Summary
Samenvatting onderdeel transcriptomics en sequencing moleculaire detectie 2
- Course
- Institution
Samenvatting van moleculaire detectie met het onderdeel transcripomics en sequencing
[Show more]
Seller
Follow
ahofstra00
Content preview
SAMENVATTING ONDERDEEL SEQUENCING EN TRANSCRIPTOMICS1. Principe van Sanger en NGS sequencing
technieken
Sequencing kan gebruikt worden in:
Genoom
o De complete genetische samenstelling van een organisme, cel of virus
Transcriptoom
o Alle RNA moleculen in een cel of populatie cellen
Het duurt ongeveer 13 jaar om het gehele menselijke genoom te sequencen met een automated
Sanger sequencer
1.1 Sanger sequencing
Eerste generatie sequencing (Sanger)
Ontwikkeld in 1977 door Frederick Sanger
Er is een (klein) stukje puur klonaal DNA voor nodig
Je kan maar 1 clone per reactie sequencen
Read lengte ~500-1000 bp
Vroeger: tijdrovend en arbeidsintensief
Waarom is de maximale lengte van een Sanger read ~1000 bp
o Grotere fragmenten zijn op een polyacrylamide gel niet goed te scheiden.
o De amplitude van het signaal neemt af vanwege het afnemende aantal moleculen
van langere lengte
Shotgun sequencing:
Sequensen van random stukken DNA waarbij er uit overlap een consensussequentie wordt
bepaald
Twee types:
o Hierarchical shotgun sequencing
Genoom eerst in grote stukken
o Whole genome shotgun sequencing
Genoom gelijk in kleinere stukken
Het voornaamste verschil tussen de 2 strategieën is vooral een verschil in benodigde
computerkracht
Basen identificeren, hoe zat dat bij Sanger?:
Eindpunt polymerisatiereactie
Reactie gestopt op alle basenposities door dideoxynucleotiden
Basen worden geïdentificeerd d.m.v. elektroforese
1.2 Next generation sequencing
De basisprincipes van Next generation sequencing:
Sanger: één fragment tegelijk per reactie
NGS: een groot complex mengsel van random fragmenten per reactie
1
, Truc #1: ruimtelijke scheiding:
Het scheiden van DNA fragmenten door verankering.
Voorbeeld 1:
o Clonal Bridge Amplification (Illumina)
o Wat gebeurt er met het originele template in clonal bridge amplification?
Het wordt na de eerste amplificatie weggewassen
Voorbeeld 2: emulsion PCR (o.a. Ion Torrent)
o
Truc #2: real-time sequencing:
Sequncing by synthesis (SBS) real time sequencing
Identificeer de basen op het moment dat ze worden geïncorporeerd door de polymerase
o Oftewel je krijgt elke stap informatie over je base
Toegepast om te identificeren bij NGS
Kan gebruikt worden in:
Genomics:
o Opsporen van mutaties (Variantanalyse)
o Sequencing van nieuwe genomen (de novo sequencing)
o Identificatie van organismen in een bepaalde biotoop (Metagenomics)
o Identificeren van mensen en verwantschap (DNA profiling)
Transcriptomics:
o Expressieanalyse (RNA-seq)
o Expressie regulatie analyse (Small RNA-seq/non-coding RNA sequencing)
o Opsporen van ziekten (exRNA-seq)
1.3 NGS dataverwerking
NGS Dataverwerking:
1. Re-sequencing
Doe een alignment van alle sequenties tegen een bekend referentiegenoom
2. De novo assembly
Gebruik de overlap tussen de fragmenten om een nieuwe consensus sequentie te
assembleren
Overzicht dataverwerking:
1) Re-sequencing
+ snelheid
+ kleine verschillen worden makkelijk opgepikt
- je hebt een bestaande referentie nodig
- reads die niet mappen worden niet gebruikt (je mist dus nieuwe informatie)
2
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller ahofstra00. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.25. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
64438 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now