100% satisfaction guarantee Immediately available after payment Both online and in PDF No strings attached
logo-home
Samenvatting Moleculaire Biologie II (2022-23)(C003370) $8.64   Add to cart

Summary

Samenvatting Moleculaire Biologie II (2022-23)(C003370)

 27 views  1 purchase
  • Course
  • Institution

Alle hoofdstukken, namelijk: genoomstructuur, transcriptie, RNA splicing, RNA-editing, transcriptie regulatie, regulatorische RNA, translatie, replicatie, DNA-repair en homologe recombinatie. Volledig in het Nederlands, behalve de figuren. Gebaseerd op Ufora PPTs, lesnotities en de boeken: 978-0-3...

[Show more]

Preview 6 out of 86  pages

  • January 21, 2023
  • 86
  • 2022/2023
  • Summary
avatar-seller
He1senberg Samenvatting Universiteit Gent




Moleculaire biologie II
(C003370)
Academiejaar: 2022-2023
Lesgever: R. Beyaert

,2

,Genoomstructuur 04

Transcriptie 09

RNA splicing 19

RNA-editing 27

Transcriptie regulatie in eukaryoten 29

Regulatorische RNA 56

Translatie 66

Replicatie 76

DNA-repair 82

Homologe recombinatie 86



Referenties
› Ufora PowerPoints
› 978-0-321-76243-6
› 978-0-7167-7601-7




3

, Hoofdstuk 1
Genoomstructuur

Chromosoom diversiteit
 Belang van opvouwen DNA in chromosomen
➢ Compactere vorm die past in de cel
➢ Bescherming tegen schade
➢ Efficiënte overdracht naar beide dochtercellen tijdens celdeling
➢ Algemene organisatie die genexpressie, DNA-herstel, replicatie en recombinatie
vergemakkelijkt
 Eiwitten in chromosomen
➢ De helft van de moleculaire massa van een eukaryotische chromosoom is geassocieerde
eiwitten
▪ Kleine, basische (+) eiwitten zoals histonen (geordend in nucleosomen)
▪ Eiwitten die transcriptie, replicatie, repair en recombinatie van DNA reguleren
Prokaryoten
 Meestal circulair genoom, sommige species hebben echter ook een lineaire of een mengeling
van de twee
 Circulaire en lineaire genomen hebben verschillende replicatiemechanisme-vereisten
 Plasmiden als extra-chromosomaal DNA
 Nucleoid bestaande uit supergewonden lussen (niet gelijk aan kern)
Eukaryoten
 Meerdere lineaire chromosomen
 Preferentiële positie in kern (chromosoom territoria)
 Aantal varieert van 2 tot 100 (mens 46, muis 40, paard 64)
➢ Somatische cellen (diploïd), germinale cellen (haploïd)
➢ Polyploïde cellen voornamelijk bij planten
▪ Megakaryocyten zijn polyploïde reuzecellen in het beenmerg van waaruit bloedplaatjes
ontstaan (max 128 kopijen van elk chromosoom)
 Grootte van het genoom
➢ Varieert enorm en is niet gecorreleerd met de complexiteit van het organisme
➢ 3200 Mb - mens, 12Mb gist, 120k Mb tulp
 Eiwitcoderende genen
➢ ~20 000 (<2% bij mens)
➢ Rest: tRNA, rRNA, miRNA, IncRNA, transposons, pseudogenen, …
➢ Grotere genen door meer regulatorische sequenties + introns
➢ Langere intergene sequenties (veel meer dan bij prokaryoten)
 Extra-chromosomaal DNA
➢ In mitochondria en chloroplasten
➢ Humaan mitochondriaal DNA (mtDNA)
▪ Circulair dubbelstrengige DNA (dsDNA) met slechts 37 genen (13 eiwitten)
• De meeste eiwitten zijn toch afkomstig van kern-gecodeerde genen




4

,Chromosoom duplicatie & segregatie (+hoofdstuk 8, p.76)
 Oorsprong van replicatie
➢ Prokaryoten: één ORI (Origin of replication)
➢ Eukaryoten: meerdere ORI op elk chromosoom
 Telomeren
➢ Repetitieve en deels enkelstrengige sequentie (TG-rijk) aan de twee uiteinden van lineaire
chromosomen
➢ Gebonden aan verschillende eiwitten (Shelterin complex in een specifiek structuur (t-loop,
G-quadruplex))
➢ Functie: merken van chromosoomuiteinden als verschillend van DNA-breuken
 Centromeer
➢ Plaats waar twee zusterchromatiden, na verdubbeling, tijdens de mitose en meiose aan
elkaar blijven
➢ Sterk repetitieve sequentie
➢ Dirigeren de vorming van het kinetochoor (complex) nodig voor chromosoom segregatie
 Chromosoom segregatie
➢ Proces waarbij twee zusterchromatiden of gepaarde homologe chromosomen van elkaar
scheiden en naar tegenovergestelde polen van de nucleus migreren
➢ Tijdens mitose en meiose (anafase 1 & 2)
➢ Cohesine houdt zusterchromatiden samen tijdens replicatie (M fase)
 Cohesine
➢ Complex van eiwitten waaronder Smc1 en Smc3 die behoren tot de 'structural maintenance
of chromosome' (SMC)-familie (ATPase domein + dimerisatie domein)
➢ Vormen samen een 'ring' rond zusterchromatiden (bij replicatie) of delen van eenzelfde
chromosoom (bij DNA loop extrusions die zorgen voor chromatine compactering)
➢ Kan geopend worden door een protease
➢ Ook rol voor analoge complexen gekend als condensine
 Chromatine compactering
➢ M fase: gecondenseerd, chromosomen zijn volledig van elkaar ontwonden
➢ G1, S1, G2 fases (=interfase): diffuus, significant minder compact




5

, Het nucleosoom
 Samengesteld uit een kern van 8 histon eiwitten met daarrond
gewonden DNA (core DNA, 147bp).
 Het DNA tussen elk nucleosoom =linker DNA
 Resulteert in 6-voudige DNA compactering = 10nm vezel

Histonen
 Kleine en positief geladen (veel +AZ: Lys/Arg)
 “Core” histonen
➢ H2A, H2B & H3, H4
➢ Hebben zelfde structureel domein = histon-fold domein
▪ (3 alfa-helices gescheiden door 2 lussen)
➢ N-terminale staarten (die veel AZ modificaties dragen en dus
belangrijk zijn in epigenetica) steken op specifieke plaatsen
uit de kern van het nucleosoom en stabiliseren DNA
opwinding rond een histon octameer

 “Linker” histon, H1
➢ Bindt aan linker DNA en induceert sterkere DNA opwinding
rond het nucleosoom
▪ Dit in combinatie met de N-terminale (core) staarten
zorgen voor een een 40-voudige compactering= 30nm
vezel
▪ Is echter nog onvoldoende om in celkern te krijgen
▪ Hiervoor zijn nog andere eiwitachtige structuren
(nucleaire scaffold) nodig die lussen van 40-90kb maken.




 Geordende assemblage (zie rechter figuur)

 Varianten
➢ Hebben één of meerdere verschillende AZ
➢ Vervangt één type histon (-> alternatieve nucleosomen/histonen)
➢ CENPA
▪ Vervangt H3
▪ Interactie met kinetochoor eiwitten door langere N-terminale staart
▪ Draagt bij tot de mitotische spindle vorming en segregatie




➢H2AX
▪ Vervangt H2A en komt redelijk vaak voor (2-25%)
▪ Wordt gefosforyleerd indien gelegen naast dubbelstrengige DNA-breuk
▪ Gefosforyleerd H2AX wordt herkend door DNA repair enzymen
 Nucleosoom onafhankelijke functies van histonen? Cu reductase



6

The benefits of buying summaries with Stuvia:

Guaranteed quality through customer reviews

Guaranteed quality through customer reviews

Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.

Quick and easy check-out

Quick and easy check-out

You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.

Focus on what matters

Focus on what matters

Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!

Frequently asked questions

What do I get when I buy this document?

You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.

Satisfaction guarantee: how does it work?

Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.

Who am I buying these notes from?

Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller He1senberg. Stuvia facilitates payment to the seller.

Will I be stuck with a subscription?

No, you only buy these notes for $8.64. You're not tied to anything after your purchase.

Can Stuvia be trusted?

4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)

73918 documents were sold in the last 30 days

Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now

Start selling
$8.64  1x  sold
  • (0)
  Add to cart