Summary
Samenvatting Microbiologie 2
- Course
- Institution
Samenvatting van theorie microbiologie, 2de jaar professionele bachelor biochemie.
[Show more]
Seller
Follow
wesleyl1
Content preview
Microbiologie1 Inleiding
Koolstofbron:
Heterotroof: = organisch materiaal
Autotroof: = CO2
Energiebron:
Fototroof: licht
Chemotroof: chemische reactie me name dan een oxidatie
reactie
Electronenbron:
Organotroof: organische moleculen
Lithotroof: anorganische moleculen
1.1 Metabolisme: fotosynthese
Klassieke fotosynthese: reactie : 6CO2 + 6 H2O => 6O2 +
C6H12O6
o Vb: eukaryoten en cyanobacterien
o oxygene fotosynthese
o Chlorofyl a en b: belangrijkste licht absorberende
pigmenten
Anaerobe fotosynthese
o Geen h2o
o Geen productie van O2
o anoxygene fotosynthese
o Bacteriofyl (verschilt in golflengte van het licht dat hij
opneemt)
o Slechts 1 fotosysteem dus cyclische fotosynthese
o Andere pigmenten en mechanismen om reducerend
vermogen op te bouwen
o Fototrope groene en purpere bacterien en heliobacterien
Rhodopsine gebaseerd
o Brengt zelf zijn losgekomen elektronen ipv over te geven aan
nadp
o Bij archea
o Geen chlorofyl
o Wel speciaal membraaneiwit: bacteriorhodopsine (protonenpomp)
o Bv: halobacterium salinarum
Fotosysteem 1: p700
Fotosysteem 2: p680 absorptie kortere golflengtes
Opbouwend reducerend vermogen
Mbv hydrogenase: oxidatie H2 vorming NADPH
1
, Reverse electron flow: electronen uit ETS(kost energie); andere donoren vervangen
electronen
Componenten uit hun ETS heeft een negatievere E0-waarde dan van NADP => spontane flow
electronen. Gebeurt spontaan, moeten er geen energie in steken. Electronen moeten wel
vervangen worden door iets anders te oxideren.
o Bv: groene fototrofe bactereien en heliobacterien
2 Taxonomie
2.1 Prokaryotische classificatie en taxonomie
Small subunit ribosomal RNAs (SSU rRNAs) drie domeinen:
Archaea: prokaryoten
Bacteria: prokaryoten
Eucarya eukaryoten
Ranking:
Domein
Phylumclass
Orde
Famillie
Genus
Species
Procaryote species:
o verzameling van stammen die veel gemeenschappelijke stabiele eigenschappen
hebben en die duidelijk verschillen van andere stammen.
o Verzameling organismen die dezelfde sequentie hebben in de belangrijkste genen
(‘=housekeeping genes’)
Stam:
o Identieke bacterien die afkomstig zijn van dezelfde kolonie van een reincultuur
o Kunnen verschillen:
Biovars: lichtjes biologisch anders.
Morfovars: stammen die varieren qua morfologie, kunnen er iets anders
uitzien
2
, Serovars: stammen die van elkaar verschillen op serologisch niveau (een
specifiek subtype van een micro organisme of cel, ingedeeld op bsis van de
specifieke antigenen aanwezig op het celmembraan)
Type stam:
Meestal de eerste stam die bestudeerd is van een species
Volledig gekarakteriseerd
Bacterie kan soms lichtjes evolueren en kan daardoor verschillen van “de boekjes”
Binomiaal systeem voor naamgeving
Elk organisme heeft 2 namen:
Genus naam (met hoofdletter en mag afgekort worden tot eerste letter.) Escherichia
Species naam (zonder hoofdletter) coli
E. coli
Technieken in de taxonomie
Klassieke eigenschappen:
o Morfologie: uiterlijk, hoe: grammkleuring en microscopisch onderzoek (vorm,
grootte, kolonievorming, kleur,…)
o Fysiologie: wat heeft ze nodig?
o Biochemie: wat kan ze doen?
o Ecologie: waar komt ze vandaan? (habitat preference, growth requirement,
symbiotische relatie, levenscyclus patroon.)
o Genetica: met verwante soort dna uitwisselen of niet?
3 manieren waarop bacterien DNA kunnen uitwisselen:
Transformatie (in staat DNA fragmenten op te nemen van dode
bacterien)
Conjugatie (fysiek contact met conjugatie buis en f factor wordt
doorgegeven)
Transductie (met tussenkomst van virussen)
Moleculair onderzoek
Zeer belangrijk
Grote en nauwkeurige bron van informatie
Goed zicht op de evolutie
Moleculaire technieken
Samenstelling van NZ
Hybridisatie van NZ
NZ sequencing
2.2 G+C gehalte
4 nucleotiden in DNA = guanine, adenine, thymine en cytosine
Verschil tussen GC(3 H-bruggen) en AT(2 H-bruggen), altijd waterstofbrug tussen de 2
Denatureren van DNA: dsDNA to ssDNA
3
, Door te verwarmen
Basensamenstelling van NZ
DNA wordt verwarmd, hoe meer G+C bindingen er zijn, hoe meer H-bruggen er verbroken moeten
worden, hoe langer het duurt voor ze enkelstrenging worden.
Smelttemperatuur ™ temperatuur waarbij de helft van het dsDNA enkelstrenging geworden is. Te
bepalen met een spectrofotometer bij 260 nm
2.3 NZ hybridisatie
Maat voor homologie in sequentie tussen 2 bacterien
Procedure:
o Binden van ssDNA van bacterie 1 op een nitrocellulose filter
o Incubatie filter met gelabeld(fluoriscent) ssDNA van bacterie 2
o => hybridisatie (complementair ssDNA zal binden)
o => afspoelen niet gebonden DNA
o Meting hoeveelheid gelabeld DNA op filter
o => hoe meer, hoe verwanter
(2 ssDNAs samenbrengen, complementaire stukken zoeken elkaar op en binden. Hoe meer dna op
filter, hoe verwanter)
2.4 Sequencing
Zeer nauwkeurige en directe techniek
Sequences van 16S en 18S RNA (SSU rRNAs)
Sanger sequencing of keten-terminatie-methode
DNA dat je wil sequence:
Enkelstrenging maken
Pcr op uitvoeren, (primer, DNA polymerase, nucleotide nodig) + ddNTP’s dideoxyNTP
Gaat ss ds maken
Ipv dNTP, ddNTP hierdoor stopt keten omdat er geen volgend nucleotide meer kan worden
ingebouwd
Fase 2:
Scheiding met SEC, laser detecteert welk deeltje er
langs de detector loopt.
Fase 3:
Elke piek vertegenwoordigt een nucleotide en zo kan
men de volgorde bepalen
Vergelijkende analyse van 16S rRNA
Oligonucleotide signature sequences
o Korte geconserveerde sequenties die specifiek zijn voor een bepaalde groep organismen
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller wesleyl1. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.05. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
67232 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now