Biomedische Informatie En Informatieverwerking (D013517A)
Summary
Samenvatting Biomedische informatie en informatieverwerking
30 views 0 purchase
Course
Biomedische Informatie En Informatieverwerking (D013517A)
Institution
Universiteit Gent (UGent)
Een samenvatting van alle lessen en hoofdstukken van het vak biomedische informatie en informatieverwerking van de richting Biomedische wetenschappen. De samenvatting bevat alle info van de powerpoint + eigen notities en voorbeelden van uit de les.
5. Wat beïnvloedt wetenschap?________________________________________________________________________________ 6
Hoofdstuk 2: Inleiding tot het onderzoek 9
1. Wetenschappelijke benadering door de eeuwen heen____________________________________________________________ 9
3. Kennisverwerving via empirisch onderzoek_____________________________________________________________________ 11
Hoofdstuk 3 : Onderzoeken en publiceren 18
1. Moderne bio(medische) wetenschappen_______________________________________________________________________ 18
2. Reduc onisme en systeembiologie in BMW ____________________________________________________________________ 18
3. Betekenis voor pa ënt_____________________________________________________________________________________ 19
4. Kennis doorgeven en organiseren ____________________________________________________________________________ 19
5. Van biomedisch wetenschappelijk onderzoek naar publica e_______________________________________________________ 20
6. Van experimenten tot A1-publica e___________________________________________________________________________ 20
Hoofdstuk 4: Wetenschappelijke integriteit 23
1. De ni e wetenschappelijke integriteit : FWO (fonds voor wetenschappelijk onderzoek)_________________________________ 23
2. Wetenschappelijke fraude of wangedrag_______________________________________________________________________ 23
3. Scien c fraud ( wetenschappelijke fraude)_____________________________________________________________________ 25
4. Research misconduct meta-analyses__________________________________________________________________________ 25
5. Retrac on index__________________________________________________________________________________________ 26
2. Shannon’s informa e theorie_____________________________________________________________________________ 34
Hoofdstuk 6 : Publieke databanken in de levenswetenschappen 36
1. Doorzoekbaar en vindbaar__________________________________________________________________________________ 36
3. Transla onele onderzoeksprocessen (aangeduid met T)___________________________________________________________ 47
4. Interleukin-5 als therapeu sch target voor behandeling van astma__________________________________________________ 49
5. Tips and tricks voor succesvolle transla e___________________________________________________________________ 51
Hoofdstuk 9 : open science (= manier van wetenschap van de toekomst) 53
1. Wat is open science________________________________________________________________________________________ 53
2. Wetenschap is nog al jd niet open____________________________________________________________________________ 55
3. Open access______________________________________________________________________________________________ 56
4. Research data-management (RDM)___________________________________________________________________________ 58
Hoofdstuk 10 : Paswoorden en beveiliging 59
1. Digitale wereld en internet__________________________________________________________________________________ 59
1. Wat is wetenschap______________________________________________________________________________________
Wetenschap = een systema sch gebeuren waarbij er kennis wordt opgebouwd en georganiseerd onder de vorm van testbare
verklaringen en voorspellingen
/-> louter kennis opbouwen is geen wetenschap
/-> afgeleid van Scien a (Lat.) : kennis
/-> voorspellingen leiden tot nieuwe testbare verklaringen => al jd nieuwe zaken ontdekken
Kennis opbouwen via wetenschappelijke methode(s) in BMW
- Testbare hypothese
- Gecontroleerde experimenten (niet gecontroleerd als bv iemand ooievaars in Planckendael telt voor onderzoek)
- Wetenschappelijke communica e => maakt deel uit van doorgeven van kennis
Kennis kan georganiseerd worden op verschillende manier (organiseren zodat anderen de data konden gebruiken)
- tabellen, databanken, wetenschappelijke literatuur
- bv. Tabel van Mendeleev (1869), classifac e en nomenclatuur van organismen (Linneaus 1735), classi ca e van enzymen
(IUBMB 1961), chemische sto en (Merck Index 1889, PubChem 2004), Pubmed, annota e van genen in het menselijk
genoom, kankerdata in cBioportal…
- Soms niet duidelijk => theorieën die minder goed georganiseerd zijn zoals evolu eleer
Evolu onair gezien
Darwin evolu etheorie ontwikkeld zonder kennis van bestaan van genen en eiwi en (aka : moleculen)
/=> voornaamste onderzoeksmethoden = verzamelen gegevens, waarnemen, interpreteren en kennis rapporteren
/-> nog niet tegengesproken door andere moleculaire experimenten (nog al jd van toepassing)
=> mens draagt genen van eukaryoten , meercelligen, dieren, zoogdieren, hominidea, prokaryote
=> evolu e denkt in termen van genera es, bepaalde mens speci eke genen zijn later ontstaan door evolu e
Evolu onair gezien : mens is een zoogdier -> maar recent dominant aanwezig -> veroorzaken klimaatproblemen (grote impact op
zijn omgeving) -> invloed op onderzoek
/-> oude systemen nodig voor overleving zijn nog steeds aanwezig => vergemakkelijkt onderzoek, gebruik modellen
/=> bv. Metabolisme, DNA-verdubbeling, gekoppeld aan celdeling, vertaling, overschrijving
- communica e tussen cellen is jonger (meer-celligen)
- Sociaal gedrag (bv zoogdieren) is oud en ouder dan ontstaan van de mens (deels gene sch bepaald, deels aangeleerd)
- Evolu ef gezien Periode van 300 000 vC tot 1900 nC meer bepalend voor mens dan laatste 100 jaar (ondanks 20 jaar sociale
media)
Meerdere wetenschappen
- natuurwetenschappen ( wiskunde, fysica, scheikunde, biologie, geogra e, geologie ..)
/-> streven naar exactheid door wetenschappelijke methode te volgen, maar enkel wiskunde is exact, fysica 99%,
scheikunde 95%
- cultuurwetenschappen (sociologie, psychologie, criminologie, taalwetenschappen, geschiedenis,…)
/=> moeilijker want individuen verschillen van gedrag, denken, sociaal aspect, taal, interesses,..
=> wel raakvlakken tussen verschillende wetenschappen, analoge
Wetenschap Onderzoeksobject of -middel
onderwerpen komen in beide voor
/-> zelfs cross-over en meer en meer cross fer lisa e/ Archeologie Bestuderen van oude nederze ng*
kruisbestuiving
/-> * bv gebruikt paleologie = onderzoek van Biologie Bestuderen van fossielen, gedrag van roedel wolven
plantenpollen (uit biologie). Pollen bewaren lang sociologie Gedrag van de familie odder => gebruikt sta s ek
met ongewijzigde structuur en kunnen dus info
geven over voeding van vroeger Wiskunde Ontwikkelt sta s ek
Gerekend tot de natuurwetenschappen (ß) = steunt zwaar op scheikunde, fysica, biologie en gebruikt wiskundige methodes
Maar grote raakvlakken met psychologie, sociologie, criminologie, economie (patenten, octrooien) uit de sociale wetenschappen γ’
/-> we focussen ook nog eens op de mens, een extra raakvlak
Dikwijls gemengde situa es en kruisbestuiving => wetenschappen beïnvloeden elkaar
3
ti titi titi ti fl ti ti ffttiti titi titi ti ti fi fi ti titt ti ti fi ti ti
, Bv. Een kwan ta eve moleculaire techniek PCR (moleculaire biologie)
die in het fundamenteel onderzoek (metrologie) ontwikkeld werd,
wordt op een gestandaardiseerde manier/me ng (metrologie) gebruikt
om in een pa ëntpopula es (sta s ek) een klinische waarneming te
doen in een grootschalige vergelijking (sta s ek)
/=> fundamenteel onderzoek is omgezet naar klinische
waarneming
3. Impact van wetenschap____________________________________________________________________________________
=> bijzonder groot: start voor de industriële revolu e maar daar is wel het grote verschil gebeurd
Motor van industriële (r)evolu e: stoommachine van Wa , gloeilamp, te on,…
/-> op e ciënte manier energie produceren => zorgde ervoor dat we meer konden doen en er meer werd uitgevonden,
daarna:
- (maar soms met grote verandering cfr Leibniz 1703 binair tellen en de digitale evolu e start circa 1950)
- Motor van de geneeskunde: pasteuriseren, we en van Mendel op erwt, an bio ca, vaccins, evidence based medicine,…
- Digitale revolu e: we communiceren anders dan 20 jaar geleden
Weinig wetenschappelijke ontwikkelingen zijn onmiddellijk commercialiseerbaar en niet alle wetenschappelijke ontdekkingen zijn
goed
/-> bv zenuwgassen onderzoek: merkten dat er iets niet goed was, ze en onderzoek stop (maar in Japan aanslagen mee gebeurd)
Interna onale context van biomedische wetenschappen
Iedereen gebruikt dezelfde wetenschappelijke methode gebaseerd op empirisme (Westers) en wiskunde (Hellenis sch/Arabisch)
=> Maar noden zijn verschillend => interna onale noden zijn zeer lokaal verschillend
- tropische ziekten: Ebola (Afrika) versus COVID (wereldwijd)
/-> Ebola is een even groot probleem als covid, maar er is nooit een reac e geweest van de farmaceu sche kant, terwijl
Ebola al veel ouder is
- Prevalen e van overer are ziekten
/-> Nemaline myopathy: inciden e 1/50 000 => 1/5000 Amish popula e
/-> Tay-Sacchs disease: inciden e US 1/320 000, 1/3500 Ashkenazi, joodse gemeenschap
l-> er zit een commerciële factor in en hangt af van de aanwezigheid van de ziekte, in grote gemeenschappen komt het minder voor
dan in een kleine, maar is het dan minder nodig?
=> omgevingsvariabelen kunnen sterk verschillen (lokale context kan ingevend zijn)
/-> bv. Benelux laatste gerapporteerde dodelijke adderbeet in 1946 maar in India: dood door slangenbeten geschat op
35 000 - 50 000 per jaar
Rela e maatschappij en wetenschap
De wetenschap beïnvloedt de maatschappij en omgekeerd op basis van noden
- onderzoek moet rekening houden met wat in de maatschappij lee
- botsen op grenzen => morele en ethische grenzen
Commercieel => we leven kapitalis sch systeem => gebaseerd op handel van producten ( vraag en aanbod )
- als er geen vraag is voor een ziekte op te lossen lokaal bij de farmaceu sche bedrijven gaat het niet opgelost worden
/-> bv discussie rond opschorten van de patenten omtrent COVID19 vaccins
- zeer meebepalend
Heel snel een vaccin om de markt (covid) => er zat veel geld achter, regeringen hebben de farmaceu sche bedrijven extreem
gesponsord
/-> ging over de lokale bevolking van de Westers cultuur, als er geld tegenaan wordt gegooid gaat het snel
GGO’s (beleid GG-planten, US versus EU is verschillend)
- In Europa gebruiken om voedselinkomen te verhogen is bij ons verboden, maar in US wordt het wel gebruikt => lokale
verschillen
- Klonen voor therapeu sch gebruik = embryo’s manipuleren en ontwikkelen zodanig dat er een gezond kind uit ontstaat
/=> mogelijk op dit moment, maar is verboden op dit moment => toegelaten ooit? Open deur maken voor designer
baby’s
4
ti titi ti ti tiffi tifb ti
ti ti ti ti titi tititt ti tt ft titt fl ti ti ti ti ti ti ti
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller amlievanwijk. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $24.70. You're not tied to anything after your purchase.
