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Microbiote intestinal
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Introduit le microbiote intestinal, son apparition et l'intérêt de la recherche.
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Microbiote intestinalIntroduction
Le microbiote intestinal est l’ensemble des microorganismes qui vivent dans le tractus digestif : bactéries,
virus, phages, champignons… Les bactéries sont les plus abondantes, notamment dans l’intestin. On y
trouve des réseaux d’interactions et d’inter-dépendance entre l’Homme et son microbiote, ce qui
ajoute de la biodiversité parmi les Hommes : on parle d’une symbiose.
Les symbioses existantes entre l’Homme et ses microbiotes résultent de notre évolution et pourraient y
avoir contribué.
Le corps humain possède différents microbiotes sur différents organes (bouche,
cavité vaginale, tractus intestinal…). En termes de quantité, il existe différentes
échelles, par exemple :
• La diversité en phila est plus faible dans l’intestin que dans la bouche
• La diversité en espèces est plus grande dans l’intestin que dans la
bouche
Les niches écologiques des différents microbiotes présentent des caractéristiques spécifiques (acidité,
présence ou absence d’oxygène). Les bactéries les plus résistantes à la présence d’oxygène seront en
haut du tractus et les moins résistantes seront à la fin du tractus.
Il est possible de recréer les conditions rencontrées dans les intestins pour voir l’évolution des différentes
bactéries.
⚠ Si on isole les bactéries du tractus intestinal elles ne seront plus capables de grandir seules. Elles ont
besoin d’être en groupe.
Composition
Il est possible de séquencer les espèces au sein des matières fécales : Commensalisme :
• Séquençage ciblé 16s (sous-unité 16s du ribosome) : le gène pour Association d’organismes
l’ARN 16S ribosomal est une partie du génome qui contient d’espèces différentes,
profitable pour l’un d’eux et
suffisamment de régions variables pour pouvoir distinguer les espèces
sans danger pour l’autre (≠
bactériennes les unes des autres
symbiose ≠ parasitisme)
• Métagénome : tous les génomes des bactéries dominantes d’un
écosystème
• Microbiome : contenu en gènes d’un microbiote
On peut quantifier les espèces par PCR. Certaines
bactéries dites « en transit » sont observables par PCR
uniquement dans certaines conditions.
➡ Streptococcus thermophilus est notamment très
abondante dans les yaourts et n’apparaîtra qu’en en
mangeant
En mangeant certains aliments, on va favoriser la
croissance des bactéries commensales. Cela signifie
qu’elles vont consommer ce que nous consommons.
De cette façon, l’intolérance au lactose peut s’expliquer par une diminution de l’expression du gène
nécessaire à la digestion du lactose chez l’hôte. Dans ce cas, le microbiote va donc digérer le lait et libérer
des gaz qui peuvent provoquer des douleurs. En revanche, quand on mange du yaourt, certaines
bactéries utilisées pour fermenter le lait s’y trouvent et vont permettre d’améliorer la digestion du lait.
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