Summary
Samenvatting Biologische Databeses
- Course
- Institution
Een samenvatting van de tentamenstof voor het vak Biologische Databeses dat gegeven wordt in jaar 2 van de opleiding Biomedisch Laboratoriumonderzoek.
[Show more]
Seller
Followzomulder
Reviews received
Content preview
SAMENVATTING: BIOLOGISCHE DATABESESHOOFDSTUK 1: THE LEGEND OF AMELX AND AMELY
CORE TASKES: LEARN TO USE NCBI AND BLAST
THE NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION
The National Center for Biotechnology Information (NCBI) is created in 1988 as a part of the National Library of
Medicine at NIH
- Establish public databases
- Research in computational biology
- Develop software tools for sequence analysis
- Disseminate biomedical information
-
- Gegevens van NCBI zijn door mensen samengesteld, elke dag worden er 11.000 sequencies
toegevoegd.
THE CENTRAL DOGMA & BIOLOGICAL DATA
,REFSEQ
RefSeq is een vrij toegankelijke databank waarin geannoteerde nucleotidesequenties en bijbehorende
eiwitproducten zijn geïndexeerd. Het wordt beheerd door NCBI. In tegenstelling tot GenBank is elk
macromolecuul slechts 1 keer in de database opgenomen. RefSeq is dus niet-redundant, waardoor het een
relatief kleine zoekruimte heeft.
- Non-redundancy
- Updates to reflect current sequence
- Data validation
- Format consistency
- Distinct accession series
- Stewardship by NCBI staff and collaborators
STRUCTUUR VAN DE DATALINK
,BASIC LOCAL ALLIGNMENT SEARCH TOOL: BLAST
BLAST helps you to find homologous genes and
proteins
Homologous genes/proteins
- have a common ancestor (they’re related)
- have similar structures
- have similar functions
CRITERIA OM TWEE SEQUENTIES ALS HOMOLOOG TE BESCHOUWEN
Eiwitten zijn homoloog als: hun aminozuursequencties minstens 25% identiek zijn
DNA-sequenties zijn homoloog als: zijn minstens 70% identiek
Merk op dat reeksen groter moeten zijn dan 100 a.a. (of bp), wanneer een aminozuursequentie korter
is dan 35 aa, noemen we dat meestal een peptide maar geen eiwit, omdat het te kort is om de functie
als eiwit uit te voeren.
Het is beter om eiwitten te vergelijken dan DNA-sequenties
BLAST VERGELIJKT SEQUENTIES
- BLAST neemt een query sequentie
- Vergelijkt het met miljoenen sequenties in de GenBank databeses: door local allignments te
contrueren
- Geeft een lijst weer die hetzelfde lijken als de query sequentie: de hitlijst
- Vertelt waarom hij denkt dat ze homologen zijn: BLAST maakt suggesties; jijzelf maakt de conclusies
BLAST HEEFT VERSCHILLENDE SOORTEN BLASTS; DE BELANGRIJKSTE:
- Protein BLAST (BLASTp)
Vergelijkt een eiwit query met sequenties in GenBank protein databese.
- Nucleotide BLAST (BLASTn)
, Vergelijkt nucleotide query met sequenties in GenBank nucleotide databese
Ook kunnen er 2 sequenties met elkaar vergeleken worden. Voeg de eerste sequentie in de bovenste search
vorm. Voeg de 2e sequentie in de onderste search vorm. Om 2 sequenties met elkaar te vergelijken wordt
BLASTN gebruikt.
HOE INTERPRETEER JE DE RESULTATEN VAN EEN BLAST SEARCH?
SEQUENCE ALIGNMENT – DEFINITION
Sequence alignment is an arrangement of two or more sequences, highlighting their similarity
The sequences are padded with gaps (streepjes) so that wherever possible, columns contain identical
characters from the sequences involved.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller zomulder. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.51. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
64438 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now