Summary
Samenvatting moleculaire identificatietechnieken
- Course
- Institution
samenvatting slides en notities
[Show more]
Seller
Follow
juliebeeldens
Reviews received
Content preview
Module 1: basisterminologie1. Inleiding
• Target: NZ(= nucleinezuren) = bevatten genetische info + bepalen genotype
• mRNA: aantonen tot expressie gekomen genen
• rDNA (ribosomaal --> m.o.): directe diagnostiek & fylogenetische analyse (hoe dichter bij elkaar op
stamboom, hoe verwanter)
• technieken:
- hybridisatietechnieken
- kleuring met fluorescente kleurstoffen in combi met electroforetische techn.
- Gecombineerd met voorafgaande NZ-amplificatiemethodes (PCR)
- Sequencingtechnieken
2. Erfelijk materiaal en genen
2.1 bouwstenen DNA
• DNA: desoxyribonucleïnezuur
• Polynucleotiden (condensatie mononucleotiden)
• Mononucleotide:
- Fosfaatgroep + suikergroep + N-houdende base
• Nucleoside: conjugatie base en suiker
- Ribose: op 2’: OH groep ipv H
- Basen:
o Purines: A en G
o Pryrimidines: C en T
o Heterocyclische baden
• Desoxyribonucleotiden onderling verbonden via 3’-5’- fosfaat diesterverbindingen , 5’ --> 3’: polariteit -->
richting
• DNA-kettingaangroei van 5’ naar 3’
• Eerst: dinucleotide
• Verdere aanhechting: ruggengraat met basen: zijgroepen
• Primaire structuur NZ : opeenvolging van mononucleotiden met bijhorende base = basensequentie DNA-
streng
• Volgorde nucleotiden: willekeurig + geen beperking op sequentie en lengte
2.2 dubbele helix
DNA besaat uit:
• 2 polynucleotiden
• N-basen aan binnenzijde
• H-bruggen
• Complementaire base: A-T en C-G
• Anti-parallelle ketens
!! A-T = 2 H-bruggen
G-C= 3 H-bruggen --> sterkere binding!
• Bijkomend niveau van organisatie
- Negatief (onderopgewonden) en positief (overopgewonden)
- Introductie supercoils
- Structurele rol
- Rol in replicatie, recombi, genexpressie en regulatie
, 2.3 DNA-structuur
• Veel virussen met ssDNA-genoom ( veel RNA --> veel minder stabiel --> onderzoek moeilijker)
- Ssgenomen met gebieden met complementariteit met zichzelf --> interne dubbele helix
haarspeldstructuren
• Veel genomen: circulaire DNA-moleculen
- Oa meeste bacteriele genomen, sommige virussen, verschillende bacteriofagen (virus --> gaat DNA
inspuiten) en plasmiden (= circulair dsDNA is naast gewoon DNA ook nog aanwezig --> geeft makkelijk
door aan andere organismen)
• Scheiden van circulair gesloten strengen: structuur rond zichzelf roteren voor opheffen spanning -->
supercoils
• Circulair DNA zonder superheliciteit= relaxed DNA
--> verschillende mobiliteit op gel: supercoil migreert sneller omwillen van compactere vorm
3. Genen en chromosomen
3.1 eukaryoot DNA
• DNA in chromosomen: lussen
• Chromatine: complex DNA opgerold rond histoneiwitten --> dikke draad; verder opvouwing
• DNA-lussen: gebonden op nucleaire matrix en verdere spiralisatie of condensatie is aanwezig in
metafasechromosomen
• Interfase: DNA in lussen opgevouwen met minder/meer gecondenseerde gebieden
• Metafasechromo.: DNA volledig opgevouwen
• Chromosoom:
- Centromeer
- P-arm (korte arm)
- Q-arm (langere arm)
- Aantal ARS
- Telomeren (uiteinden belangrijke rol in veroudering)
- Typisch uitzicht: metafase
• DNA verpakr in chromo. In kern, alle genetische info op chromo = genoom
• Menselijk genoom: normale cel 46 chromo, helft van vader, helft van moeder
• Gen: stuk DNA met info voor synthese functionele RNA-molecuke --> eiwit
• Plaats gen op chromo = locus
• Extra- of intergen-DNA:
- Zeer variabel van persoon tot persoon
- Geen functie
- DNA-seque die vaak herhaald voorkomen op verschillende chromo (‘repeats’)
- Minisatellet- of microsatelliet-DNA
• Uniek DNA:
- Coderend voor eiwitten
- < 5% DNA-hoeveelheid
• Intergen (junk, zelfzuchtig) DNA
- Herhaling DNA-seque op aantal chromo
- Functie: oprolling DNA-draad in chromatinestructuur
• Eukaryoten:
- Ook genen in mitochon en chloroplasten
- Extrachromosomale erfelijkheid:
o Mens: in mito: erfelijk materiaal enkel afkomstig van moeder --> genetisch onderzoek
,• Polymorfisme= stukje DNA dat herhaald voorkomt
- Vergelijk erfelijk materiaal 2 pers: om 200-300 nucleotiden: andere base in DNA-keten
- Sequentiepolymorfisme
- Lengtepolymorfisme (mini- of microsatel): verschillend aantal herhallingen bv 3x GAG vs 6x GAG
- Gebruik:
o Gerechtelijk onderzoek: herkomst biologisch staal
o Diagnostiek erfelijke ziekten --> koppelingsonderzoek
• Single nucleotide polymorfisme= SNP (‘snip’)
= variatie in DNA van 1 nucleotide lang, op 1 plaats in genoom bij verschillende mensen
ander nucleotiden
(microsatellieten= aantal nucleotiden met verschillend aantal)
- Meest waarschijnlijk onschuldig
- SNP’s ontstaan door kopieerfoutjes in DNA replicatie en kunnen uitbreiden omdat
geen nadeel opleveren voor organisme
- 90% van alle genetische variaties in menselijk genoom SNP’s
- Op elke 1300 nt in DNA SNP
- Niet regelmatig over genoom verdeeld
- 2/3: C vervangen door T
- Ontdekken nieuwe SNP’s door sequencen DNA-volgorde
- Gebruik:
o Genetische vingerafdrukken
o Bepalen bloedverwantschap
o Wetenschappelijk onderzoek: bijwerkingen medicijnen
3.2 bacteriële chromosoom
• cirkelvormige bacteriele genoom
• E.Coli: supercoiling en lusvorming, plasmiden (= extra chromosomaal)
3.3 virale nucleïnezuren
• variatie in:
- grootte en complexiteit genoom
- gastheerspecificiteit, replicatiestrategie
- coderend vermogen 3 tot meer dan 200 eiwitten
• genoomreplicatie: eigen DNA- of RNA-polymerase
• indeling obv genetisch materiaal
, 4. van gen naar eiwit
4.1 dogma van Crick
• ribonucleinezuren of RNA:
- ribose ipv 2-deoxyribose
- U binden met A
- Enkelstrengig
o tRNA: inwendige waterstofbrugvormingen
o RNA-virussen: dubbelstrengig RNA
o Enkelstrengige DNA-virussen
- Kleiner molecuulgewicht
- Minder stabiel
- Kortere levensduur
- RNA’s:
o mRNA (boodschapper eiwitaanmaak)
o tRNA( transportsysteem AZ tijdens eiwitsynthese)
o rRNA ( vorming ribosoom)
4.2.1 modificaties
• omzetting RNA in ds DNA-molecule= kopie DNA of cDNA (reverse transcriptase=
belangrijk voor PCR want werkt enkel bij dubbelstrengig --> RNA naar DNA) -->
doorlopen transcriptieproces van DNA naar RNA in omgekeerde volgorde
• splicing (exons en introns) uit mRNA
• modificaties polypeptideketen --> ontstaan functionele eiwitten
- samengestelde proteïne = proteide
- partiele proteolyse --> herschikken molecule en aannemen functionele vorm
• modificaties: bij eukaryote cellen, niet/minder bij prokar
4.2 genetische code
• info synthese eiwitten: DNA-structuur gecodeerde vorm
• opeenvolging 3 basen in DNA bepaalt specifieke aanbreng van 1 AZ in eiwit
• 3 opeenvolgende basen= triplet
• Triplet DNA en mRNA= codon
• Complementaire triplet tRNA= anticodon
• Ondubbelzinnig: 1 codon voor 1 AZ
• Degeneratie: aanbreng 1 AZ door meerdere codons
• Start- en stopcodons: AUG( start) en UAA/UAG/UGA (stop)
• Derde B is minst kritische
• Universele karakter:
- Triplet eenzelfde betekenis Tekening dia 45
- Genetische info eiwit, in eender welk organisme: op dezelfde wijze
gecodeerd en resultaat is hetzelfde proteine
- Aanpassen expressiesignalen, aangezien per organisme verschillend
- Codongebruik
• Niet overlappend
• Geen interne punctuatie: aansluitend overlopen
• Colineariteit: gekende opeenvolging B --> opeenvolging AZ
• Bij opsporen gen: aanduiden overeenkomstige niet-functionerende eiwit; niet omgekeerd --> bij gekende
AZ opeenvolging: bij benadering overeenkomstige gen --> meerder codons voor eenzelfde AZ
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller juliebeeldens. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $5.98. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
62890 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now