Volledige samenvatting van de cursus van Stijlemans en Eeltink. Samengevat in . Werd dat jaar door meerdere studenten gebruikt en verbeterd (zou dus nog up-to-date moeten zijn). Volledig uitgetypt met afbeeldingen die de leerstof verduidelijken. Voor 2BA Bio-ingenieurs.
Voor korting of vragen: c...
H1 – Inleiding
Analytische biochemie
• Analytische chemie: het identificeren van componenten en samenstellingen van oplossingen
o Fundamentele eigenschappen van het analyte: vorm, lading en grootte
o Type analyse: scheiding, identificatie en quantificatie
• Biochemie: studie van chemische componenten en reacties die optreden in levende
organismen
• In vivo: proces dat in het levend organisme plaatsvindt
• In vitro: proces dat in het labo plaatsvindt
Cel-fractionering en cultiveren
• Cellen isoleren → primaire cultuur die niet kan veranderen
• Voordeel: je kan die primaire cultuur steeds gebruiken voor in vitro experimenten, zonder
dat je een levend organisme nodig hebt waaruit je steeds cellen moet halen
• Nadeel: in vitro experimenten wijken soms af van in vivo experimenten
Het pH-concept
• pH is een maateenheid voor de concentratie 𝐻 + ionen in een oplossing
• Bij neutrale pH (= 7) → [𝐻 + ] = [𝑂𝐻 − ] = 10−7 𝑀 → lading van water = 0 als de pH = 7
o Dit is het geval bij 25°C
o Bij 100°C → pH = 6, maar toch is water nog altijd neutraal, verklaring:
▪ Als de T stijgt → moleculen worden dynamischer → evenwichtsconstante
van water verandert (er gaat meer water splitsen in 𝐻 + en 𝑂𝐻 − )
▪ Meer 𝐻 + betekent dat de pH afneemt, maar er wordt evenveel extra 𝑂𝐻 −
geproduceerd → de lading blijft neutraal, terwijl de pH daalt
• 𝑝𝐾𝑎 is de pH-waarde waarbij een biomolecule een gelijke concentratie heeft van zijn
geprotoneerde en gedeprotoneerde vorm
1
,Algemene principes
Voorbereiding
• Stockoplossingen:
o De stock is altijd 10-100-1000x de werkconcentratie
o In maatcilinder: altijd onder de meniscus aflezen
o Bereid de stock altijd op dezelfde pH als het geplande experiment (bij verschillende
pH kunnen bepaalde eiwitten worden uitgeschakeld)
o Bereid de stock altijd op dezelfde T als het geplande experiment (want de pH is T-
afhankelijk)
o Voeg geen onnodige ionen toe, anders ontstaan er ongewenste reactieproducten
(het is dus niet handig om de pH via deze manier op het gewenste niveau te krijgen)
• Verdunningen:
o ¼ verdunning = 1 deel in 3 delen solute
o Niet te veel verdunnen → anders wordt de fout door de pipet te
groot
Protocols
Detectie van componenten in oplossing (zonder opzuivering)
• Gebeurt via een scala aan assays
• Benedict assay: verkleuring wijst op vrije suikers (dus geen genetisch
materiaal)
• Bial’s orcinol test: verkleuring wijst op pentose-suiker → er is genetisch
materiaal aanwezig
• Dische’s diphenyl-amine assay: verkleuring wijst op DNA, anders RNA
• Molisch’s test: 𝛼-naphtol toevoegen → als er een paarse band vormt →
carbohydraten aanwezig
• Brandford test: verkleuring wijst op aanwezigheid van proteïnen
Standard operating protocol
• SOP: geschreven document waarin alle procedures van een experiment worden beschreven
o Experiment (materialen, oplossingen, leverancier producten)
o Werking toestel (instellingen, verantwoordelijke, onderhoud)
o Gedragsregels labo (labojas, GSM)
o Resultaten verwerken/voorstelling (serienummer, datering)
• SOP wordt steeds gestockeerd op een centrale plaats, en er ligt een kopij op de werktafel
• Nut:
o Opleiding van nieuw personeel
o Veiligheid
o Garandeert goede kwaliteit en reproduceerbaarheid van de resultaten
• Doel:
o GLP (good laboratory practice): set SOP’s voor uitvoering van
laboratoriumtechnieken
o GMP (good manufactoring practice): producten produceren onder soortgelijke regels
2
,Rapportering
• Eenheden
o MKS eenheidsstelsel gebruiken
o Molaire massa in units of Da
• Significante getallen
o Optellen/aftrekken → aantal van minst nauwkeurige
o Vermenigvuldigen/delen → aantal van minst significante
o Wetenschappelijke notaties gebruiken (1000 = 103)
o Foutanalyse conform de cursus van prof. D. Maes
3
, H2 – Celcultivering en celfractionering
Celcultivering
Dierlijke cellijnen
Wat moet je toevoegen aan de celcultuur?
• RPMI of DMEM → bevat zouten, vitamines en glucoses
• FCS: bloedserum uit kalveren → bevat hormonen en nutriënten voor dierlijke cellen
• Antibiotica → zodat er geen bacteriën op groeien
• Fenolrood (= pH-indicator) → geeft aan wanneer de celcultuur ververst moet worden (want
dan vindt verzuring plaats doordat de cellen lactaat produceren)
• Supplementen
Belangrijke supplementen
• L-glutamine
o Essentieel aminozuur dat niet door cellen zelf wordt geproduceerd
o Energiebron (citroenzuurcyclus), gebruikt in eiwitsynthese
o Onstabiel in vloeibare vorm → wordt toegevoegd als supplement
• Niet-essentiele aminozuren (NEAA)
o Energiebron, gebruikt in eiwitsynthese
o Vermindert metabolische stress bij cellen
• Groeifactoren en hormonen (bv: insuline)
o Stimuleert glucosetransport en -gebruik
o Helpt bij opname van aminozuren
o Helpt bij cel-differentiatie
• Antibiotica en antimycotica
o Reduceren het risico op bacteriële en schimmel infecties
o Cellen kunnen antibiotisch resistent worden → verandering in fenotype
o Wordt meestal vermeden in lange-termijn celculturen
o Bv: penicilline, streptomycine, gentamicine, amfotericine B
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller kobetheylaert. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.60. You're not tied to anything after your purchase.
