100% satisfaction guarantee Immediately available after payment Both online and in PDF No strings attached
logo-home
notities bij powerpoint ''biochemistry" Hoofdstuk 29 $7.94
Add to cart

Class notes

notities bij powerpoint ''biochemistry" Hoofdstuk 29

 12 views  0 purchase
  • Course
  • Institution
  • Book

Volledige notities met uitleg bij de powerpoint van professor gijsbers (boek: biochemistry ninth edition)

Preview 4 out of 54  pages

  • August 16, 2022
  • 54
  • 2021/2022
  • Class notes
  • Gijsbergs
  • All classes
avatar-seller
Biochemie: Hoofdstuk 29
Dia 1

 Synthese van RNA, + modificaties aan RNA

DIA 2

 Schema hoe splicing optreedt

Dia 3

1. Opslaan genetische info kan zowel door RNA als door DNA, evolutionair gezien was RNA
eerst,
o DNA is een soort verbeterde versie, want stabieler en kan langer bewaard blijven.
o Houdt verband hiermee:
 Onder andere door de 2’ deoxyribose ipv ribose
 Selectief afbreken van RNA in aanwezigheid van DNA
 Fouten die gerepareerd kunnen worden, zoals deaminaties van de C die bij
DNA kan hersteld worden dankzij een thymine base in DNA, zo kan
onderscheid gemaakt worden tussen een gedeamineerde C die een U
geworden is, en dan de bouwsteen in DNA T, in RNA is dit een U, daar zit je
met een probleem dat je geen onderscheid kan maken tussen een U die van
een gedeanimeerde C afkomstig is, of oorspronkelijk van een U afkomstig is
2. Normale stroom van info, centrale tochma van de moleculaire biologie, geformuleerd door
kriek in 1956, stelde dat DNA gerepliceerd kan worden, getranscribeerd worden naar RNA,
RNA kan getranslateerd worden naar proteïnen
3. RNA – synthese: volgt zelfde principes als polynucleotide synthese
4. Modificatie van RNA
5. In prokaryoten
o Initiatie
o Verlenging RNA-keten
o Terminatie
6. Eukaryoten
o Bij prokaryoten 1 RNA-polymerase die alle RNA-synthese gaat doen
o Bij eukaryoten meer specialisatie  3 soorten, I, II en III
o Transcriptiefactoren = eiwitten die in staat zijn om bepaalde sequenties te
herkennen in het DNA om dan overgaan tot de transcriptie
o Belangrijk want, in veel gevallen wordt de genexpressie geregeld op niveau van
transcriptie  Gen dat meer tot expressie komt bevat dus meestal meer RNA in de
cel
o Enhancer sequenties  zorgen dat promotors meer efficiënt gebruikt worden




1

,Dia 4

1. In eukaryoten (vervolg vorige dia)
 Primaire transcripten
o = de RNA- sequentie, het RNA- molecule zoals het gesynthetiseerd is door de RNA-
polymerase, de nucleotiden aan elkaar gezet
 RNA-polymerase II
o Aan 5’uiteinde wordt deze gecapt, worden voorzien van een speciale structuur
o polyA-staart kan toegevoegd worden na transcriptie
o splicing
 aaneenzetten van exonen
 spliceosomen  grote samengestelde structuren samengesteld uit RNA
component en proteïne component
 snRNP  structuren waar dit zal gebeuren, kleine RNA-moleculen
afkomstig van RNA-polymerase II, hebben als taak: herkennen van
welbepaalde sequenties om splicing op de juiste plaats en de juiste manier te
kunnen laten gebeuren. Het is een sequentie die toelaat om de overgangen
te herkennen tussen exonen en intronen en bepaalde structuren in de
intronen zoals de branch-site.
 15% aandoeningen door mutaties bij splicing
o Zo kan de splicing site verloren gaan of kan er een plaats gespliced worden die niet
gespliced moet worden
 Zelfde pre-mRNA kan verschillend gespliced worden
o Zo is er meer variatie
o Verschillende celtypes  iedere cel op zijn eigen manier
o Stadia kan verschillend zijn
o Na infectie door pathogeen kan bv ander splice patroon vertonen als reactie op de
infectie, of door verandering in omgeving, of intern in de cel
 Na capping en toevoeging poly-A staart, ook RNA-editing (= andere wijzigingen aan het DNA)
 Men dacht oorspronkelijk dat er veel meer genen waren, vertrekkend uit 1 en hetzelfde DNA
dat RNA’s gaat produceren die op verschillende manieren kunnen splicen waardoor je meer
diversiteit en proteïnen hebt, veel meer dan men op basis van het aantal genen zou
verwachten.

DIA 5

SPlicing (schematisch voorgesteld)

 Blauw = eerste exon
 Rood = 2de extron
 Geel = intron
 Exonen worden aan elkaar gevlochten (splicing) terwijl de intronen vertrekken onder de
vorm van een lasso

DIA 6

 Omzetting gebeurt 1 op 1
 Tegenover een nucleotide in DNA komt een nucleotide in RNA




2

,  Manier van werken, 1 van de sleutelelementen = het voorkomen van metaalionen
( vergelijkbaar met DNA-polymerasen mg 2+), kunnen ook werken in aanwezigheid van
mangaan2+ in het labo

DIA 7

Beeld van die verschillende polymerasen

 Prokaryoot vs eukaryoot
 Algemene vorm = vergelijkbaar
 Ook met inham waar DNA zal vastgehouden worden
 Katalytische site voorgesteld door groene bol

DIA 8

Links RNA-polymerase van thermus aquaticus (gebruikt bij PCR) en rechts van bakkersgist

 Katalytische site aangeduid

DIA 9

Stappen van polymerisatie reacties

Bv bij het maken van polycereen

 Terminatie = het afsluiten van de reactie

DIA 10

1. Zoeken naar plaatsen waar initiatie zou moeten optreden
a. Bij E. coli, +/- 2000 promoter sites per 4,8 miljoen basenparen
b. Structuren die daar voorkomen bevinden zich op het DNA, = cis-acting elements, de
sequenties bevinden zich op de zelfde streng als de genen die getranscribeerd
moeten worden.
2. Kort deel helicaal DNA moet ontwonden worden om informatie te kunnen lezen
3. Correcte complementaire nucleotide moet toegevoegd worden, dit gebeurt telkens opnieuw
zodat RNA-polymerase zich over DNA beweegt. (elongatie)
a. Processief: 1 keer dat het polymerase zich geïnstalleerd heeft op het DNA blijft het
bouwstenen toevoegen
b. Distributieve enzymen: enzymen die telkens moeten loskomen en opnieuw hun
substraat moeten vinden en binden
c. Heel efficiënt
4. Overgang op terminatie
5. Interactie ..
a. Trans-acting factors = van buitenaf, niet vervat in sequentie DNA, gaan bepaalde
sequenties kunnen herkennen, kunnen mate waarin initiatie gaat optreden
moduleren, gaan een veel belangrijkere rol spelen bij eukaryoten
b. Is een eiwit heel sterk tot expressie gebracht? Dan zal men meestal veel van die RNA-
transcripten terug vinden.




3

, DIA 11

Reactie als dusdanig, hoe zal RNA-polymerase in ze werk gaan?

Bij prokaryote : 1 RNA-polymerase die het werk doet

Bij E.coli

 400 kilodalton groot

Sigma -subunit

 Zoekt promotor, helpt bij initiatie, komt vervolgens los,
 Dan kan het RNA-polymerase ze werk verder zetten

Core-enzyme

 Staat in voor katalytische activiteit

Ontstaan uit een convergente evolutie

Zochten allebei een oplossing en allebei gevonden

 Nucleoside trifosfaat = het bouwsteen dat toegevoegd gaat worden
 2de magnesium gaat verdwijnen met PPi = de leaving groep van de reactie
 Tegenstelling bij DNA-polymerase, 2 aspartaten die het magnesium vasthouden zodanig dat
ze gefixeerd zijn in de ruimte
 Hier komen 3 aspartaten tussen

DIA 12

De sub-units die voorkomen

 Alpha 2X , beta en beta accent, Samen stellen het core-enzyme voor
 Sigma sub-unit Zoekt de promotors
 Omega sub unit: bestaat nog discussie rond

DIA 13

Schematisch overzicht van hoe een prokaryoot RNA-polymerase gevormd gaat worden

 Alpha, alpha, beta  alpha 2 beta complex
 Omega + beta accent  gaat binden aan beta accent  gaat conformationele veranderingen
doorvoeren zodanig dat beta accent makkelijker geïncorporeerd gaat worden in het complex
 Core-enzyme inclusief omega sub-unit
 En dan zal sigma sub-unit bij de inititatie toegevoegd worden/ gebonden worden in de
vorming van een holo-enzym in die vorm gaat initiatie optreden, waarbij sigma sub-unit
opzoek gaat naar de promotor

DIA 14

Detailopname van de katalytische site waar de RNA keten gaat groeien

 Groeiende RNA-keten (met het base gedeelte) gaat om een uracil base
 Piriminine ring (6ring) met stikstof 1, koolstof in 2 met de carbonyl dus dubbel gebonden aan
de zuurstof, stikstof in pos. 3, koolstof dubbel gebonden aan zuurstof (zo weet je dat je te
maken hebt met een uracil als base)

4

The benefits of buying summaries with Stuvia:

Guaranteed quality through customer reviews

Guaranteed quality through customer reviews

Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.

Quick and easy check-out

Quick and easy check-out

You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.

Focus on what matters

Focus on what matters

Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!

Frequently asked questions

What do I get when I buy this document?

You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.

Satisfaction guarantee: how does it work?

Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.

Who am I buying these notes from?

Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lukasshaum. Stuvia facilitates payment to the seller.

Will I be stuck with a subscription?

No, you only buy these notes for $7.94. You're not tied to anything after your purchase.

Can Stuvia be trusted?

4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)

52510 documents were sold in the last 30 days

Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now

Start selling
$7.94
  • (0)
Add to cart
Added