Summary
Samenvatting Microben
- Course
- Institution
Samenvatting van de colleges van microben in 2019/2020
[Show more]
Seller
Follow
liezemies
Reviews received
Content preview
MicrobenCollege 1 – Bacteriën, archaea & bacteriofagen (07-01-2020 & 23-01-2020, Leendert Hamoen)
Spore soort van poeder
Blijft altijd bestaan
Deel van levenscycli van planten, algen, schimmels
Schimmels vormen de grootste bedreiging voor planten
Candida albicans kan opportunistische infecties veroorzaken, is normaal
gesproken al deel van de mondflora en de vagina
Protozoa single cell (bijvoorbeeld pantoffeldiertje)
Malaria is meest belangrijke
o Gaat in rode bloedcellen zitten, net als Trypanosoma brucei (slaapziekte)
Tobacco mosaic disease is een virus
Virussen kunnen door een bepaald filter heen, waar
bacteriën niet doorheen kunnen
Bepaalde virussen bij mensen: hepatitis, dengue, HIV, polio,
measles, smallpox
Immunisatie stimulatie van een immuunreactie door het
inbrengen van een verzwakt pathogeen
Goede kanten van microben:
- Vertering
- Antibiotica
- Bier (spontane fermentatie met gist en bacteriën,
net als worst en zuurdesem)
Essentiële rol van microben:
- Lucht/zuurstof doormiddel van cyanobacteriën
- Stikstof fixatie
Symbiose microbioom huid, darm, stikstoffixatie (mycorrhiza) korstmossen (lichens)
Biotechnologie maken van chemical compounds en enzymen
Penicilline antibiotica (schimmel tegen bacteriën)
Virussen kunnen wel nuttig zijn
Plankton bloom door bacteriofagen
Tulip breaking virus
Inenten
Gentherapie
Robert Hooke heeft de eerste lichtmicroscoop
gemaakt en de term “cel” bedacht
Verschillende microscopen zijn nodig om
verschillende grootte en structuren van cellen te
bekijken
Bij lichtmicroscopie moet de golflengte kleiner zijn
dan of gelijk aan het object wat je bekijkt
Bij de vergroting 100x gebruikt je olie om het licht
op de juiste manier te breken
Gram-positive dikke celwand, maar wel één
(crystal violet stain blijft hierdoor)
,Gram-negative dunnere celwand
Negative stain kleurt de achtergrond, waardoor de capsules meer zichtbaar worden
DAPI DNA-specifieke stain
Bacteriën moeten op alles voorbereid zijn in zelfde omgeving een ander gedrag vertonen
Fluorescence microscopy organisme neemt licht met een bepaalde golflengte op en zendt licht met
een lagere energie (langere golflengte) weer uit
Fluorophore fluorescerend chemisch deel
Chemische affiniteit
Gelabelde antilichamen
DNA/RNA-hybridisatie
Fluorescerend eiwit
Immunofluorescence primary & secondairy antibodies
- Gebruikt specificiteit van antilichamen en antigenen
GFP Green Fluorescence Protein
- Fusie met SepF lokaliseren
Daptomycin delokaliseert essentiële celwand synthetische enzymen
Phase-Contrast Microscopy heeft een speciaal faseplaatje faseverschil
- Interferentie zorgt voor zichtbaarheid van doorzichtige/kleurloze objecten
Elektronenmicroscopie
Transmissie elektronenmicroscopie (TEM)
o Elektronen gaan door object
o Laat innerlijke structuren zien
Scanning elektronenmicroscopie (SEM)
o Elektronen scannen het oppervlak van het object
o Laat de 3D structuur goed zien
Cryo-EM (electron cryomicroscopy) object/organisme zit in water en is
bevroren
Cryo-electron tomography object kan in 3D worden bekeken, genereert hoge resolutiemodellen,
hoeft niet fysiek in dunne plakjes gesneden te worden
Magnetotaxis gebruikt magnetosome, magnetisch veld om naar bodem te zwemmen weten waar
noord en zuid is
Cell envelope bestaat uit celwand en celmembraan
Nucleoid niet membraangebonden gebied van het cytoplasma waarin chromosomen zich bevinden
als looped coils
Flagellum externe helische filamenten om de cel voort te bewegen (soort staart)
Cholesterol maakt in dierlijke cellen het membraan minder
vloeibaar, in sommige bacteriën zijn dat hopanoids (lijkt op
cholesterol)
Membraan van een bacterie heeft ook een lipid bilayer
Celwand zorgt voor vorm en stijfheid van de cel, ook voor het
door-/weerstaan van turgor
De bacterial cell wall (sacculus) bestaat uit één interlinked
molecuul
Meeste bacterie celwanden bestaan uit peptidoglycanen of
murein
Peptidoglycan bestandsdelen cross-bridges (niet in
detail kennen)
Gram-positive meerdere lagen peptidoglycanen
Cellen maken een beschermende laag tegen immuunsysteem
capsule
, S-layer bestaat uit (glyco)eiwitten, extra beschermende laag in free-living bacteriën
Geeft cel vorm en beschermt tegen osmose
Transglycosilation/tranpeptidation L- & D-alanines
Lipid II voorlooper voor peptidoglycan synthese
Target voor bepaalde antibiotica
LPS lipopolysaccharides in membraan van Gram-negatieve bacteriën
Vorm-bepalende eiwitten:
- FtsZ vormt een Z-ring in spherical cells (septum synthese)
- MreB vormt een coil in rod-shaped cells (peptidoglycan synthese)
- CreS (crescentin) zorgt voor boonvormige bacterie (intermediate filament)
Division septum groeit naar binnen, scheidt oudercel in twee dochtercellen
Bacteriën hebben geen organellen, maar wel bepaalde structuren
- Thylakoids fotosynthetische membranen
- Carboxysomes eiwitcompartiment voor CO2-fixatie
- Gas vesicles om positie te bepalen (drijfvermogen)
- Storage granules opslag van glycogeen, PHB (energie), sulfur (zuurstof)
- Magnetosomes oriëntatie van zwemmende magnetotactic bacteriën
Aan de buitenkant ook bepaalde structuren
- Pili/fimbriae voor vasthechting
o Sexpili conjugatie
- Stalks membraangebonden extensies van het cytoplasma
o Uiteindes scheiden adhesiefactoren uit holdfasts
- Nanotubes intracellulaire verbindingen die materiaal van ene naar andere cel brengen
- Flagel door rotatie kunnen bacteriën zwemmen
o Met de klok mee of tegen de klok in de richting/switch bepaalt waarheen
Chemotaxis beweging van een bacterie als respons op chemische gradiënten
- Tegen de klok in flagella bundelen en duwen cel naar voren (run)
- Met klok mee bundel flagella valt uiteen en cel verandert van richting (tumble)
Complex media nutrient rich but poorly defined
- Enriched specifieke componenten toegevoegd
Synthetic media precisely defined
Selective media bevoordelen de groei van één organisme over een ander
Defined minimal medium bevat alleen componenten nodig voor een organisme om te groeien
Pure culture alleen één soort
OD600 optical density meten met apparaat
Viable count met dilutions tellen (denk aan practicum)
Counting chamber dilutions worden hierop geplaatst direct geteld
FACS apparaat dat fluorescente cellen meet op grootte en vorm
Flow cytometry FACS zonder sorteren
Binary fission oudercel splits in twee dochtercellen
Generation time de tijd die nodig is een populatie te verdubbelen (doubling time)
- Nt = N0 * 2n (n = number of generations)
Batch culture vloeibaar medium in een afgesloten systeem
Continuous culture alle cellen bereiken een steady state
- Chemostat zorgt voor logaritmische groei door constant toevoegen en weghalen van media
Biofilm oppervlakte gehechte communities
- Pseudomonas aeruginosa biofilm in cystic fibrosis patiënten
Bacteriën die een omgevingsstress doormaken, veranderen dingen in bijvoorbeeld celstructuur
- Endospores Gram-positive bacteriën maken deze onder stress
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller liezemies. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.52. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
79223 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now