100% satisfaction guarantee Immediately available after payment Both online and in PDF No strings attached
logo-home
Samenvatting Enymkinetiek 2e jaar $5.92   Add to cart

Summary

Samenvatting Enymkinetiek 2e jaar

 14 views  1 purchase
  • Course
  • Institution

Samenvatting enzymkinetiek (onderdeel van biochemie. 2)

Preview 3 out of 17  pages

  • January 17, 2023
  • 17
  • 2021/2022
  • Summary
avatar-seller
Enzymkinetiek: recap
 Eiwit
o Katalysator: component die chemische reacties kunnen versnellen/vertragen (10 9 tot 1012x)
=> onmogelijke reacties blijven onmogelijk
o Lage concentratie (10-11 M)
o Fysiologische omstandigheden: lage T en neutrale pH
o Worden niet verbruikt, wel vervangen
o Denatureren (doodsoorzaak)
o Globulair wateroplosbaar

Werking
 Katalytische werking
o Versnellen een chemische reactie
o Enzym + substraat = enzymsubstraat –> product
 Actief centrum
o Sleutel-slot principe: exact passen op elkaar (starre structuur)
o Induced fit: ongeveer passen op elkaar –> bij contact: enzym past zich aan aan de vorm van het substraat
(flexibele structuur)
 Specificiteit
o Zwakke specificiteit/groepsspecifiteit: 1 enzym voor 1 substraat
o Absolute specificiteit van reactie en substraat: meerdere gelijkende enzymen voor een substraat
 Controlemechanismen
o Controle via synthese: enzymen bijmaken of afbreken
o Controle wijziging id covalente structuur: niet actief enzym –> actief enzym (dmv andere enzymen)
 Irreversibel
o Allosterische controle: activator/inhibitor dmv effector
 Revesiebel

Beïnvloedende factoren van enzymwerking
 Temperatuur
o Bij lage T valt het enzym stil
o Als T toeneemt, neemt reactiesnelheid ook toe
o Bij te hoge T gaat het enzym denatureren en valt de reactie stil
o Elk EW heeft optimale werkingsT en denaturatieT
 pH
o Reactie laten doorgaan in cte pH –> buffer gebruiken
o Elk enzym heeft optimale pH
 Enzymconcentratie
 Substraatconcentratie
 Inhibitoren
o Competitieve inhibitoren
 Inhibitor gelijkt op substraat en bind eveneens op actieve site
o Niet-competitieve inhibitor
 Inhibitor bindt enzym op andere plek dan actieve site, maar deze binding wijzigt actieve site


Enzymkinetiek
Eénsubstraatsreacties
Steady-state kinetiek
 = als de gevormde hoeveelheid die gevormd wordt gelijk is aan de hoeveelheid die verdwijnt
 Pre-steady-state: als enzymen gemengd wordt met overmaat substraat, is er een korte periode waarin evenwicht
wordt gezocht
 Post-steady-state: als al de enzymen gebonden zijn aan substraat, zal de reactie stilvallen

Michaëlis-Menten vergelijking
 Bij cte [E] is snelheid rechtevenredig met [S] wnnr [S] klein is
 Voor hoge [S] id reactiesnelheid onafh vd [S]
1

,  In steady-state vwd: verdwijning van ES per tijdseenheid = vorming van ES per tijdseenheid
 Verder geldt dat:
o C aan vrije substraten = beginC (aangezien dat [S] >> [E])
o [Et] = [E] + [ES]
 Vmax wordt verkregen wnnr alle actieve centra verzadigd zijn met substraat (wnnr [S] >> [E])

Betekenis van de parameters:
KM
 [S] waarbij helft vd actieve centra is gebonden met substraat
 Dissociatie-cte = maat voor affiniteit tss enzym en substraat OF functionaliteit bij lage [E]
o KM klein: grote affiniteit (Vmax/2 al bereikt bij kleine [S])
o KM groot: kleine affiniteit (Vmax/2 bereikt bij grote [S])
 Waarde wordt bepaald door: aard vh substraat in combinatie met soort enzym, pH, T en ionsterkte

Vmax
 = reactiesnelheid waarbij alle actieve centra verzadigd zijn aan substraat
 Uit Vmax kan ‘turnover number’ berekend worden
o Max aantal substraatmoleculen dat per actief centrum en per tijdseenheid omgezet wordt in product
o Aantal keren dat het enzym ‘turns over’ per tijdseenheid
o => maat voor het katalytisch vermogen vh enzym voor een bepaald substraat
o Ligt tss 1 tot 104 per seconde
o Elke omzetting gebeurt 1/K3

 MM-vgl getransformeerd in een lineaire vorm:
 Lineweaver-Burk
o Nadeel
 Door reciproke waarde (1/x) wegen fouten zwaarder door
 Dikwijls slechte spreiding vd punten waarbij kleinste [S] het sterkste doorwegen
 Hanes
o Voordeel
 Statistisch beste methode: minder gevoelig voor fouten
 Mooiere spreiding vd punten
o Nadeel: reciproke waarde van snelheidsreactie blijven behouden

Inhibitie
= verlagen vd reactiesnelheid
 Mechanismen
o Binding met actieve site blokkeren (competitief)
o Activiteit vd actieve site verlagen (niet-competitief)
o Chemische reacties (irrevesiebel)
o Omgevingsfactoren veranderen (T en pH)
 Belang van inhibitoren
o Regulatiemechanismen
o Medicatie
o Biologisch inzicht

Reversiebele inhibitie: gekenmerkt door evenwichtsinstelling tss enzym en substraat
Reversiebele inhibitie vd enzymatische reacties door kleine moleculen en ionen is van groot belang:
 Als controle mechanisme in biologische systemen
 Het verschaft inzicht ih werkingsmechanisme vh enzym
 Id pharmaceutische industrie om de affiniteit vd versch inhibitoren voor een bep enzym te kennen

Competitieve inhibitie
 Inhibitor bindt op dezelfde plaats als substraat: ze zijn in competitie met elkaar
 Reactiesnelheid daalt doordat minder substraat kan binden
 Inhibitor en substraat gelijken chemisch op elkaar
 Schijnbaar wordt KM groter: [S] moet hoger zijn om dezelfde snelheid te behouden
2

, o [I] > [S]: geen reactie
o [I] = [S]: verminderde reactie (vereist een hogere [S] om Vmax en Vmax/2 te bereiken)
o [I] < [S]: geen/weinig inhibitie (inhibitie kan opgeheven worden door te werken bij zeer hoge [S])

Niet-competitieve inhibitie = allosterische inhibitie
 Inhibitor bindt NIET op het actief centrum: enzym ondergaat conformatie –> verliest activiteit
 Geen chemische gelijkenis tss inhibitor en substraat –> geen competitie
 Dikwijls wordt door binding de katalyse belet (functionaliteit valt weg)
 Schijnbaar daalt Vmax
 Inhibitie kan niet ongedaan gemaakt worden door verhogen van [S]
 Binding vd inhibitor beïnvloedt de binding vh substraat niet: KM blijft onveranderd

Bepaling van KM, Vmax en KI
1. Substraatsverdunningsreeks maken
2. Voor versch [S] wordt reactiesnelheid bepaals in aan- en afwezigheid van inhibitor
3. Voor elke grafisch uitzetten –> lineaire afgeleide
4. Lineaire regressie met vgl van best passende vgl (y = ax + b)
a. Geïnhibeerde rechte is evenwijdig aan niet-geïnhibeerde rechte: competitieve inhibitie
b. Geïnhibeerde rechte is NIET evenwijdig aan niet-geïnhibeerde rechte: niet-competitieve inhibitie
5. a en b bep voor de versch rechten: betekenis veranderd naargelang geen, comp of niet-comp inhibitie
6. Aflezen/berekenen: KM, Vmax uit a en b van de niet-geïnhibeerde reactie
[I ]
7. Berekenen KI: geïnhibeerde reactie (bi) delen door niet-geïnhibeerde reactie (b) => KI = bi
−1
b

Substraatinhibitie
 Bij hoge [S]: zowel competitief als niet-competitief
 MM geldt niet meer: curves zijn niet langer hyperbolisch
 Bij zeer hoge [S] daalt de reactiesnelheid
 2e substraatmolecule kan op hetzelfde actief centrum zitten als het 1e, maar beide kunnen slecht zitten
 Kan ook op andere plaats op het EW binden en zo binding/afbraak op actief centrum beïnvloeden

Productinhibitie
 Gevormd product gaat zelf als remmer optreden
 Feedbackinhibitie: inhibitie stopt wanneer product opgebruikt is
 Product bindt op actief centrum: reactie stopt spontaan tot de inhibitor verbuikt is
 Product bindt NIET op actief centrum: door conformationele wijziging in EW wordt binding en/of afbraak vh
substraat op actief centrum beïnvloed of belet

Inhibitie door allosterische enzymen
 Volgen niet MM: sigmoïdale curve ipv hyperbolische
 Meeste van dit type enzymen zijn opgebouwd uit versch ondereenheden (sub-units) elk met een actief centrum
 Binden v/e substraat op 1 vd actieve centra veroorzaakt wijziging id binding en/of afbraak op een andere actieve
plaats binnen dezelfde enzym molecule => coöperatief effect
 Meestal enzymen met regulatorische of controlende functie
 Activator/inhibitor: binden niet op actieve centra (allosterische controle) –> indien 100% activatie: MM
 Homotropische interacties: substraatbinding heeft effect op binding v/e ander e substraatsmolecule
 Heterotropische interacties: allosterische effector (product, metaalion, coënzym) veroorzaakt de wijziging
 Belang van allosterische enzymen: komt vooral tot uiting bij het nagaan vd invloed van inhibtor of activator
o 2 conformationele vormen: T-vorm (geen binding van substraat mog) en R-vorm (binding wel mog)
=> in evenwicht (L = T/R)
o Activator en inhibitor binden op een andere plaats dan het actieve centrum
 Allosterische inhibitor: voorkeur voor T-vorm
 Allosterische activator: voorkeur voor R-vorm

Irreversiebele inhibitie
 Wordt verkregen wnnr een inhibitor een chemische binding (meestal covalent) aangaat met het enzym
3

The benefits of buying summaries with Stuvia:

Guaranteed quality through customer reviews

Guaranteed quality through customer reviews

Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.

Quick and easy check-out

Quick and easy check-out

You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.

Focus on what matters

Focus on what matters

Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!

Frequently asked questions

What do I get when I buy this document?

You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.

Satisfaction guarantee: how does it work?

Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.

Who am I buying these notes from?

Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller AnetteVDB. Stuvia facilitates payment to the seller.

Will I be stuck with a subscription?

No, you only buy these notes for $5.92. You're not tied to anything after your purchase.

Can Stuvia be trusted?

4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)

67096 documents were sold in the last 30 days

Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now

Start selling
$5.92  1x  sold
  • (0)
  Add to cart