Summary
Summary gen- en genoomtechnologie
- Course
- Institution
summary of the course of gene- and genome technology
[Show more]
Seller
Followdriesluyten
Content preview
Samenvatting Gen- en genoomtechnologieHoofdstuk 1A: Herhaling recombinante DNA technologie
1.1. DNA
• DNA en RNA zijn nucleïnezuren die opgebouwd zijn uit nucleotiden
o Opbouw van nucleotiden:
▪ Basen (N):
✓ Purines (P):
❖ Adenine
❖ Guanine
✓ Pyrimidines (Y):
❖ Cytosine
❖ Thymine (DNA)
❖ Uracil (RNA)
✓ Extra:
❖ Van cytosine naar uracil: deaminatie
❖ Van uracil naar thymine: methylatie
▪ Nucleoside:
✓ = base + suiker
❖ Suiker = ribose in RNA en deoxyribose in DNA
❖ Ribose wordt genummerd van 1’ tot 5’
▪ 3’OH en 5’CH3 zijn zeer belangrijk in oriëntatie
van DNA
▪ Bij DNA staat er op de 3’-C een OH-groep
▪ Wordt vervangen door een H bij dideoxy… →
belangrijke moleculen bij Sanger sequencing
(ketenterminatie door inbouw ervan)
✓ Soorten:
❖ Adenosine en deoxyadenosine
❖ Guanosine en deoxyguanosine
❖ Cytidine en deoxycitidine
❖ Thymidine en deoxythymidine
❖ Uridine en deoxyuridine
▪ Nucleotiden:
✓ = nucleoside + fosfaat
❖ Monofosfaat (NMP’s), difosfaat (NDP’s) of trifosfaat
(NTP’s)
❖ Nummering fosfaatgroepen belangrijk in
labelingsexperimenten: α, β en γ
✓ Soorten:
❖ AMP (adenylaat), ADP en ATP + dAMP, dADP en dATP
❖ GMP (guanylaat), GDP en GTP + dGMP, dGDP en dGTP
1
, ❖ CMP (cytidylaat), CDP en CTP + dCMP, dCDP en dCTP
❖ TMP (thymidylaat) + dTMP, dTDP en dTTP
❖ UMP (uridylaat), UDP en UTP + dUMP, dUDP en dUTP
▪ Natuurlijke niet-voorkomende nucleotiden: TMP, TDP en TTP (want
Thymine komt niet voor in RNA)
▪ Voorbeeld:
o Opbouw van aminozuren (+ kunnen tekenen)
▪ Algemene structuur:
✓ NH = aminoterminus
✓ COOH = carboxyterminus
✓ R = restgroep
❖ Afhankelijk van deze groep worden AZ’n onderverdeeld
in grote categoriën:
▪ Geladen polair
• Zuur: aspartaat en glutamaat
• Basisch: lysine, arginine en histidine
▪ Ongeladen polair
• Amide-groep: asparagine en glutamine
• Hydroxylgroep: serine, threonine en
tyrosine
• Sulfhydrylgroep: cysteïne
▪ Niet polair
• Glycine, alanine, valine, leucine,
isoleucine, proline, methionine,
phenylalanine en tryptofaan
✓ Zie afbeelding dia6 → kunnen tekenen
▪ 3 letter en 1 letter code ook kennen → dit is basis!!
2
, o De genetische code
▪ Wordt afgelezen vanaf het mRNA-transcript
▪ Startcodon = AUG → codeert voor methionine
▪ Stopcodons:
✓ UAA = amber
✓ UAG = ochre
✓ UGA = opal
▪ De wobble hypothese:
✓ Stelt dat het paren van het codon en anticodon de normale A-U
en G-C regels volgt voor de eerste 2 base-posities in een codon,
maar dat uitzonderlijke ‘wobbles’ gebeuren op de 3de positie
en zo dus G-U basenparen gevormd kunnen worden
✓ Deze wobble is mogelijk door de degeneratie van de
genetische code
❖ Wilt zeggen: er zijn ongeveer 60-tal codons die in totaal
coderen voor slechts 20 AZ’n → er zijn dus meerdere
codons voor 1 enkel AZ + er zijn een 160-tal tRNA’s met
bepaald anticodon waardoor dus meerdere tRNA’s een
bepaald codon kunnen herkennen
✓ Belang van deze wobble:
❖ Bescherming tegen mutaties
❖ Doordat er meer tRNA’s zijn dan dat er AZ’n zijn (dus
meer tRNA’s voor 1 bepaald AZ) gaat de replicatie
sneller
✓ Opm. amino-acyl synthetases helpen bij het koppelen van het
AZ aan zijn respectievelijk tRNA → zo miniem aantal fouten
❖ Zie cursus van 2 jaar geleden
▪ Opm. inosine = post-translationele modificatie van adenine → kan
gebruikt worden in bepaalde RNA-moleculen als natuurlijke base
• DNA-structuur:
o DNA is vooral een dubbelstrengige helix
▪ De nucleotiden van 1 streng zijn verbonden met elkaar: de 3’ van de
ene base is gekoppeld met de 5’ van de volgende base via een
fosfodiësterbinding
❖ Op deze manier wordt er een 5’ → 3’ richting verkregen
❖ Zie zelfgemaakte tekening dia 9
▪ Deze 2 strengen worden de direct streng genoemd en de indirect
streng en lopen antiparallel
▪ De nucleotiden in beide strengen vormen een basenpaar door de
vorming van waterstofbruggen
en zo de planaire structuur te
vormen
❖ A-T → 2 H-bruggen
❖ G-C → 3 H-bruggen
3
, ▪ In de helix zijn er ook een minor en major groeve aanwezig
❖ Hierin kunnen DNA-binding proteïns binden zoals histonen,
polymerasen en TF’n (voor genregulatie)
o Er bestaan ook triple helix structuren van DNA
▪ T-loop in het einde van de telomeren om het telomeer stabiel te
houden
▪ D-loop in mitochondriaal DNA (klein stuk van mtDNA is triple strengig)
• DNA-replicatie:
o Belang: vermenigvuldigen van DNA
o Verloopt semi-conservatief: de 2 originele strengen van de dubbele helix
blijven altijd behouden (verdwijnt wel na een bepaalde tijd natuurlijk) en een
nieuwe dochtersteng wordt dan gesynthetiseerd en vormt met elk van de
originele strengen een nieuwe dubbele helix
o Wordt uitgevoerd door DNA-polymerasen
▪ Prokaryoten hebben 1 polymerase die alles doet
▪ Eukaryoten hebben er meerdere die de strengen gaan aanmaken
o Verloop van de open fork replicatie
▪ Helicases zijn EW’n die DNA ontwarren/uiteen halen
▪ Zo ° plaats om nieuwe strengen te gaan aanmaken
o Het primosoom is het EW-complex dat bij replicatie betrokken is
▪ Afbeelding dia 11
▪ DNA-primase maakt RNA-primer, die okazakifragment voorafgaat
▪ Als wordt bij elkaar gehouden door clamp loader, clamp readers,
sliding clamps,… samen met helicase
▪ Werkt als een soort naaimachine
▪ Ss DNA binding protein
❖ = replicatie protein A
❖ Bindt op ss DNA na ontwarring door helicase en zorgt zo voor:
o Verhinderen afbraak van de streng
o Maakt de streng rigide en lang genoeg om zo de sliding
componenten en het polymerase erlangs te laten
glijden
▪ DNA-polymerase zelf
❖ Prokaryoten hebben er 1 (zoals
hierboven uitgelegd)
❖ Eukaryoten (plant en dier)
hebben er meerdere die elk een
specifieke functie hebben
o Leading strand synthese verloopt snel omdat er slechts 1 primer nodig is
waarop DNA-polymerase aanhecht en vervolgens de hele dochterstreng van
5’ naar 3’ kan synthetiseren (continue synthese)
▪ Lagging strand synthese verloopt trager doordat er eerst een korte
RNA-primer moet aangemaakt worden die dienst doet als primer
zodat DNA-polymerase stukje kan synthetiseren = okazakifragment
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller driesluyten. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $25.11. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
56326 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now