Samenvatting Nederlandse vertaling BIOCHEMIE 1 -H2 16/20 1e zit
30 views 0 purchase
Course
Biochemie 1 (1043FBDFAR)
Institution
Universiteit Antwerpen (UA)
Dit document bevat een Nederlandse vertaling van de slides van prof Yann Sterckx van het 2e hoofdstuk van Biochemie I. Ik behaalde een 16/20 in 1e zit met hiervan te studeren.
Inhoudsopgave
1. De wereld van de robotjes van de Natuur ............................................................................................ 3
1.1 Het prachtig ontwerp van het leven: het DNA fluistert om de robotjes van de natuur te kunnen maken
3
1.2 Study Structure, Study Function ............................................................................................................... 3
2. Aminozuren zijn de bouwstenen van eiwitten ...................................................................................... 4
2.1 Alle aminozuren bezitten gemeenschappelijke structurele eigenschappen ............................................ 4
2.2 De 20 meest voorkomende aminozuren kunnen geclassificeerd worden op basis van hun
fysicochemische eigenschappen ........................................................................................................................... 7
2.3 Minder voorkomende aminozuren hebben ook belangrijke functies ...................................................... 8
Naast de 20 gewone aminozuren kunnen eiwitten residuen bevatten die ontstaan door modificatie van
gewone residuen. ................................................................................................................................................. 8
3. De 3D-structuur van eiwitten .............................................................................................................. 9
3.1 Primaire structuur: aminozuren zijn covalent aan mekaar gekoppeld door middel van
peptidebindingen om polypeptiden te vormen .................................................................................................... 9
3.2 Secundaire structuur: lokale gebieden van polypeptide ketens kunnen regelma- tige structuren
vormen 13
3.3 Tertiare structuur: eiwitten vouwen zichzelf op tot compacte structuren ............................................ 19
Tertiaire structuur: complexe driedimensionale structuur van een gevouwen polymeerketen, met name een
eiwit- of RNA-molecuul. ...................................................................................................................................... 19
Secundaire structuurelementen assembleren zichzelf tot een eiwitmotief, eiwitplooi of eiwitdomein ....... 19
3.4 Quaternaire structuur: individuele polypeptideketens kunnen samen structuren
vormendiebestaanuitmeerderesubeenheden .................................................................................................... 21
3.5 Sommige eiwitten zijn intrinsiek ontvouwen ......................................................................................... 21
3.6 Eiwitvouwingiseencooperatiefproces .................................................................................................... 22
3.7 De aminozuursequentie van een eiwit bepaalt haar 3D-structuur........................................................ 26
3.8 Het verkeerd opvouwen van eiwitten kan leiden tot ziekte .................................................................. 28
4. ’Ik interageer, dus ik ben’: eiwitten functioneren voornamelijk via interacties met andere moleculen . 29
4.1 Eiwitten functioneren door op te treden als processoren die moleculaire ’inputs’
omvormentotmoleculaire’outputs’ .................................................................................................................... 29
4.2 Gegradeerde responsen worden gekarakteriseerd door hyperbolische bindings- curven .................... 31
1
, 4.3 Specificiteit en affiniteit zijn twee verwante, doch verschillende concepten ........................................ 35
4.4 Ultrasensitieve responsen worden gekarakteriseerd door sigmoidale bindings-curven ....................... 37
5. De structuur-functie relatie van eiwitten ........................................................................................... 41
5.1 Het Groen Fluorescerend Proteïne is een klein eiwit met bijna oneindig veel toepassingen ................ 41
5.2 Antilichamen bezitten een modulaire structuur die antigenbinding koppelt aan
specifiekeeffectorfuncties ................................................................................................................................... 41
5.3 Hemoglobine is een klassiek model voor het bestuderen van de structuur-functie relatievaneiwitten 43
6. Werken met eiwitten in het labo ....................................................................................................... 48
6.1 De eiwitbiochemie is zeer multidisciplinair en vereist specifieke vaardigheden ................................... 48
6.2 Eiwitconcentraties kunnen bepaald worden via UV-spectrofotometrie ................................................ 48
6.3 Eiwitten kunnen gekarakteriseerd en bestudeerd worden via gelelectroforese ................................... 48
2
, 1. De wereld van de robotjes van de Natuur
1.1 Het prachtig ontwerp van het leven: het DNA fluistert om de robotjes van de
natuur te kunnen maken
De interacties tussen en binnen (macro)moleculen liggen aan de basis van levende organismen.
In de wereld van (macro)moleculen wordt de functie sterk bepaald door de structuur! Bestudeer
structuur, bestudeer functie.
DNA: de bibliotheek van de cel
DNA-gecodeerde informatie laten functioneren:
1. Transcriptie: DNA RNA
2. Translatie: RNA Eiwit
1.2 Study Structure, Study Function
De interacties tussen en binnen (macro)moleculen liggen aan de basis van levende organismen.
In de wereld van (macro)moleculen wordt de functie sterk bepaald door de structuur!
3
, 2. Aminozuren zijn de bouwstenen van eiwitten
2.1 Alle aminozuren bezitten gemeenschappelijke structurele eigenschappen
20 verschillende aminozuren komen algemeen voor in eiwitten en het zijn allemaal α-aminozuren.
Een α-aminozuur bestaat uit: een centraal koolstofatoom (α koolstof: Cα)
gekoppeld aan een aminogroep (NH2/NH3+), een carboxylgroep
(COOH/COO-) en een kenmerkende R-groep (de zijketen).
Aminozuren zijn chirale moleculen, waarbij de Cα het chiraal centrum is
(uitzondering: Gly).
De stereoisomeren van aminozuren worden de L-aminozuren en de D-aminozuren genoemd.
L stereoisomeren D stereoisomeren
Alleen L-aminozuren zijn bestanddelen van proteïnen:
Een speciale nomenclatuur werd ontwikkeld door Emile Fischer in 1891 om de absolute configuratie
van de vier substituenten op het asymmetrische koolstofatoom te specificeren. De absolute
configuraties van aminozuren worden gespecificeerd door het D,L-systeem, gebaseerd op de absolute
configuratie van de driekoolige suiker glyceraldehyde, die 1 chiraal centrum bezit en dus 2
stereoisomeren kan hebben (in dit geval, enantiomeren).
De visualisatie van beide enantiomeren kan vereenvoudigd
worden via de Fischer projectie (cfr. Hoofdstuk 4)
Het chiraal koolstofatoom van glyceraldehyde is een belangrijk
referentiepunt dat als basis dient voor de nomenclatuur van beide
enantiomeren:
- D-glyceraldehyde: wanneer de hydroxylgroep op de
referentiekoolstof zich rechts in de Fischerprojectie
bevindt (dextro, D)
- L-glyceraldehyde: wanneer de hydroxylgroep op de
referentiekoolstof zich links in de Fischer-projectie bevindt
(levo, L)
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller raniclaessens. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.22. You're not tied to anything after your purchase.
