Summary
Data-analyse en databanken samenvatting
- Course
- Institution
In deze samenvatting worden de verschillende databanken beschreven over waarvoor je deze kan gebruiken en via welke online tools je data analyse kan doen
[Show more]
Seller
Follow
saravanhecke23
Reviews received
Content preview
METHODEN: DATA-ANALYSE EN DATABANKENEnorm belang van bioinformatica in het biomedisch onderzoek. Rijkdom aan bioinformatische tools,
sommige zeer toegakelijk (websites), anderen vereisen kennis van een programmeertaal (R, Python,
Bash…) en/of zijn betalend. 2 aspecten die vaak aan mekaar gekoppeld zijn:
- Data opzoeken in databanken
- Data-analyse
Literatuur
Pubmed en Web of science: Peer reviewed artikels (onderzoeksartikels en literatuuroverzichten
(reviews)). Deze zijn toegankelijk door in te loggen via de bibliotheek van KUL. Ondanks dat KUL een
abonnement heeft moet je toch soms betalen voor sommige artikels.
Sci-hub: dit is gratis met >85 miljoen gepubliceerde artikels, ook artikels waarvoor via officiële
kanalen je voor moet betalen. Erg controversieel.
Google scholar: peer reviewed artikelen. Bevatten ook zeer recente publicaties.
Preprint servers: artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben → kwaliteit is zeer
variabel. Meer recente onderzoeksresultaten worden hier gratis gedeeld. Hier zijn veel opties van
servers (biorxiv, medrvis, zenodo…)
JoVE (journal of bisualized Experiments): peer reviewed video’s van metgoden en protocollen.
Slechts beperkt deel gratis toegankelijk.
Patenten (=octrooien): een exclusief recht op het commercieel exploiteren van een uitvinding.
Omvat ook een publicatie van de uitvinding. Te bekijken in specifieke databanken.
Data repositoria
Data portalen van waarop ‘ruwe’ (=nog niet geanalyseerde) data kunnen worden gedownload.
Zoeken via ‘accession number’ uit publicatie of via zoektermen. Laat toe om dure -omics datasets te
herbruiken voor nieuwe onderzoeksvragen.
GEO (gene expression Omnibus): RNA expressive datasets
PRIDE database: massa spectrometrie proteomics datasets
PDB (protein DataBase): 3D structuurinformatie van eiwitten
Data platformen
Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, bvaak op een visueel attractieve
manier. Laat toe om zaken makkelijk op te zoeken.
DNA
genome browsers: deze zijn vooral bedoelt om dingen in te kunnen zoeken in de dataplatformen.
Men kan genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten… van een gen gaan opzoeken.
Bv. Ensembl, UCSC kunnen hiervoor gebruikt worden. men kan ook data ENCODE raadplegen.
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met links naar meer gerichte data platformen.
1
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller saravanhecke23. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.21. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
52510 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now