Other
Module II A, B, C
- Course
- Institution
Ingevuld verslag van module II deel A (1-3), B en C
[Show more]
Seller
Follow
caramestdag
Reviews received
Content preview
Name and Surname: Mestdag CaraGroup: 1Cc
II. Methods and techniques in molecular biology
II.A. Genotyping of wild type and obese mice
II.A. Step 1: PCR
Datum: 13/03/23
Veiligheidsinformatie
Reagentia H-zinnen P-zinnen Belangrijkste E-classificatie Afvalcategorie
gevaren/voorzorgen
DreamTaq / / / / Biologisch
DNA afval
polymerase
(5 U µL-1)
DNA stalen / / / / Biologisch
afval
Alle andere reagentia die worden gebruikt in dit hoofdstuk zijn niet gevaarlijk of worden in dergelijk
lage concentraties of volumes gebruikt en worden als dusdanig niet als gevaarlijk beschouwd.
Wegens mogelijk contaminatie met DNA wordt al het afval tijdens dit practicum verzameld in het
biologisch afval.
Samenvatting: Er wordt altijd een labojas en veiligheidsbril gedragen in het laboratorium.
Procedure
Voor de procedure wordt verwezen naar de handleiding pagina 22 en 23. Ter verduidelijking: de
mastermix wordt gemaakt voor twee stalen dus we hebben driemaal de volumes uit de handleiding
nodig. Tijdens het uitvoeren worden wel alle producten zoveel mogelijk op het ijs gehouden.
Er werden ook short spins uitgevoerd om druppels te laten zakken in onze epjes.
Berekeningen en waarnemingen
In Tabel 1: Inhoud mastermix staan de hoeveelheden die samen de mastermix vormen.
Tabel 1: Inhoud mastermix
Reagens Hoeveelheid (µL)
Milli-Q water 38,25
10 x DreamTaq PCR-buffer 6
dNTP mix 6
OB-FW (primer) 1,5
OB-REV (primer) 1,5
DreamTaq DNA polymerase 0,75
1
,Name and Surname: Mestdag Cara
Group: 1Cc
Taken en vragen
1. Discuss our choice of PCR primers (OB-FW and OB-REV). Did we follow the general guidelines?
Argument. Provide the output of the primer software!
In Tabel 1: Overzicht belangrijkste analytische resultaten primers worden alle belangrijke
gegevens van de primers weergegeven. Deze gegevens werden bekomen uit een paar
analytische resultaten, die terug te vinden zijn in Tabel 2: analytische resultaten primers. We
gaan nu de meest belangrijke eigenschappen, genoemd op pagina 20 en 21 in de handleiding,
nagaan. Het nucleotiden aantal van beide primers ligt tussen de 15 tot 30 nucleotiden. Beide
smelttemperaturen liggen boven de 58°C. Een te hoge smelttemperatuur zorgt voor een lager
aantal in PCR-producten. De GC-content ligt voor beide primers hoger dan 40%. Er kunnen bij
beiden primers secundaire structuren voorkomen, zoals self dimers, cross dimers en hairpins.
Bij OB-FW is ∆G positief en zullen er geen hairpins spontaan ontstaan. Bij OB-REV is de vorming
van hairpins echter wel spontaan wegens de positieve ∆G. Op dit vlak is OB-FW dus een betere
primer dan OB-REV. Beide primers kunnen self-dimers vormen. Deze reacties kennen allemaal
een negatieve ∆G. Het is echter pas een probleem wanneer deze ∆G’s van de vormingsreacties
kleiner zijn dan 10% van ∆Gmax . Voor OB-FW werd er één reactie gevonden met (∆G = -7,06
kcal / mol) > (10% ∆Gmax = -4,096 kcal / mol). Voor OB-REV zijn er twee reacties: [(∆G = -6,24
kcal / mol) en (∆G = -6,31 kcal / mol)] > (10% ∆Gmax = -3,917 kcal / mol). De reacties werden
voor de duidelijkheid aangeduid met een rode kader in Tabel 2: analytische resultaten primers.
Beide primers hebben dus een risico op het spontaan vormen van self-dimers.
Kortom kan de OB-FW primer werken, maar heeft een hoge Tm. Anderzijds is OB-REV minder
efficiënt door zijn mogelijkheid om ook hairpins te vormen. OB-REV zal minder snel gaan
binden aan de template streng. Beide primers hebben ze een hoog risico op het spontaan
vormen van self-dimers.
Tabel 2: Overzicht belangrijkste analytische resultaten primers
Kenmerken OB-FW OB-REV
Aantal nucleotiden 23 20
(Richtlijn: 15-30)
Tm (Richtlijn: 52-58°C) 68,9°C 73,5°C
GC-content (Richtlijn: > 40%) 43,4% 55%
Secundaire structuren Hairpins: Tm <17°C met Hairpins: 31°C <Tm <44°C
beperken ∆G>0 met ∆G<0
Cross homologie: vermijden Self-dimers: ∆G<0; ∆Gmax= - Self-dimers: ∆G<0; ∆Gmax = -
40,96 kcal/mol 39,17 kcal/mol>0
2
, Name and Surname: Mestdag Cara
Group: 1Cc
Tabel 3: analytische resultaten primers
OB-FW OB-REV
Hairpins Hairpins
Self-dimers Self-dimers
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller caramestdag. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $4.35. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
75323 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now