ZEER uitgebreide cursus die ik zelf heb opgesteld omdat ik nood had aan een ordelijke en uitgebreide cursus om methoden 3 te kunnen studeren.
In dit document staat de informatie vanop de slides gecombineerd met de mondelinge uitleg die werd gegeven tijdens de hoorcolleges.
1. Databanken
1.1. Literatuur
Pubmed of Web of Science: Peer reviewed artikels
Sci-hub: Gratis toegang tot miljoenen artikels (erg controversieel)
Google Scholar
o Peer reviewed artikelen
o Bevat ook zeer recente publicaties
Preprint servers
o Artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben variabele kwaliteit !
o Meest recente onderzoeksresultaten gratis delen
o Vele opties: bioRxiv, medRxiv, Zenodo, …
JoVE = journal of visualized experiments
o Peer reviewed video’s van methoden en protocollen
o Slechts beperkt deel gratis toegankelijk
Patenten = octrooien
o Een exclusief recht op het commercieel uitbuiten van een uitvinding
o Omvat ook een publicatie van de uitvinding
o Te bekijken in specifieke databanken (bv Espacenet, The lens, …)
1.2. Data repositoria (grote datasets downloaden om zelf analyse op te doen)
Data portalen van waarop “ruwe” (nog niet geanalyseerde) data kunnen worden gedownload
Zoeken via accesion number uit publicatie of via zoektermen
Laat toe om dure -omics datasets te hergebruiken voor nieuwe onderzoeksvragen
o GEO = gene expression omnibus: RNA expressie datasets
o PRIDE database = proteomics identifications database: Massaspectrometrie proteomics
datasets
o PDB = protein database: 3D structuurinformatie van eiwitten
1.3. Data platformen
Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, vaak op een visueel attractieve manier.
Zaken makkelijker kunnen opzoeken
1.3.1. DNA
Genome browsers:
o Ensembl, UCSC
o Genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten, … van een gen opzoeken
o Data ENCODE raadplegen (ENcyClopedia Of DNA Elements)
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met verwijzing naar meer gerichte data platformen
Ziektegenen:
o OMIM = online Mendelian inheritance in man
Erfelijke ziekten gelinkt aan genmutaties
Kloneringsgeschiedenis van genen
o Kanker:
COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer; Europees): verworven mutaties in
kankers gaan opzoeken, ook in cellijnen. Je kan ook kijken in welke types van kankers
mutaties vaak voorkomen
TCGA = the cancer genome atlas: Amerikaanse variant
71
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller leenhaegemans. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $0.00. You're not tied to anything after your purchase.
