Summary
Samenvatting modeling en structuurbepaling van biomoleculen
- Course
- Institution
samenvatting van de cursus 'modeling en structuurbepaling van biomoleculen'
[Show more]
Seller
Followdriesluyten
Content preview
Samenvatting Modeling en structuurbepalingvan biomoleculen
Examen: van het onderdeel van Hans De Winter --> 1 casus bespreken + hoe we dit
probleem zouden aanpakken
o Dit moet je voorbereiden thuis + je leert de cursus --> prof stelt dan vragen
over de casus waarbij je informatie nodig hebt uit de cursus
Hoofdstuk 1: Chemo-informatica
1.1. Moleculaire formaten
Opdat de PC met moleculaire informatie kan werken --> moleculen moeten
geconverteerd worden in een formaat dat PC’s kunnen verstaan
o We hebben accurate quantum chemische representaties met wavefuncties
die de positie van de elektronen en de overeenkomstige atoomkernen
beschrijven (LUMO en HOMO)
Zeer accuraat + bevatten grootste hoeveelheid informatie
In praktijk: niet zeer bruikbaar --> reden: zeer tijdrovend om te
genereren + zeer duur (veel opslagruimte) --> om wille hiervan:
alternatieve methoden werden ontwikkeld waarin het merendeel van
de chemische informatie verwijderd wordt en wordt beschouwd als
impliciet aanwezig --> zo wordt er impliciet verondersteld dat:
Elke C, O en N-atoom 6, 8 en 7 elektronen bevatten, respect.
Elk atoom geconnecteerd is aan een geschikt aantal H-atomen
zodat elke atoom-valentie correct weergegeven is
De O-atomen bevatten 2 ionenparen en het N-atoom bevat 1
ionpaar
o Grootste verschil tussen de moleculaire formaten = de hoeveelheid
voorafgaande kennis die verondersteld wordt
o Er zijn veel chemische formaten beschikbaar --> MAAR: de meest frequent
gebruikte: SMILES, SDF en PDB-formats
1.1.1. SMILES
= Simplified Molecular Input Line Entry Specification
o Het is een specificatie in de vorm van een lijn-notatie want het beschrijft de
structuur van moleculen gebruik makende van korte sequenties van
karakters die geen spaties bevatten (= ASCII strings)
o Hier worden een aantal voorbeelden gegeven --> wat de verschillende zaken
betekenen wordt verder uitgelegd
, Opm. H-atomen worden meestal niet weergegeven + aromatische
structuren kunnen direct of in de Kekulé vorm gespecifieerd worden
Er zijn 5 algemene SMILES regels mbt de specificatie van atomen, bindingen,
braching, ringsluitingen en ontkoppelingen --> worden hieronder uitgelegd
Atomen:
o Worden weergegeven door hun standaard afkorting van de chemische
elementen + worden omringt door vierkante haken --> vb. [Ag] voor zilver -->
MAAR: de haken worden weggelaten bij atomen:
In de organische subset: B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, or I
Atomen die geen formele lading hebben
Atomen waarbij het aantal vastgehangen H’s geïmpliceerd wordt door
hun normale valentie
Atomen welke de normale isotopen zijn
Atomen die niet chirale centra zijn
o Vb. de SMILES voor water kan geschreven worden als O or [OH2] or [H]O[H] --
> MAAR: het hydronium ion kan enkel gespecifieerd worden als [OH3+] or [H]
[O+]([H])[H]
o Als haakjes gebruikt worden: het symbool H moet toegevoegd worden als het
atoom tussen de haakjes gebonden wordt door 1 of meerdere H’s, gevolgd
door het aantal H’s als dit groter is dan 1 en dan een + of – voor
respectievelijk een positieve of negatieve lading
Vb. [NH4+] should be used to represent ammonium, although that [H]
[N+]([H])([H])[H] may also be used
Als er meer dan 1 lading is --> wordt geschreven als [Ca+2]
o Voor aromatische atomen = atomen die deel uitmaken van een aromatische
ring: de kleine letters van de atomen worden gebruikt ipv hoofdletters
Vb. B, C, N, O, P and S atoms this becomes ‘b’, ‘c’, ‘n’, ‘o’, ‘p’ and ‘s’,
respectively
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller driesluyten. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $21.88. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
56326 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now