepjescode
- Streepjescode vertaalt zich aan het aantrekken van eiwitten die vervolgens kunnen binden
- Verzwakken van de interactie van het DNA met de histon eiwitten (door lading verandering)
Code-reader complex
- Heel groot eiwit complex
- Leest de histon code
- Eiwitmodules die kunnen binden aan de modificaties op de histon eiwitten
- Code wordt uitgelezen en vervolgens gekoppeld aan een functie
Het lezen van een histon-code
- Individuele onderdelen in het code-reader complex
- Deze herkennen de modificaties
- Heeft een pocket waar precies bvb een CH3 inpast
- Het gaat om de methylering van een bepaald aminozuur in de context van de andere
aminozuren
Modificaties van Histon H3
- Methylering is niet per se silicing, maar ligt eraan waar de methylering heeft
plaatsgevonden, zie hieronder
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller Britte2000. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $15.01. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
72042 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now