Summary
Samenvatting moleculaire biologie periode 3 en 4
- Course
- Institution
samenvatting voor het examen
[Show more]
Seller
Followkellyvandenbrande
Reviews received
Content preview
Moleculaire biologie periode 3+4Nucleïnezuren extraheren
Medische/klinische toepassingen
o Microbiologie: detectie van virussen, bacteriën en parasieten, ziekte monitoring
o Oncologie: diagnose en prognose van tumoren, ziekte monitoring (MRD)
o Genetica: bestuderen genetische ziekte, prenataal als postnataal
Forensische toepassingen (gerechtelijke)
o sporenonderzoek
o vaderschapsanalyse
Voedselveiligheid
o in voedsel bacteriën of virussen gaan opsporen
gemeenschappelijke al deze toepassingen: moleculaire technieken enorm gevoelig zijn, drm ander
technieken hebben vervagen want die zijn minder gevoelig
minste sporen bacterie of virus in voedsel kan je da gaan opsporen: belangrijk: heel kleine
besmetting met bacterie kan gevaarlijk zijn
bv klinische vragen:
Heeft deze persoon een besmetting van het corona virus?
Stalen
o Wisser
o Perifeer bloed:
WBC
cfDNA/ctDNA
Beenmerg, CSV,…
Urine/faeces
Weefsel
Chorionvilli (vlokkentest vanaf 11w)
Amnionvocht (vruchtwaterpunctie vanaf 15w)
DNA of RNA?
DNA zeer stabiel, RNA zeer instabiel
Als we kunnen kiezen we DNA, maar uitzonderingen:
o RNA virussen: gen. Mat. opsporen om te diagnosticeren van besmetting persoon, RNA
extraheren, RNA omzetten in cDNA (mbv retrotranscriptase), volgende stappen zelfde
o Genexpressie: bv tumor doordat die een bep gen extra hoog tot expressie brengt, RNA
extraheren, omzetten in cDNA, kwantificeren
, o Translocaties: groen: abel gen, blauw pcr
gen, rode pijltjes: plekjes waar gen kan
breken en recombineren met andere gen
=> fusie genen krijgt: deze kunnen
verschillende zijn en op gen niveau
RNA niveau: onderaan: 2 transcripten,
verschillend, resultaat andere translocatie,
maar op mRNA niveau geen groot verschil:
1 PCR designen zowel bovenste als
onderste translocatie gaat opsporen
Hoog tot expressie gebracht, heel veel
mRNA van fusie genen: techniek extra
gevoelig wordt: makkelijker om fusie
transcript op te sporen dan fusie op DNA
niveau
Verschillende stappen doorlopen
vertrekkende vanaf biopsie
Tumor ontdekt, verwijderd, stukje
weefsel meenemen = biopt, specifieke
stappen ondergaan, in paraffine blokje
plaatsen, koepes snijden, DNA extractie
start
Opslag: afhankelijk van toepassing 4°C of
-20°C, lang houdbaar en met RNA werken ook cDNA: lang houdbaar, wel vries-dooi cycli beperken
(beter niet 10x ontdooien en terug invriezen, dan gwn beter op 4°C bewaren, Door dooicycli:
degradatie van DNA, niet voor alle toepassingen slecht, maar voor sommige wel)
Voor uiteindelijke moleculaire diagnostisch luik komen: DNA kwantificeren voor enerzijds altijd met
zelfde conc DNA/RNA verder te werken anderzijds ook om niet verder te werken met stalen waar zwz
te weinig in zit
Veel verschillende manieren om DNA te extraheren: 3 manieren
o Organische extractie: gebruik van organische solventen, heel ongezond, zelden of nooit meer
toegevoegd
o Chelex extractie: goedkoop, simpele manier voor DNA te extraheren, nadeel: extract heeft
nog heel veel onzuiverheden: PCR mogelijk
o Solid phase extractie: continu gebruikt, heel zuiver DNA geven, heel kleine hoeveelheden
zuiver kunnen bekomen worden
Organische extractie
o Vertrek: cellen in vloeistof eventueel enzym nog toevoegen dat van weefsel losse cellen
maakt bv proteinase K
o dan cellen lyseren
o cellysaat bekomen: hierin resten membranen, eiwitten, zouten
o deze scheiden van elkaar door organisch solvent toe te voegen: PCIA
, o vortexen en centrifugeren
o 2 fasen bekomen: bovenaan
waterfase met DNA, dartussen
tussen/interfase met eiwitten,
onderaan lipiden
o Bovenste fase afpipetteren in
andere tube: hierin DNA:
redelijk zuiver
Chelex extractie:
o Vertrek: cellen in suspensie in alkalische buffer
o Chelex toevoegen
o Opkoken: cellen lyseren tijdens dit en eiwitten
denatureren: DNA komt vrij en chelex gaat
divalente kationen binden en inhiberen
o Centrifugeren: supernatans krijgen
o Supernatans overpipetteren in andere tube =
DNA extract: is niet super zuiver
Chelex: polymeerbolletjes waar aan buitenkant zure groepen aanwezig zijn: carboxylgroepen, en in
alkalisch milieu allemaal negatief geladen: 2 negatieve ladingen bijeen: ideaal divalente kationen aan
te trekken
Co-factoren voor nucleasen: enzymen die DNA afbreken
Solid phase extractie:
o Wat is vaste fase? In deze figuur:
paramagnetische beats: DNA binden en
tegelijkertijd door magneet
aangetrokken kunnen worden
o Onderverdelen in 2 grote groepen:
technieken werken met
paramagnetische beats en technieken
die werken met kolommen
Met silicakolom:
Heel veel zouten aanwezig vanaf het begin: zout interactie tussen waterstofmoleculen in
wateroplossing verstoort: gaotroop zout: essentieel om binding DNA mogelijk te maken voor
vorming zoutbrug maar anderzijds ook effect op eiwitten: interageren: driedimensionale structuur
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller kellyvandenbrande. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $13.99. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
67096 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now