Summary
Samenvatting Genetica
- Course
- Institution
Volledige samenvatting van de cursus en de slides
[Show more]
Seller
Follow
dedeny
Reviews received
Content preview
1Samenvatting: Genetica:
Humaan Genoom Project:
• Gestart in 1990, met gebruik van Sanger sequencing
• Duurde 13 jaar, om 1 genoom te verkrijgen
• In 2021:
o 1 genoom in enkele dagen
o Gebruik makende van next-generation sequencing
Humaan Genoom:
• Bestaat uit 4 nucleotiden:
o A, C, G, T
• 3*10^9 basenparen, ongeveer 2 meter lang
• DNA in elke celkern
o Ongeveer 20000 genen (2% van het genoom)
o > 50%; ‘repeats’ of herhalingen
o Niet-coderend DNA
Genetische variatie:
• Het genoom tussen 2 individuen, ongeveer 99,8% identiek
• Variatie door single nucleotide varianten (SNV) (1 om de 300)
• Ook structurele varianten (SV); 4000 per genoom
o Inclusief kopijveranderingen (CNV)
• Meestal zijn varianten benigne of neutraal
Functie van het genoom:
• Meer dan alleen centrale dogma (DNA naar RNA naar eiwit)
o Weerspiegelt eigenlijk maar kleine functie van het genoom
• Niet-coderend DNA heeft ook een functie
• Genoom bestaat uit regio’s voor transcriptie, transcriptiefactor associatie, chromatine
structuur en histone modificaties
• Dit komt door nieuwe inzichten in de organisatie en regulatie van het genoom
Structuur van het genoom:
• Bevat regulatorische elementen:
o Tal van cis- en trans- regulatorische elementen (voornamelijk niet-coderend)
o Ze zitten samen in topological associated domains (TAD)
Genoomprojecten:
• Cataloog van (normale) variaties in het humaan genoom
• Ter beschikking van de gemeenschap, begrijpen van ziekten bij de mens
Genetica Dylan De Neve
, 2
Genoom databases (gnomAD):
• Database let aggregatie van exoom- en genoomdata uit grootschalige sequencingprojecten
• Ze bevatten het volledige genoom
• Vrij beschikbaar voor de biomedische gemeenschap, zonder gebruiksbeperkingen
Kenmerken (traits):
• Bepalen hoe we er uitzien
• Zitten vervat in het genoom
Variaties kunnen ziekte veroorzaken:
• Zeldzame ziekten:
o Recessieve ziekten
o 2 mutaties nodig in 1 bepaald gen
o Vooral de genen zijn belangrijk
o Bv. Mucoviscidose en albinisme
• Polygenisch:
o Veroorzaakt door mutaties in meerdere genen
o Bv. Gespleten lip
• Frequente ziekten:
o Vooral omgevingsfactoren die interageren met genetische factoren
o Oorzaak is dus variaties in meerdere genen in combinatie met de omgeving
o Bv. Obesitas en ziekte van Crohn
Variantie in het genoom:
• Benigne variant:
o Niet geassocieerd met een fenotype
o Ze zijn onopgemerkt
o Polymorfisme
• Pathogene variant:
o Geassocieerd met een ziekte
o Iedereen heeft deze recessieve varianten
o Germinale of constitutionele mutaties kan doorgegeven worden naar de volgende
generatie (in alle lichaamscellen)
o Somatische mutaties, wordt niet doorgegeven naar volgende generatie (in
somatische cellen)
o De novo variant, niet aanwezig in de ouders van het individu
▪ Niet altijd ziekte veroorzakend
Genetica Dylan De Neve
, 3
Basisbegrippen:
• Genlocus:
o Locatie van gen op chromosoom
• Allelen:
o Verschillende DNA sequenties van een gen
• Genotype:
o Geheel van allelen aanwezig op een bepaalde genlocus
• Homozygoot:
o Zelfde allelen voor de 2 kopijen van bepaalde genlocus in individu
• Heterozygoot:
o 2 verschillende allelen voor bepaalde genlocus in het individu
• Samengesteld heterozygoot:
o 2 verschillende allelen voor bepaalde genlocus in individu
• Hemizygoot:
o Mannen zijn hemizygoot voor X-chromosoom
Classificaties van genetische defecten:
• Chromosomale afwijkingen:
o Afwijkingen die microscopisch zichtbaar zijn
• Genomische herschikkingen:
o Submicroscopisch
• Sequentievariaties:
o Moleculaire genetica
o De vroegere puntmutaties
Basepaarsubstituties:
• Vervanging van een base door een andere base:
o Transities, van purines naar purines en van pyrimidines naar pyrimidines
o Transversie, van purines naar pyrimidines en omgekeerd
• Transities zijn frequenter dan transversies
o Kom door chemie om van C naar T te gaan
▪ Komt door methylatie van cytosine, zorgt voor
makkelijke stap naar T
• Gevolgen:
o Silentieus
o Missense
o Nonsense
o Splicing
Silentieuse variant:
• Wijziging van nucleotide zorgt er voor dat er geen verandering is van AZ
Missense variant:
• Wijziging van nucleotide zorgt voor verandering van 1 AZ
Genetica Dylan De Neve
, 4
Nonsense variant:
• Wijziging van nucleotide zorgt er voor dat een coderend codon veranderd naar dat van een
STOP-codon (UAA, UAG of UGA)
Prematuur stopcodon en nonsense-mediated decay:
• Normale situatie:
o Na splicing zijn exon junctie complex (EJC) eiwitten aangehecht aan elke splice site
o Deze worden verwijderd door het eerste ribosoom tot aan het stopcodon
• Prematuur stopcodon (PTC):
o Ribosoom zal vroegtijdig stopcodon bereiken en verwijderd worden
o Verschillende EJC blijven ter plaatse
• PTC in rode zone:
o Nonsense-mediated
decay
o Afbraak van mRNA
o Geen eiwit-productie
• PTC in groene zone:
o Nonsense-mediated
decay escape
o Productie getrunceerd eiwit
Splice site variant:
• Donor splice site (donor loss) (eerste kruis):
o Deel van intron of volledige intron blijft in matuur mRNA
• Acceptor splice site (acceptor loss) (tweede kruis):
o Verlies kan leiden tot exon skipping
• Donor splice site (donor gain) (eerste vink):
o Er ontstaat een nieuwe exonische DSS, zorgt voor verlies deel van exon
• Acceptor splice site (acceptor gain) (tweede vink):
o Er ontstaat een nieuwe exonische ASS, zorgt voor verlies deel van exon
Genetica Dylan De Neve
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller dedeny. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $8.47. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
77764 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now