Voor transcriptie-initiatie in prokaryoten associeert de sigmafactor met polymerase, samen
vormen ze het RNA-polymerase core-enzym. Ze glijden over het DNA en binden als ze de
promotor tegenkomen. De promotor is een DNA-sequentie die de start van transcriptie
aangeeft. Op de promotor opent het holo-enzym de dubbele DNA-helix. Dit geopende stuk
heet dan de transcriptiebubbel. De sigmafactor bindt aan de ene streng en polymerase
begint met transcriptie van de andere streng. Dit
genereert spanning welke ervoor kan zorgen dat
het RNA-polymerase core-enzym losbreekt van
de sigmafactor en de transcriptie voortzet. Breekt
het core-enzym niet los, dan worden er steeds
kleine stukjes RNA gegenereerd. Dit heet
abortive intiation.Nucleotiden worden één voor
één gekoppeld in de elongatiefase totdat RNA-
polymerase de terminatiesequentie tegenkomt.
Die zorgt voor de vorming van
haarspeldstructuren, waardoor RNA-polymerase
sneller loslaat van het RNA. De transcriptie wordt
gestopt, RNA-polymerase laat het DNA los en
associeert weer met de sigmafactor.
Soms wordt gesteld dat een consensussequentie een 'theoretische
sequentie' is. Leg uit dat het best zo zou kunnen zijn dat je een bepaalde
consensussequentie in werkelijkheid nergens in de natuur aantreft.
De consensussequentie komt tot stand door voor elke positie te bepalen welk nucleotide het
vaakst op die plek wordt aangetroffen, als je een groot aantal sterk gelijkende promoters met
elkaar vergelijkt. De sequentie die hieruit samengesteld wordt, zegt dus niet dat er
individuele promoters bestaan die exact deze sequentie bevatten.
Toch is de consensussequentie en zeer belangrijke informatiebron. Een vergelijking van de
echte sequentie met de consensussequentie geeft namelijk en indicatie van de 'sterkte' van
de promoter.
Op p.330 in het boek staat een definitie van 'sterkte' van een promoter.
Geef deze definitie in het Nederlands.
De sterkte van de promoter wordt uitgedrukt in het aantal initiatiegebeurtenissen per
tijdseenheid per promoter.
,Beschrijf in eigen woorden hoe de sequentie van de promoter bepalend
is voor de sterkte van de promoter.
De nucleotidevolgorde van de promotor bepaalt hoeveel en welke chemische interacties
(zoals waterstofbruggen) er kunnen ontstaan tussen de nucleotiden in de promotor en de
eiwitten die op de promotor moeten binden. Hoe meer interactiemogelijkheden er zijn, hoe
sterker de binding van de eiwitten en hoe groter de kans is dat er inderdaad transcriptie-
initiatie zal plaatsvinden. Je zou dus kunnen zeggen dat bij een sterke promoter de
nucleotidevolgorde (en dus de chemische samenstelling) dusdanig is dat de benodigde
eiwitten er optimaal aan kunnen binden.
Signals encoded in DNA tell RNA polymerase where to start and stop
(p.328)
Voor transcriptie-initiatie in prokaryote
associeert de sigmafactor met
polymerase, samen vormen ze het
polymerase holo-enzym. Ze glijden over
het DNA en binden als ze de promotor
tegenkomen. De promotor is en DNA-
sequentie die de start van transcriptie
aangeeft. Op de promotor opent het holo-
enzym de dubbele DNA-helix. Dit
geopende stuk heet dan de
transcriptiebubbel. De sigmafactor bindt
aan de ene streng en polymerase begint
met transcriptie van de andere streng.
Dit genereert spanning welke ervoor kan
zorgen dat de core factor (polymerase
deel) van het holo-enzym losbreekt van
de sigmafactor en de transcriptie voortzet. Breekt het core-enzym niet los, dan worden er
steeds kleine stukjes RNA gegenereerd. Dit heet abortive intiation. Nucleotiden worden en
voor een gekoppeld in de elongatiefase tot polymerase de terminatiesequentie tegenkomt,
stop met de transcriptie, het DNA loslaat en weer associeert met sigmafactor.
Bacterial transcription start and stop signals are heterogeneous in
nucleotide sequence (p.329)
Een consensus-sequentie is een volgorde van nucleotiden waarin de meest voorkomende
nucleotide in en sequentie met dezelfde functie (bijvoorbeeld en promoter) wordt
weergegeven. Een consensus-sequentie zou je dus ook de 'gemiddelde' sequentie kunnen
noemen.
De sterkte van een promoter wordt gedefinieerd als de hoeveelheid initiaties per unit time op
de promoter. De efficiëntie van zo'n promoter hang af van hoe sterk de promoter-sequentie
op de consensus-sequentie lijkt.
Terminator-sequenties vertonen en grote verscheidenheid aan sequenties. Het belangrijkste
gemeenschappelijke kenmerk is dat het codeert voor een stukje RNA dat een haarspeld kan
vormen door middel van base-paring met zichzelf.
, To initiate transcription, RNA polymerase II requires a
set of general transcription factors (p.332)
Algemene transcriptiefactoren (TFIIA, TFIIB, etc.) helpen RNA-
polymerase op de juiste plek op het DNA te positioneren, helpen de
twee DNA-strengen van elkaar te scheiden zodat transcriptie kan
beginnen en late RNA-polymerase los zodat de elongatiefase van
start kan gaan. RNA-polymerase Il vormt samen met alle algemene
transcriptiefactoren het transcriptie-initiatiecomplex.
Als eerste bindt een subunit van TFIID, het TATA-binding proteïn
(TBP), aan de TATA-box en zorgt voor en verandering in de DNA-
structuur waardoor andere transcriptiefactoren en RNA-polymerase
II kunnen binden. De TATA-box is gewoonlijk gelokaliseerd op 30
nucleotiden upstream van de plek war transcriptie start. TFIIH bevat
een helicase die het DNA een stukje ontwindt, waardoor de template
strand beschikbaar wordt voor RNA-polymerase. RNA-polymerase Il
gaat nu korte stukjes RNA synthetiseren tot TFIIH (middels de
kinase subunit) ook voldoende fosfaat-groepen op z'n C-terminal
domain (CTD) heeft gezet, waarna RNA-polymerase en serie van
conformatieveranderingen ondergaat. Dan laat RNA-polymerase lI
los van het initiatie-complex en kan elongatie van transcriptie
beginnen. Zie ook Figuur 6-15.
In Eukaryotes, Transcription Initiation Also Requires
Activator, Mediator, and Chromatin-modifying
Proteins
Voor de initiatie van transcriptie moeten transcriptie-activatoren
binden aan enhancersequenties in het DNA die via loops in het DNA meehelpen om RNA-
polymerase II te positioneren op de promoter. Dit wordt gecoördineerd door een groot
eiwitcomplex genaamd Mediator: Mediator zorgt ervoor dat de transcriptie-activatoren goed
in contact kunnen komen met RNA-polymerase II en met de algemene transcriptiefactoren.
De betrokken transcriptie-activatoren verschillen van gen tot gen. Ook zijn er chromatine-
remodeling complexes en histone modifying enzymes nodig voor initiatie van transcriptie.
Deze enzymen zorgen dat het DNA meer toegankelijk wordt voor RNA-polymerase II in het
chromatine door nucleosomen te migreren.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller RutgerHek. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $4.02. You're not tied to anything after your purchase.
