Class notes
GP werkcolleges
- Course
- Institution
Alle werkcollege-opdrachten van GP zijn uitgewerkt in dit document.
[Show more]
Seller
Follow
rebecca81
Content preview
GP WerkcollegeWerkcollege 1: DNA replicatie, mutaties en reparatie
1.1 Adenosine, guanosine, cytidine, thymidine en uridine zijn gebonden aan de backbone via ribose,
vorm van adenine, guanine, cytosien, thymine en uracil. ATP staat voor Adenosinetrifosfaat, want het
is aan ribose gebonden en de trifosfaat. De 4 nucleotiden die gebruikt worden door DNA polymerase
zijn dATP, dCTP, dGTP en dTTP, alleen de deoxyribosenucleotiden worden gebruikt. Primers worden
gemaakt van RNA, er worden dus ook andere nucleotiden gebruikt voor het starten van de Okazaki
fragmenten. dNTP staat voor deoxynucleotriofosfaat, het is dATP, dCTP, dGTP en dTTP.
1.2. Primase zal niet aanwezig zijn, waardoor het niet goed gaat, primase mutatie werkt
waarschijnlijk wel, maar een stuk langzamer, dus is de replicatie van DNA langzamer. Sliding clamps
kan ook zijn, want polymerase valt er dan telkens af en moet er opnieuw opgezet worden.
1.3 Van te voren heb je DNA, ligase en ATP, je vormt gerepliceerd DNA, ligase, AMP en 2 P i. Het zit op
alfa fosfaat, dus wordt AMP radioactief. Er wordt niks in DNA toegevoegd, ligase is geen additie.
1.4a Doordat 5BU wordt ingebouwd bij eerste replicatie kan er een uracil zitten, waardoor het met A
een paar zal vormen, je krijgt dan AT. Het kan ook een cytosine zijn en dus met G een paar vormen
tot GC bij de volgende replicatie. Doordat het in beide vormen kan overspringen kan GC omspringen
in AT, maar andersom kan AT ook worden omgevormd tot GC. A wordt G en T/U wordt C en
andersom. Mutaties kunnen enkel ontstaan bij replicatie en ook enkel bij DNA, ze zijn ook enkel van
belang bij replicaties.
1.4b Lys = AAA en AAG, Glu = GAA en GAG. Dit kan veroorzaakt worden door 5BU, doordat AAG kan
veranderen in GAG. Asp = GAU en GAC, Ala = GCU, GCC, GCA en GCG. Dit kan niet worden
veroorzaakt door 5BU, het is dan van A naar C of andersom. Phe = UUU en UUC, Leu = UUA, UUG,
CUU, CUC, CUA en CUG. Dit kan soms worden veroorzaakt door 5BU, want UUC kan CUC worden.
1.5a Je kan van A naar G en van T naar C, maar niet andersom. Je kan UAA veranderen in AGU, dit zijn
beide stopcodons. Je kan niet op een andere manier een stopcodon vormen.
1.5b Ja dit is mogelijk, je kan van Trp, UGG naar UGA door de transitie, want G kan naar A.
6 was een examenvraag
1.6a Dit is deaminering.
1.6b - - A – A – G - -
--G–G–G--
Het genoom verandert dus op zo’n manier, dat het of dood is of dat het juist viraler wordt.
1.6c Uracil wordt verwijderd, er is geen complementaire streng want het virus is enkelstrengs en dan
krijg je framgentatie.
,Werkcollege 2 Splicing en translatie
2.1 De linkerfiguur geeft replicatie aan en de rechterfiguur geeft transcriptie weer.
Lagging strand RNA polymerase
DNA Leading Origin of Okazaki promotor RNA
polymerase strand replication fragment
2.2 Het percentage van de aminoacyl-tRNAs geproduceerd door dit aminoacyl-tRNA synthase wat
netto onjuist is, dus 10/100 x 1/100 = 10/10000 = 1/1000 = 0.1%
2.3 UGA is een stopcodon en zal dus geen actief enzym opleveren, doordat het eiwit veel korter is
dan normaal. GGA en GCA coderen allebei voor een gewoon aminozuur, je gaat van lysine naar
alanine doordat de zijgroepen bijna hetzelfde zijn (H en CH 3) het is een neutrale mutatie, waardoor
de synthese gewoon door kan gaan.
2.4 Door deze splitsing is er een frame shift verandering waardoor een compleet ander eiwit
ontstaat.
2.5a 5’-GGTGA…CTCCA-3’ hij kan ook 1 G later pakken en dan 1 G later oppakken, er zijn dus 2
mogelijkheden, waarbij hij goed loopt. Wat dus ook kan: 5’-GTGAG….TCCAG-3’.
2.5b Je krijgt geen splicing, want de snRNPs complexen herkennen de overgang van exon naar intron
niet meer, dus er zou stuk intron in het eiwit terecht komen. Als er in het midden van het intron een
mutatie optreedt hoeft dat geen probleem te zijn, tenzij het een overgang intron-exon wordt,
waardoor het gespliced wordt en er te weinig intron weggehaald wordt.
2.6 3’-CAUCGCAAGGUAGUCUAAA-5’ leidt tot (start bij AUG) Met-Glu-Arg-Tyr
2.7 5’-CATGCAAAGTAATAGGT-3’ leidt tot 5’-CAUGCAAAGUAAUAGGU-3’ leidt tot His-Ala-Lys-Stop-
Stop-GU
2.8 5’-TAACTGTTGATGCTCAT-3’ leidt tot 5’-UA ACU GUU GAU GCU CAU-3’ leidt tot UA-Thr-Val-Asp-
Ala-His
2.9a 78, ze liggen enkel tussen de exonen. 2 386 000 baseparen zijn alle intronen samen.
2.9b 4666 (14 000/3)
2.9c Er ligt een alternatieve promotor voor exon 33, waardoor mRNA gevormd kan worden. De
translatie begint bij een startcodon, dit moet aanwezig zijn in exon 33.
2.9d Het eiwit mist tussen exon 1 en exon 79 andere exonen, doordat die specifieke overgang van
intron naar exon en exon naar intron niet herkend worden, het gaat mis met splicing.
2.9e Exon 50 bestaat uit 19 basen, als je die overslaat, krijg je een frameshift mutatie doordat je 1
aminozuur ‘te kort’ komt.
2.9f Dit kan doordat exon 51 uit een aantal basen bestaat die 2 basen langer is dan een meervoud
van 3, waardoor de frameshift mutatie niet meer voorkomt en wel een werkend eiwit kan ontstaan.
Werkcollege 3 Effect van mutaties op fenotype
3.1a Hemofilie is loss-of-function en achondroplasie is gain-of-function mutatie.
3.1b Bij hemofilie is het onzin, want de mutatie is X-linked recessief en de zoon krijgt het X-
chromosoom van zijn moeder. Bij achondroplasie kan het wel, want het is een dominante mutatie,
, dus van 1 ouder is het genoeg om de ziekte te veroorzaken. De mutatie kan dus veroorzaakt worden
door de mutatie in de germ line cellen. Mutatie hoeft niet per se veroorzaakt te worden door de
kerncentrale, het kan ook door toeval/spontaan komen.
3.2a Er zijn allerlei homologen van een gen, dus het zijn isovormen, allemaal verschillende genen
maar met min of meer dezelfde functie.
3.2b Arginine is AGA, AGG, CGU, CGC, CGA of CGG, Trp is UGG. Dus vanuit Arg is de eerste A een U
geworden of de eerste C is een U geworden. De positie kan een A, T of C zijn op DNA niveau, dit is de
SNP. De positie is KRT71 aminozuur 151 of KRT71 base 453 in het open reading frame, dus vanaf het
start codon.
3.2c Bij base 20 begint het. 303-20 = 283. 283/3 = 94.3, dus het is de tweede base. Het is dus UGC en
het wordt UUC, je krijgt dan Cys, UUC is Phe. De positie is FGF5 op aminozuur 95.
3.2d Van G naar T is een loss-of-function mutatie, want als je 1 keer een overgang van G naar T hebt,
is er nog niks aan de hand, pas als je die mutatie 2 keer hebt dan wordt je pas langharig. De mutatie
is dus recessief.
3.2e Er zitten regulatiegenen in het laatste deel, er kan een herkenningsplaats ontstaan voor een
specifieke transcriptiefactor ontstaan. Ze kunnen zo de genexpressie verhogen, je krijgt meer van het
eiwit en dit is hetzelfde als de gain-off-function.
3.2f A: KRT71 met Arg geeft rechtharig (met Trp krullen), FGF5 met 303G geeft kort (met U lang),
RSPO2 met 3156 basen geeft normaal (met 3323 basen geeft ruig/draadachtig met versiering).
A: KRT71 met Arg, met FGF5 heeft op 303 G en heeft RSPO2 3156 basen.
B: KRT71 met Arg, met FGF5 heeft op 303 U/T en heeft RSPO2 3156 basen.
C: KRT71 met Trp, met FGF5 heeft op 303 G en heeft RSPO2 3323 basen.
D: KRT71 met Arg, met FGF5 heeft op 303 U/T en heeft RSPO2 3156 basen.
E: KRT71 met Arg, met FGF5 heeft op 303 U/T en heeft RSPO2 3323 basen.
3.3a Een proto-oncogen is een gen wat deling van een cel reguleert, een oncogen is een gemuteerd
proto-onocgen waardoor de cel ongelimiteerd kan delen.
3.3b Het is een stukje DNA wat omgezet wordt in RNA, dit wordt dan weer DNA via reverse
transcriptase en kan (opnieuw) in het genoom terecht komen. DNA transposon zijn stukjes DNA die
in het genoom verplaatsen en dus niet vaker voorkomen, het codeert voor het enzym wat zichzelf
eruit knipt. Vaak codeert het retro-transcriptase zelf voor de reverse transcriptase.
3.3c Waar het terecht komt is puur toeval, het gaat ontzettend langzaam en vaak gebeurt het niet in
je leven. Het wordt gebruikt om stambomen van families te bekijken. Twee naast elkaar is zeldzaam,
maar als het gebeurt en die persoon plant zich goed voort, hebben veel mensen het.
3.3d De Alu retro-transposons zitten in de introns en worden er dus uitgeknipt.
3.3e Er is frameshift, want 100 is niet deelbaar door 3 en de aminozuren worden door 3 basen
gecodeerd.
3.3f Het komt door ongelijke homologe recombinatie tussen chromosomen kan niet. je hebt 1
chromosoom met een gen, je hebt 2 retro-transposons die vrijwel identiek zijn. Je moet ze vouwen
om te zorgen dat ze identiek naast elkaar liggen. Het stuk wat tussen de retro-transposons ligt, dat
gaat eruit, dat is dus exon 17. Als het stuk uit je DNA is verdwenen, krijg je het ook niet meer terug en
geef je het dus ook door aan je nakomelinge, het is definitief.
Werkcollege 4
4.1a Hae III, een restrictie-enzym, knipt op de sequentie GGCC, als de A vervangen wordt door een G,
dan staat er GGCC en dit wordt herkend door het restrictie-enzym. Een restrictie-enzym knipt DNA in
stukken bij een bepaalde sequentie, het is bacterieel, we hebben het normaal niet in onze kern/cel.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller rebecca81. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.50. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
60281 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now