Summary
Samenvatting bio-informatica zoek- en analysetools
- Course
- Institution
Samenvatting bio-informatica zoek- en analysetools
[Show more]
Seller
Follow
anasloyens
Content preview
ONLINE ZOEK- ENANALYSETOOLS
NCBI (National Center for Biological Information) = toegang tot biomedische en
genomische informatie
GEN TOOLS
Splign (onderdeel van NCBI) = een hulpprogramma voor het berekenen van cDNA-
naar-Genomic, of gesplitste sequentie-uitlijningen. De kern van het programma is
een vergelijkingsalgoritme dat mogelijke genduplicaties identificeert, en een verfijnd
uitlijningsalgoritme dat intronen en splitsingssignalen herkent.
Primer3Plus = kiest primers uit een DNA-sequentie met behulp van Primer3
PROTEIN TOOLS
Interpro = biedt functionele analyse van eiwitten door ze te classificeren in families
en door domeinen en belangrijke sites te voorspellen.
Uniprot = de wetenschappelijke gemeenschap te voorzien van een uitgebreide,
hoogwaardige en vrij toegankelijke bron van eiwitsequentie en functionele
informatie.
RCSB Protein Database = mogelijk maken van een open toegang tot de
accumulerende kennis van 3D structuur, functie en evolutie van biologische
macromoleculen, waardoor de grenzen van de fundamentele biologie, de
biogeneeskunde en de biotechnologie worden verlegd.
PeptideCutter = voorspelt potentiële splitsingsplaatsen die gesplitst worden door
proteasen of chemicaliën in een bepaalde eiwitsequentie. PeptideCutter retourneert
de query sequentie met de mogelijke splitsingsplaatsen in kaart gebracht en / of een
tabel van splitsingsplaats posities.
ProteomeXchange = biedt een standaardmethode voor het indienen van op
massaspectrometrie gebaseerde proteomicsgegevens bij publiek toegankelijke
opslagplaatsen. Zodra u uw gegevens bij het PX-invoerpunt heeft ingediend, worden
deze automatisch verspreid naar alle andere repositories in het consortium
PeptideShaker = zoekmachineonafhankelijk platform voor de interpretatie van
proteomics identificatie resultaten van meerdere zoekmachines, die momenteel X!
Tandem, MS-GF+, MS Amanda, OMSSA, MyriMatch, Comet, Tide, Mascot,
Andromeda en mzIdentML ondersteunen. Door de resultaten van meerdere
zoekmachines te combineren en tegelijkertijd de PTM-lokalisatiescores te
herberekenen en de proteïne-inferentie opnieuw te doen, probeert PeptideShaker u
het best mogelijke inzicht te geven in uw proteomics-data!
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller anasloyens. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.98. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
52355 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now