Summary
Samenvatting Cel II - Biochemie (D012572A)
- Course
- Institution
- Book
Uitgebreide en gedetailleerde samenvatting van het onderdeel biochemie.
[Show more]
Connected book
Book Title:
Author(s):
- Edition:
- ISBN:
- Edition:
More summaries for
-
Summary biomolecular architectures (NWI-MOL168)
-
Poster cell cycle overview (advanced molecular biology NWI-BB17C)
1 review
By: psycholooggrietdeclercq • 1 year ago
Seller
Follow
FriedaK566
Reviews received
Content preview
1ste bachelor in de Biochemi Prof. dr. J.geneeskunde e Gettemans
CEL II - BIOCHEMIE
OPMERKING: deze samenvatti ng wordt het best bestudeerd, samen met de dia’s zoals
verschaft door prof. dr. J. Gett emans, alsook met zijn cursus en de MCB.
Hoofdstuk I - zwakke krachten en hun rol i.d. biochemie
(MCB 2.1)
1.1 Waterstofbruggen
EN (O) = 3,5
EN (H) = 2,1 ΔEN = 1,4
0,4 < ΔEN < 1,7: polaire covalente binding
Asymmetrisch: partiële ladingen heffen elkaar niet op.
⇒ Grotere aantrekking van elektronenpaar door O-atoom in de covalente binding met H-
atoom.
⇒ partieel negatief geladen O-atoom + partieel geladen H-atomen ⇒ polariteit met
dipoolmoment
⇒ oriëntatie watermoleculen: vrije e-paar van O-atoom richt zich naar H-atoom van nabije
watermolecule. = H-brug (geen elektronen gedeeld ⇒ lagere bindingsenergie en grotere
bindingslengte dan O-H)
⇒ dynamisch netwerk van water (⇒ hoge kookpunt)
1.2 Waterstofbruggen tussen functionele groepen (-OH, -NH2, C=O, -
CONH2)
Functionele groepen met een EN karakter ⇒ H-bruggen ⇒ goede oplosbaarheid = hydrofiel
Molecuul dat waterstof ‘aanneemt’ = waterstofbrugacceptor
Molecuul dat waterstof ‘aanbiedt’ = waterstofbrugdonor
Sterkte van H-brug: afhankelijk van de oriëntatie van deelnemende moleculen.
Linair
Niet-lineair
(Zie vb. p. 9 cursus prof. Gettemans)
1.3 Ionaire binding
ΔEN > 1,7: ionaire binding
⇒ overgang e-paar naar meer EN atoom/molecule.
⇒ ontstaan van : - anion: negatieve ion
- kation: positieve ion
=> Elektrostatische aantrekking tussen kationen en anionen van naburige moleculen
volgens de wet van
Coulomb: 1
Met = Diëlektrische contstante (D)
4 π ε0
(Zie vb. p. 10 cursus prof. Gettemans)
Sterkte van ionaire binding:
Onafhankelijk van richting
Bepaald door omgevingsfactoren, m.n. diëlektriciteitsconstante D
1
Samenvatting
biochemie
,1ste bachelor in de Biochemi Prof. dr. J.
geneeskunde e Gettemans
Oplossing ionen:
Partieel negatieve ladingen van O-atomen richten zich naar kationen.
⇒ watermantel
=> vrijkomen hydratatie-energie
1.4 Van der Waals interacties
ΔEN < 0,4: apolaire covalente binding
⇒ transiënte inductie van dipool + zwakke interactie, afh. van afstand
Te ver: te zwakke kracht
Te dicht: sterke afstoting
Optimale afstand: Van der Waalsradius (~ 2 d(covalente binding))
Geringe energie; toch belangrijk
Herkenning & binding juiste partners is belangrijk ⇒ complementaire stapeling (cf.
sleutel-slotsysteem)
1.5 Hydrofoob effect
Hydrofobe verbindingen = apolaire verbindingen die niet oplosbaar zijn in water.
Hydrofobe verbinding in water => fixatie van watermoleculen
=> Afname entropie (ΔS)
=> Toenamen Gibbs vrije E (ΔG)
=> Energetisch ongunstig
Meerde hydrofobe verbindingen in water => interactie tussen hydrofobe moleculen
onderling.
=> minder fixatie van water.
=> Energetisch gunstiger.
Voorbeeld: spinnenwebben hebben hydrofobe Van der Waalsinteracties
1.6 De totaalsom
transiënte stabilisatie
= som van individuele bijdragen van alle zwakke interacties in een structuur.
Voorwaarden: 1) Complementaire oppervlakken
2) Aanwezigheid van groepen die energetisch gunstige interacties kunnen
aangaan.
3) Geen gelijke ladingen tegenover elkaar.
4) Geen ladingen tegenover hydrofobe groepen.
2
Samenvatting
biochemie
,1ste bachelor in de Biochemi Prof. dr. J.
geneeskunde e Gettemans
Hoofdstuk II - lipiden en cellulaire membranen (MCB 10)
2.1 Inleiding
Klassen macromoleculen (in het vet aangeduid komen in dit deel aan bod):
Eiwitten
Polynucleotiden
Suikers
Vetten (= lipiden)
o Amfipatisch: zowel hydrofobe, als hydrofiele eigenschappen
o Cellulaire energiebron
o Signaalmolecule
o Onderdeel biologische membranen; 3 belangrijkste groepen:
Fosfolipiden
Glycolipiden
Cholesterol
2.2 Fosfolipiden
Algemene structuur van glycerofosfolipiden
Glycerolruggengraat (propaan-1,2,3-triol)
Vetzuur(- of acyl)ketens: veresterd op C1 =enDiacylglycerol-3-
C2. =
Fosfaat: veresterd op C3 fosfaat
Fosfatidyl
Polaire N-bevattende alcoholgroep: veresterd op de fosfaatgroep
(Zie fig. 2.1 op p. 15 cursus prof. Gettemans)
Acylketens
onvertakt
even aantal koolstofatomen (meestal 14-24)
Meest voorkomend: C16- en C18-ketens
aantal dubbele bindingen (steeds cis-configuratie!) ook variabel:
Verzadigde vetzuren: uitsluitend enkelvoudige bindingen
Onverzadigde vetzuren: minstens 1 dubbele binding
Te kennen acylketens:
Palmitinezuur: C16, verzadigd
Stearinezuur: C18, verzadigd
Oleïnezuur: C18, onverzadigd tussen C9=C10
Linolinezuur: C18, onverzadigd tussen C9 =C10 en C12=C13
Arachidonzuur: C20, onverzadigd tussen C5=C6, C8 =C9, C11=C12 en C14=C15
Polaire, N-bevattende alcoholgroep
Ethanolamine: fosfatidylethanolamine
Choline: fosfatidylcholine
Serine: fosfatidylserine
Inositol: fosfatidylinositol
Kan bijkomende fosfaatgroepen dragen = polyfosfoïnositiden
3
Samenvatting
biochemie
, 1ste bachelor in de Biochemi Prof. dr. J.
geneeskunde e Gettemans
reageren met membraangeassocieerde eiwitten
rol als secundaire boodschappersmodellen .
Lading polaire groep varieert:
neutraal (fosfatidylcholine, ethanolamine)
1 negatieve lading (fosfatidylserine, fosfatidylinositol)
meerdere negatieve ladingen (fosfatidylinositol-4-fosfaat, fosfatidylinositol-4,5-
bisfosfaat, fosfatidylinositol-3,4,5-trisfosfaat, …)
(Zie ook fig. 2.2 op p. 17 cursus prof. Gettemans)
Glycerolfosfolipidenderivaten:
Sfingolipiden Sfingosine: Ceramide: sfingosine met
gelijkaardig aan een amidegroep op C2.
glycerol, maar op Sfingomyeline:
2de C-atoom in Fosfocholinegroep
plaats van veresterd met Ceramide
hydroxylgroep, een
aminegroep (NH2).
Difosfatidylglycerol 2 moleculen Cardiolipine: component
Diacylglycerol-3- van de binnenste
fosfaat zijn mitochondriale
veresterd met een membraan
additionele transfer van binnenste
glycerolgroep (via naar buitenste
de fosfaatgroep) -- mitochondriale
> 4 vetzuurketens membraan
=> afbraak
Fodfolipide-ether of plasmalogen Het C1-atoom is Cholineplasmalogen
veretherd met een ethanolamineplasmaloge
vetzuurketen i.p.v. n
veresterd
Lysofosfolipide De glycerolgroep is Lysofosfatidylcholine
slechts gebonden lysofosfatidylethanolamin
op 1 vetzuurketen e
i.p.v 2
Toepassingen en voorbeelden met fosfolipiden:
Multiple Sclerose: verdwijning van plasmalogen (lipide) uit myeline van zenuwcellen.
Hartaandoeningen: antilichamen tegen fosfolipiden
Alzheimer: verhoogde afbraak van fosfolipiden => opstapeling van afvalstoffen in
cellen (=amiloidziekte
4
Samenvatting
biochemie
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller FriedaK566. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $8.68. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
72042 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now