Summary
Samenvatting zelfstudie GP
- Course
- Institution
- Book
Samenvatting van alle zelfstudie voor genoom tot populatie
[Show more]
Connected book
Book Title:
Author(s):
- Edition:
- ISBN:
- Edition:
More summaries for
-
Test Bank to Accompany Essential Cell Biology, Alberts,5e
-
Essential Cell Biology Chapter 1,2,4,5,7&8 (Alberts)
-
Essential Cell Biology 5th Edition Chapter 1 Review
Seller
Follow
lonnekespek
Reviews received
Content preview
Zelfstudie 1 H5DNA molecuul bestaat uit twee complementaire strengen van nucleotiden
- Energetische voordelige conformatie van DNA door
- Complementary base-pairing
- Twisten van dubbele helix
- 10 basen per draai in de helix en je hebt major groeve en minor groeve in de helix.
- Organisme verschillen van elkaar omdat hun DNA moleculen verschillende
nucleotiden sequenties hebben. Het DNA van 2 verschillende diersoorten kan vaak
onderscheiden worden door een verschil in de verhouding van (A+T) en (G+C).
- Genetische code: overeenkomst tussen de 4-letter nucleotiden alfabet van DNA en
de 20-letter aminozuur alfabet van eiwitten.
- Gen expressie: proces waarbij transcriptie van nucleotide sequentie van een gen
naar de nucleotide sequentie van RNA plaatsvindt en dan de translatie daarvan naar
de aminozuursequentie van eiwitten. Genen die coderen voor RNA molecuul hebben
geen translatie naar eiwit.
De structuur van eukaryote chromosomen
- Histonen en niet-histone chromosomale eiwitten samen met het DNA heet een
chromatin.
- Histonen vormen nucleosoom dat DNA moleculen in interfase nucleus omzetten in
een chromatine vezel(clusters van dicht verpakte nucleosomen). Als deze
chromatine wordt uitgevouwen zie je nucleosome core particles → dubbele helix
DNA(-) gevouwen om een kern van 8 histon eiwitten(+).
- Nucleosoom bestaat dus uit een nucleosoom core particle(DNA om histon heen) en
linker DNA (verbindt nucleosoom core particles)
Zelfstudie 2 H6
DNA replicatie
- Replicatie machine: alle enzymen betrokken bij DNA replicatie
- DNA replicatie is semiconservatief: elke dochtercel heeft 1 originele streng en 1
nieuwe streng in zijn dubbele helix.
- DNA replicatie is biderectional omdat 2 kanten op DNA wordt opengebroken.
- Figuur 6-6 en 6-7 ook tekst met potlood aangegeven welke niet en wel!
- Primase heeft geen proofreading, maar doordat het vervangen wordt door DNA kan
DNA polymerase het proofreading doen.
- DNA topoisomerase produceert kortstondige nicks in de DNA backbone om de
spanning te verlichten die ontstaan is door het unwinding van DNA voor DNA
helicase. Als die spanning te groot wordt dan wordt unwinding heel moeilijk.
Topoisomerase maakt de nick ook weer dicht. Vorming van DNA in een spoel verlicht
ook de spanning.
- Clamp loader hydrolyseert ATP zodat een sliding clamp zich kan bevestigen aan
DNA. In leading streng hoeft dit maar 1 keer en in lagging streng elke keer nadat een
Okazaki fragment is gemaakt.
- Door replicatione machinery complex kan de synthese van beide strengen
gecoördineerd gebeuren.
,Zelfstudie 3 H6, 19 Alberts en H7 Russell
Failure to repair DNA damage can have severe consequences
- Sikkelcel anemie: puntmutatie in bèta-globine eiwit van hemoglobine waardoor die
minder oplosbaar is, waardoor rode bloedcel sikkelvorm krijgt. Gevolg is minder
bloedcellen, omdat deze cellen eerder kapot gaan en kunnen aggregeren en voor
verstopping zorgen.
- Sommige loss-of-function mutaties kunnen dominant zijn, bijvoorbeeld als 50% van
de eiwitten misgevouwen zijn door mutatie in 1 allel en die misgevouwen eiwitten
accumuleren. Dit zorgt voor ernstige problemen in de cel.
- Het erven van een mutatie in mismatch repair enzymen van 1 gen is nog niet heel
erg. Maar als er ook een mutatie ontstaat in de andere gen van de mismatch repair
enzymen, dan kan er kanker ontstaan, omdat DNA schade niet wordt hersteld en er
dus snelle proliferatie is van de cellen.
H7 Russell
- Mutatie snelheid: de waarschijnlijkheid van een bepaalde mutatie als functie van de
tijd
- Mutatie frequentie: het aantal verschijningen van een bepaalde mutatie, uitgedrukt
als een deel van cellen of individuen in een populatie
- Tautomeer → een zeer zeldzame isomere vorm van een base, waardoor hij paart
met een andere base dan normaal. 5-Bromouracil kan relatief makkelijker overgaan
in zijn tautomere vorm en dus gemakkelijker mutaties veroorzaken. Als base over is
gegaan naar andere vorm dan heet dat tautomerische shift.
- Keto vorm is normale vorm en enol vorm is tautomerische vorm.
- Mutatie hot spots: nucleotiden waar een hoger-dan-gemiddelde frequentie van
mutaties voorkomt.
- Voornamelijk ioniserende straling zorgt voor mutatie → straling waarbij elektron uit
atoom schil gaat en covalente bindingen breekt.
- UV-licht verhoogd de chemische energie van bepaalde moleculen zoals pyrimidines.
- Ioniserende straling zorgt voor grote chromosomale mutaties, vaak door
puntmutaties
- Deinococcus radiodurans zijn zeer resistent tegen schade veroorzaakt door straling.
- Met recombinant DNA technologie kunnen genen worden gekloond en gebruikt
worden voor onderzoek
- Sommige stoffen, zoals polycyclische aromaten hydrokoolstoffen, worden mutageen
na metabolisme.
- Ames test: testen de potentiële mutageniciteit van chemicaliën. Bacterie DNA streng
die histidine nodig heeft om te groeien wordt gemengd met extract van muis voor
enzymen zodat metabolisme kan plaatsvinden → op culturel plate → toevoeging van
de te testen chemicaliën → positief resultaat als er significant meer kolonies gevormd
zijn bij chemical toevoeging dan bij controle. Relatieve mutageniciteit tussen
chemicaliën kan ook gemeten worden met ames test, waarbij je dosis-response
curve krijgt.
- Base excision repair: foute base of nucleotide wordt eruit gehaald en goede wordt
erin gezet. Glycosylase enzym knipt binding tussen base en suiker en ander enzym
verwijdert suiker. DNA polymerase en ligase vullen het gat.
- Nucleotide excision repair: NER systeem bevat 4 eiwitten(UvrA, UvrB, UvrC en
UvrD). 2 UrvA en 1 UrvB glijden over DNA tot een fout in DNA → 2 UvrA laten los en
, UvrC koppelt aan UvrB → UvrB knipt links en rechts van fout → UvrD unwinds helix
hiertussen → DNA polymerase I en ligase dichten het gat. Dit systeem kan alleen in
het donker repareren.
Zelfstudie 4 H7 Alberts
Van DNA naar RNA
- Gen expressie: omzetting van genetische instructies in DNA naar RNAs en eiwitten
- Genetische code: set van regels waarbij de informatie die een nucleotide sequentie
van een gen en het bijbehorende RNA molecuul bevat, wordt getransleerd in de
aminozuursequentie van een eiwit.
- In bacteriën herkent de sigma factor aan RNA polymerase de promoter doordat de
base in de promoter een uniek kenmerk hebben die uitsteekt. Als de transcriptie is
begonnen laat de sigma factor los van RNA polymerase.
- In eukaryote cellen 3 RNA polymerasen: RNA polymerase I en III transcriberen
genen die coderen voor tRNA, rRNA en andere RNAs en RNA polymerase II
transcribeert de andere genen o.a. die coderen voor eiwitten.
- Eukaryote cel heeft veel langere DNA waarin genen verspreid liggen. Hierdoor kan
een gen controlled worden door een grote variëteit aan regulatoire DNA sequenties
en kan die meer complexe transcriptionele regulatie aan.
- Eukaryote transcriptie initiatie moet ook dealen met het verpakte DNA in
nucleosomen en andere chromatine structuren
- Als RNA polymerase II klaar is met transcriptie en loslaat, dan wordt die
gedefosforyleerd waardoor die weer een nieuwe RNA synthese kan starten.
- snRNPs bestaan uit small nuclear RNAs(snRNAs) en andere eiwitten.
- Spliceosoom bestaat uit RNA moleculen en eiwitten die zorgen voor de splicing van
het RNA. 7-22!
- Nuclear kern complex bepaalt welke macromoleculen de kern verlaten en
binnenkomen. Aan het goede complete RNA binden eiwitten die de cap, poly-AAA
staart en de exon junction complex herkennen. Dit eiwitten complex bepaalt of het
mRNA de kern mag verlaten. Zo ja dan bindt mRNA aan nuclear receptor die hem
door de kernporie lijdt. Waste RNA blijft in kern en wordt afgebroken en de
nucleotiden worden hergebruikt voor transcriptie.
- 7.26 blz. 244 ook tekst!!!! Levensduur van mRNA wordt bepaald door sequentie
in mRNA zelf, meestal in 3’ UTR.
Zelfstudie 5 H7
tRNA moleculen matchen aminozuren aan codon in mRNA
- In principe hoef je maar 20 tRNA’s te hebben, voor elk aminozuur 1. Maar er kunnen
meerder tRNA’s voorkomen voor 1 aminozuur.
- Je hebt ook tRNA’s die coderen voor meerdere codons. Eerste en tweede base van
het codon moeten dan wel hetzelfde zijn, maar de laatste (wobble) maakt niet uit. Dit
komt doordat het anticodon iets gebogen is waardoor die alleen aan de eerste twee
basen bindt van het codon (met de laatste twee basen van het anticodon). Hierdoor
hoeven er maar 31 tRNA’s te bestaan, maar in echt ong. 500 tRNA’s maar die
hebben bij elkaar bij 48 verschillende anticodons.
, - Aminoacyl-tRNA synthetase herkent het aminozuur, de nucleotides van het
anticodon en de aminozuur-accepting arm dat specifiek is voor het tRNA.
Specifieke condons in een mRNA signaleren ribosomen waar ze moeten starten en stoppen
- Een initiator tRNA die methionine draagt bindt aan kleine subunit en dan aan 5’ cap
van mRNA. Deze methionine wordt meestal later verwijderd door een protease.
- De initiator tRNA komt in P-site samen met andere translation initiation factors.
Alleen een initiator tRNA kan sterk binden aan P-site zonder de grote subunit.
- Initiator tRNA met methionine en kleine subunit glijdt over mRNA en stopt bij start
codon AUG en tRNA bindt met zijn anticodon hieraan. Dan laten translation initiation
factors los en bindt grote subunit.
- Nu begint eiwitsynthese
- Bacteriën hebben geen cap dus bindt ribosoom aan ribosoom-binding site in mRNA
voor het startcodon.
Gecontroleerde eiwitafbraak helpt het aantal eiwitten in de cel te reguleren
- Concentratie van eiwitten in de cel is afhankelijk van de snelheid waarmee RNA en
eiwitten worden gesynthetiseerd en afgebroken.
- Proteasen zorgen voor de proteolyse van eiwitten, eerst in kleine peptiden en daarna
in aminozuren. Ze knippen de peptidebindingen tussen aminozuren in het eiwit.
- Proteolyse is er om snel eiwitten af te breken waarvan de levensduur kort gehouden
moet worden en ze herkennen en verwijderen eiwitten die beschadigd zijn of fout
gevouwen. Dit voorkomt aggregatie van eiwitten en dus celdood.
- Aminozuren die vrijkomen worden gebruikt om nieuwe eiwitten te maken.
- Proteasomen zijn grote eiwit machines die eiwitten afbreken in cytosol of kern.
Proteasoom heeft proteases in het midden en erbuiten eiwitten(stoppers) die het te
degraderen eiwit ontvouwen en naar de proteasen leiden. De proteasen breken dan
het eiwit af.
- Eiwitten voor degradatie worden herkend door proteasoom doordat ze polyubiquitine
hebben gebonden.
- Enzymen die eiwitten ubiquineren herkennen deze eiwitten doordat ze een korte
aminozuursequentie hebben(korte levensduur) of door exposed delen op eiwit(door
misvouwen of schade)
- Chaperones zorgen voor goede vouwing en voorkomen aggregatie van eiwitten.
- Figuur 7-45 en 7-46!!.
Zelfstudie 6 H9 en 6
Mobiele genetische elementen
- DNA sequentie dat van een chromosoom locatie naar een andere locatie kan
verspringen. Vaak verstoren ze de functie of veranderen de regulatie van bestaande
genen. Soms creëren ze nieuwe genen door fusie van mobiele sequenties met
segmenten van bestaande genen.
- Sommige transcriptiefactoren herkennen deze sequenties. Als de sequenties zich
dicht bij een gen invoegen, dan kan dit gen gecontrolled worden door die
transcriptiefactoren en dus een andere genexpressie krijgen.
- Ook geven deze DNA sequenties mogelijkheden voor genoom rearrangementen
door te dienen als targets voor homologe recombinaties.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lonnekespek. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.06. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
60281 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now