Summary
Samenvatting H2: materiaal en methoden voor de analyse van het epigenoom
- Course
- Institution
Dit is een samenvatting van het 2e hoofdstuk van het keuzevak epigenetica gegeven door prof. Van den Berghe
[Show more]
Seller
Follow
student2018BMW
Reviews received
Content preview
H2. MATERIAAL EN METHODE VOOR DE ANALYSE VAN HETEPIGENOOM
1. Histon modificaties
De complexiteit van histonmodificaties
• Histonstaarten kunnen gemodificeerd worden
o Methylatie, Acetylatie, Fosforylatie
o Op lysine, arginine (serine, threonine, …)
o nieuwe: propionylatie, butyrylatie, crotonylatie, formylatie, …
• Niet alleen de histonstaarten, maar ook de binnenkant (globulaire deel) kan soms
gemodificeerd zijn (MAAR verhouding 99% staart vs 1% binnenkant)
• enorme complexiteit van verschillende modificaties → elk jaar nieuwe ontdekkingen
• Er zijn meer dan 1 miljoen mogelijke
combinaties van post-translationele
modificaties op histon H3 bijvoorbeeld
• Elk histon heeft zijn unieke print van
modificaties
1. Western/ELISA
• Bedrijven maken anti-lichamen tegen histonmodificaties
• Western blot
o Histonen worden geïsoleerd uit cellen
o Uitplaten op een western gel
o Via de klassieke western blot analyse doen
o Figuur
▪ Voorbeelden van antilichamen tegen 1x gemethyleerd, 2x gemethyleerd, 4x
geacetyleerd,…
▪ Heel moeilijk om een onderscheid te maken tussen bv mono- en dimethyl
want zijn beiden niet geladen
• Peptide ELISA
o Plaat coaten met de anti-lichamen
o Lysaat toevoegen
o Secundaire AL met fluorofoor toevoegen
o klassieke ELISA
, nadeel
• door op voorhand AL uit te kiezen, verlies je informatie (want je maakt een selectie)
• modificaties zijn zo complex, dat er complexere methodes nodig zijn
2. Proteomics
Door de complexiteit van modificaties, zijn meer complexe methoden vereist
• Het is niet eenvoudig om te weten welke histonvorm aanwezig is in de cel
Klassieke proteomics
• Eiwitpreparaat maken om eiwitten te isoleren→ trypsine digest zodat eiwitten geïsoleerd
geraken → identificatie van peptiden in het proteomic experiment → je kan korte en lange
peptiden bekomen, je wilt zo kort mogelijke peptiden → de massa van deze peptiden ga je
vergelijken met peptiden in databases → identificatie van de peptiden/eiwitten
• De PC geeft de mogelijke modificaties weer en herkent patronen die veel voorkomen
• Je krijgt een exponentiële toename in de complexiteit van de histoncode
Histon proteomics: 2 identificaties uitvoeren
1. identificatie van het peptide
2. identificatie van de modificatie
a. Door te kijken naar de massaverschuiving die overeen komt met bv methylatie,
acetylatie, …
b. Het systeem moet hiervoor getraind worden
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller student2018BMW. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $5.39. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
67096 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now