Summary
RNA samenvatting
- Course
- Institution
In dit hoofdstuk gaat het over RNA en al de methoden die hiervoor gebruikt worden zowel in bulk als single cell
[Show more]
Seller
Follow
saravanhecke23
Reviews received
Content preview
METHODEN: RNAZie methoden 1 voor verschillende methoden hoe RNA moet worden bereid voor deze verder te
kunnen gebruiken voor andere technieken.
RNA komt vooral enkelstrengig voor, terwijl DNA vooral enkel dubbelstrengig voorkomt, waardoor
RNA veel minder stabiel is dan DNA. RNAs bevatten ddNTPs en DNA bevatten dNTPs. RNA strengen
zijn in het algemeen veel korter dan DNA. RNA bevat een uracil in plaat van een thimidine.
Er zijn verschillende soorten RNA:
- DNA → RNA → eiwitten (mRNA, tRNA en rRNA nodig)
- Er is ook RNA dat niet omgezet wordt naar eiwitten (zowel lange als korte fragmenten)
o rRNAs en tRNAs helpen bij de translatie van eiwitten – zelf niet eiwit coderend
o miRNA → niet veel over gekend maar belangrijk bij gezondheid en ziekte
o piRNA = piwi-interacting RNA → interageert dus met piwi eiwitten → belangrijk bij
kiemcellen en dus bij de vruchtbaarheid
o siRNAs = small interfering RNA, short interfering RNA of silencing RNA → gebruikt als
methode voor het bestuderen van genexpressie
o lncRNAs = long noncoding RNA
o circulair RNA
▪ Belang van niet coderend RNA bij het gebruik van methoden
• Korter
• Geen poly-A-ataart
• In veel minder kopiën voorkomend in de cellen
• Aangepaste methoden nodig voor extractie en identificatie
Structuur van mRNA:
- De uiteinden van het mRNA liggen niet gecodeerd in het DNA, ze worden
toegevoegd/gemodificeerd
- 5’ cap = gemodificeerde G → methylgroep erop met een dubbele
fosfaatbrug
- 3’ poly A staart → een staart van een 50-250 tal A’s aan het uiteinde
- Pre-mRNA bestaat niet lang en is niet makkelijk te meten
Humaan genoom en transcriptoom
- ~20 000 genen
- ~200 000 transcripten
o Precieze aantal nog onzeker
o 50-100 000 proteïne conderend
o Veel niet coderend (lncRNA, miRNA…), pseudogenen
o Gen → vaak meedere transcripten door alternatieve splicing
Transcriptoomanalyse (transcriptomics)
Het doel van transcriptoom analyse = transcript(en) identificeren, genexpressie meten
- Targetgen(en() = te bepalen gen(en)/transcript(en)
- Bulk (=uit vele cellen samen) vs single cell (=individuele cellen)
1
, Er zijn verschillende methoden mogelijk:
1. Oudere methoden: Northern blot
o 1 gen – 1 transcript bepalen
o Duurt heel lang
o Bedoelt specifiek voor RNA
o Sample gaan laden in een gelleke en dan zo de lengte bepalen – deze dan overzetten
naar een papiertje en zo 1 gen bepalen voor 1 transcript
2. In situ (= op de plaats zelf) methoden (hybridizatie/PCR)
3. Kwantitiatieve PCR toepassingen (RT-PCR en ddPCR)
o Genexpressie kwantitatief
o Hoge throughput aantal stalen: 96-384 well PCR
o Enkele gekende transcripten in vele stalen
o Normale PCR = semi kwantitatief
▪ qPCR = de hoeveelheid van het staal
gaan bepalen en in real time
bepalen/bekijken
▪ dPCR = druppeltjes. In de druppeltjes elk apart een PCR reactie met probes
en primers voor al de verschillende transcripten
4. Micro-arrays
o Genexpressie kwantiatief
o Geel veel gekende transcripten, tot volledige transcriptoom
5. RNA-sequencing
o Genexpressie kwantiatief
o Heel veel transcripten, tot volledige transcriptoom
o Ook RNA sequentie aflezen, inclusief detectie ongekende transcripten
o Nu resolutie tot op niveau van individuele cellen
Transcriptomics : gaat over RNA analyse op grote schaal.
RNA (cDNA) micro-array
- Principe :
o RNA van staal wordt omgezet in gemerkt cDNA
o cDNA wordt gehybridiseerd met array die probes bevat voor verschillende (alle)
genen
o RNAs geëxprimeerd in staal geven een signaal op de array
o Miniaturiseerbaar → vele assays in parallel
- Nu: kant-en-klare-array
- cDNA microarrays
o probe = 1 labg cDNA molecule (600-2400 nt) of meerdere lange
oligonucleotides (70-80 nt) per gen (long-nucleotide microarray)
o probe gespot op vaste fase (microarray)
- high-density oligonucleotide microaarys:
o probe = meerdere korte oligonucleotides (~25-50 nt) per gen
o probe in situ aangemaakt op vaste fase (microarray)
o Eventueel controles:
▪ Match en mismatch probe
▪ Normalizatie-probes
▪ Replicatie-probes
2
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller saravanhecke23. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.74. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
52510 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now