Samenvatting van het vak Genoom (BMW21614) van Biomedische Wetenschappen. Bevat de volgende onderwerpen: PCR, restrictie-enzymen, DNA-gelelectroforese, genomische banken en cDNA banken, overexpressie, fusie-eiwitten, reporter-genen, Sanger sequencing, Next Generation Sequencing, DNA-klonering, plaa...
DNA-technieken
Onderzoek
o PCR
o Restrictie-enzymen
o DNA-gelelectroforese
o Genomische banken en cDNA banken
o Overexpressie
o Fusie-eiwitten
o Reporter-genen
o Sanger sequencing
o Next Generation Sequencing
Manipulatie
o Restrictie-enzymen
o DNA-klonering
o Plaatsgerichte mutagenese
o Overexpressie
o RNA-interferentie (shRNA’s)
o CRISPR/Cas9 gene editing
Manipulatie/onderzoekstechnieken
RNA-interferentie
Plasmides, kloneren, kloneringsvectoren, expressievectoren, cDNA-banken, genomische banken
Fusie-eiwitten
Reporter-genen (GFP)
Inductie van bèta-galactosidase, spectrofotometer
SDS-PAGE en Western Blot
GST-pull down
Co-IP
ChIP
CRISPR/Cas9 gene editing
(In-situ) hybridisatie
Doel: lokalisatie RNA of DNA
Methode:
o Inbrengen korte stukjes fluorescerend DNA of RNA
o DNA: uitsmelten
o Hybridisatie op specifieke sequentie
PCR
Doel: DNA selecteren en vermeerderen voor onderzoek
Methode: thermocycling
o Denaturatie: dubbelstrengs enkelstrengs
o Annealing: baseparing primers
, o Elongation: enkelstrengs dubbelstrengs
Benodigdheden:
o DNA-fragment dat je wil vermeerderen
o Forward en reverse primer (die aan 3’ kant van fragment binden op beide strengen)
o DNA-polymerase
o dNTP’s
o Buffer
o Water
Voorwaarden primers:
o Complementair aan beide kanten gen
o Niet complementair aan elkaar
o Geen interne baseparing
o 15-30 baseparen lang
o Zo veel mogelijk uit G en C
RT-PCR
Doel: RNA selecteren, vermeerderen en vergelijken
RNA te instabiel als fragment in PCR RT-PCR
Methode: maken van cDNA
o Isoleren (m)RNA
o (m)RNA RNA/DNA met reverse transcriptase en poly-T-primer (bindt poly-A-staart)
o RNA/DNA DNA/DNA met RNA degradatie en DNA-polymerase (RNA als primer)
Welke cDNA’s dit oplevert is afhankelijk van de aanwezige RNA’s in het sample zaten
Kwantitatieve RT-PCR
o Twee cDNA’s worden vermeerderd met PCR
o Toevoegen eiwit dat fluoresceert als het dubbelstrengs DNA bindt
o Hoe meer DNA hoe meer fluorescentie
o Aantal cycli nodig om maximale fluorescentie te berijken: mate voor hoeveelheid mRNA
in sample
Plaats-specifieke mutagenese
Doel: specifieke mutatie aanbrengen
Methode:
o PCR met gemuteerde primer
o Primer bindt specifieke sequentie mutatie
o Replicatie
o Verwijderen bacterieel (gemethyleerd) DNA met DNP1
Restrictie-enzymen
Herkennen palindromische sequentie in DNA
o Sticky ends: 3’ of 5’ overhang
5’ overhang kan blunt gemaakt worden
3’ overhang niet
o Blunt ends: geen overhang
Doelen:
o Inbrengen gen in expressievector
o Sequentie-onderzoek: knipt enzym wel of niet
Methode: inbrengen gen in expressievector
o Restrictie-enzymen: knip gen uit insert vector
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller biomedstudent1. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $5.88. You're not tied to anything after your purchase.
