MolMic Aantekeningen + antwoorden vragen tijdens de les
12 views 0 purchase
Course
Moleculaire Microbiologie (TLSCMOLMIC5V18)
Institution
Hogeschool Utrecht (HU)
Hierin staan de aantekeningen en de antwoorden van vragen die besproken zijn tijdens de lessen van MolMic (TLSC-MOLMIC5V-18). Plaatjes voor duidelijkheden zijn erbij toegevoegd :D
- James Watson en Francis (1953)
Ontrafeling dubbele helix structuur (nobelprijs 1962)
- Fred Sanger (1975)
Ontwikkeling efficiënte sequence methodiek (nobelprijs 1980)
- Kary Mullis (1983)
Uitvinding Polymerase Chain Reaction (nobelprijs 1994) (PCR)
- Roche (1992)
Eerste commerciële moleculaire test
Waar begin je als je DNA wil onderzoeken/aantonen
- DNA/RNA sequentie wil je weten
Welke stuk DNA gebruiken we voor bacteriën?
16s RNA (onderdeel van ribosoom die elk bacterie moet hebben)
PCR en QPCR
Gebruikt als identificatie methode op een moleculair lab
Targets:
- Soort-specifieke amplificatie van 16s rRNA gen
- Amplificatie van soort-specifieke genen (virulentie factoren)
- Amplificatie van familie-specifieke DNA fragmenten (huishoud genen → Voor glucose
metabolisme)
- Amplificatie van resistentie-genen (tegen antibiotica)
- Amplificatie van het hele genoom (duurt wel wat langer maar geeft wel alle informatie)
,Chemische strutuur DNA
Lange dubbele helix met suiker(deoxyribose)) + fosfaat buitenstructuur en base naan binnenzijde
Gestabiliseerd door Hbruggen tussen de basen
Strengen in tegenovergestelde richting en anti-parallel (reverse complement)
,DNA
- Een Purine (AG) bint altijd met pyrimidine (CT) → A-T met 2 Hbruggen
G-C met 3 H bruggen
Waarom is dit belangrijk?
Als je veel GC hebt dan is er een hogere smeltcurve nodig om ze uit elkaar te halen
RNA= Ribonucleic acid
- DNA heeft deoxyribose (suikergroep)
- RNA heeft ribose
- DNA heeft 2 strengen
- RNA heeft 1 streng
- DNA heeft Thymine
- RNA heeft Uracil
Werkt een PCR met RNA template? → Nee je gebruikt een cDNA template
Bij Reverse transcriptase ontstaat een DNA-RNA hybride
Transcriptie-translatie in prokaryoten
, Opdracht:
Stel je wilt een (realtime) PCR op gaan zetten voor een influenza virus. Wat moet je van dit virus
weten voordat je deze PCR kunt ontwerpen?
- DNA/RNA virus
- Sequentie voor primers
Essentiële ingrediënten PCR Mix
- Target DNA (gezuiverd)
- Alle 4 de dNTP’s
20-200 uM van alle 4 de dNTP’s → een te hoge concentratie kan synthesefouten
veroorzaken
- PCR-Buffer
Tris-HCl buffer van pH=7,8 is optimaal. Optioneel: Tween (stabiliseert Taq), BSA, eenwaardige
ionen
- Taq-DNA polymerase (zonder dit gebeurt er niks)
- MgCL2 → essentiële cofactor voor Taq en heeft stabiliserende effect
- Primers
Polymerase enzymen
- Taq DNA polymerase
Essentieel: hittestabiel → zo kunnen de strengen uit elkaar bij de eerste stap (95 graden C)
Snelle synthese
Gevoelig voor allerlei remmende stoffen (kan een nadeel zijn)
GEEN 3-5 exonucleoase activiteit, dus geen PROOFREADING (nadeel)
- Polymerase remmers:
Proteolytische enzymen (pronase, proteinase K)
Heparine, ijzerionen poryferine-skeletten (bloed)
DMSO (hoge concentratie)
Urinecomponenten en hoge zoutconcentraties
SDS
Ureum
Het is belangrijk dat de zuivering goed en netjes gaat je wilt dus geen remmers.
Primers
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller meertje1. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $4.81. You're not tied to anything after your purchase.
