Summary
Samenvatting bioinformatica
- Course
- Institution
Samenvatting van de lessen bioinformatica. Handig om mee te nemen naar het open boek examen. score: 15/20
[Show more]
1 review
By: neginjamali1 • 5 days ago
Seller
Follow
biomed2017
Reviews received
Content preview
BIOINFORMATICASAMENVATTING
Academiejaar 2019-2020
Bronnen:
Samenvatting gemaakt a.d.h.v. de lessen en PowerPoint’s van Prof. Kris Laukens
Afbeeldingen afkomstig van de PowerPoint’s van Prof. Kris Laukens
,LES 0 – VAKINFORMATIE
1. Examen
open boek Meebrengen:
Oefeningen Schrijfgerief
Open vragen Samenvatting en/of cursus
Interpretatie vragen Rekenmachine
Practicumvragen
2. Inhoud theorie
Deel 1 – Scope
H1 – intro
H2 – computerwetenschappen (achtergrond)
Deel 2 – Sequence algorithms
H3 – pairwise alignment
H4 – multiple alignment
H5 – sequence search
H6 – sequence patterns
Deel 3 – Systems
H7 – phylogenetic analysis
H8 – sequence assembly
H9 – mass spectrum matching
H10 – networks
3. Inhoud practica
4 practica:
Databases
Problem solving
Computer
Labprogramming
1
,LES 1 – INLEIDING
1. “Getting started” – inleiding
We kunnen veel leren van één enkele sequentie:
Sequenties met elkaar vergelijken
Sequenties opzoeken in databanken
Evolutionaire verwantschappen bestuderen
Patronen in sequenties vinden
Functie van een proteïne voorspellen
1.1 Data verwerven
1.1.1 Het menselijk genoom
Wat is het? Sequentie achterhalen:
= 2x 23 chromosomen DNA uit weefsel halen, kopiëren & in kleine fragmenten knippen
Elke cel heeft een exacte kopie Sequentie van elk fragment bepalen met een “sequencer”
Kunnen we de sequentie bepalen Alle sequenties vergelijken & weer aan elkaar puzzelen
(basen: A/T/C/G) o = “genome assembly”
1.1.2 Metagenomics
= van organisme naar ecosysteem
Sample nemen
Dit sequencen & hiermee bepalen welke organismen vorkomen
1.1.3 Biologische complexiteit
Centraal dogma:
Genen (het DNA)
o Is slechts één enkel niveau
Vertelt iets over sequentie
Vertelt niets over wat deze sequentie betekent
o Toevallige mutaties in DNA leiden tot evolutie
Vergelijkbaar met het groene boekje: wel woorden, geen betekenis
Transcript (het RNA)
o = het ‘programma’ dat gegenereerd wordt
o Gaat bepalen welke eiwitten gevormd worden
Eiwitten
o = de programma’s die alles zullen uitvoeren
Vergelijkbaar meteen woordenboek: woorden + betekenis
RNA & eiwitten zorgen voor extra complexiteit:
Interactie
o Moleculen (eiwitten) interageren met & beïnvloeden elkaar
Variatie
o Er is een groot aantal genen
o Nog grotere variatie in RNA & eiwitten
Spatiotemporele dynamiek
o Hoeveelheid van elk molecule veranderd met de tijd & ruimte
1.2 Data integratie
= verschillende soorten data m.b.v. computers samenbrengen
1.2.1 Emergent properties
= “het geheel van moleculen is meer dan de som van alle componenten”
Je hebt 26 letters waarmee je een tekst kan maken
Je wil de letters zo combineren dat er een betekenis achter zit (meer dan de som v/d componenten)
2
, 2. Wat is bioinformatica?
Bioinformatica:
“Het onderzoeken, ontwikkelen of toepassen van computationele hulpmiddelen & benaderingen, om het gebruik van
biologische/medische/gedrags-/gezondheidsgegevens (data) uit te breiden, waaronder degene om dergelijke gegevens te
verwerven/op te slaan/te organiseren/archiveren/analyseren/visualiseren”
complexe moleculaire data begrijpen
Computationele biologie
“De ontwikkeling en toepassing van data-analytische & theoretische methoden, wiskundige modulering en computationele
simulatie technieken, voor de studie van biologische, gedrags- en sociale systemen.”
! Een geretaleerde discipline = data mining (nog een stapje verder)
2.1 Data
Wat kunnen we met data (gegevens) doen?
Processen
Vergelijken
Opslaan
Vergelijken
…
Wat is data?
Kan gaan over moleculaire delen DNA/RNA/proteïne/3D-structuren
Kan ook gaan over wat ze doen interacties/functies/rol bij ziekte/locatie…
2.2 Relevante trends
Bioinformatica groeit erg snel:
1. Hoge-doorvoer revolutie
o Grotere doorvoer mogelijk (onderzoek op grotere schaal)
o Gevolg: alles wordt minder duur
2. Centraal dogma is ‘verouderd’
o Nog steeds geldig, maar onvolledig
o Alles is veel complexer:
RNA-processing
Post-transnationale modificaties
3. Genoom & maatschappij
o Mogelijkheid om eigen DNA te laten afnemen & sequencen
o Er bestaan online databanken
4. The big wave data
o Steeds meer & meer data geproduceerd
o Computers volstaan niet meer om alles bij te houden
5. De AL-revolutie (artificiële intelligentie)
o Nieuwe computerprogramma’s
3. Oefeningen
Oefn. 1.1
Describe for yourself three biomolecular problems that can be answered with bioinformatics techniques. You can use inspiration from
past courses.
Oefn. 1.2
What role do you think bioinformatics willplay in your future career?
Oefn. 1.3
What role do you think bioinformatics willplay in the hospital of 2025
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller biomed2017. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.25. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
79202 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now