100% satisfaction guarantee Immediately available after payment Both online and in PDF No strings attached
logo-home
Hoofdstuk 7 $9.09
Add to cart

Class notes

Hoofdstuk 7

 1 purchase
  • Course
  • Institution

Dit zijn mijn college aantekeningen, heel handig om zelf een samenvatting van te maken!

Preview 1 out of 8  pages

  • June 26, 2023
  • 8
  • 2022/2023
  • Class notes
  • Ronny decorte
  • College 7
avatar-seller
Les 7
mtDNA analyse
In het mtDNA zien we hypervariabele regio’s, dit zijn de
stukken van het mtDNA met de meeste variatie. We
gebruiken dan ook twee primers om deze regio’s te
amplificeren. Ook zien we in deze hypervariabele regio’s
soms een poly-C regio voorkomen (veel C’s achter elkaar).
Echter, wanneer deze worden onderbroken door een T
(en die weer terug muteert naar een C), kan dit mogelijks
tot problemen leiden voor de sequentie analyse. Bij de
sequentie analyse gaan we natuurlijk kijken wat precies de
sequentie is? Wat zijn de verschillen ten opzichte van de
controle sequentie?

Problemen van de sequentie analyse bij een poly-C
We zien in deze sequentie analyse dat we de sequentie links
van de poly-C goed kunnen aflezen. Maar, wanneer we meer naar rechts gaan, zullen er problemen
ontstaan. Wanneer de poly-C sequentie wordt onderbroken door een T, kunnen we juist een goede
sequentie aflezen. Maar, wanneer deze T terug muteert naar een C, dan gaan we geen sequentie
meer kunnen aflezen. De oorzaak is, dat het DNA-polymerase problemen heeft om het juiste aantal
nucleotiden in te bouwen. Dit resulteert in inserties of in deleties. Het gevolg is dan dat de PCR-
producten uit een mengsel van sequenties bestaan met verschillende lengtes aan poly-nucleotiden
(bijvoorbeeld C7, C8, C9, etc.). Dit noemen we ook wel lengte heteroplasmie. Met andere woorden:
Het polymerase weet even niet meer hoeveel C’s hij moet inbouwen en raakt in de war. Zo ontstaat
er een mengsel van verschillende lengtes,
doordat er een verschillend aantal C’s worden
ingebouwd. Als oplossing gaan we dan een
tweede sequentie primer gebruiken: We kiezen
een sequentie complementair aan het uiteinde
van de poly-C en vanaf hier kunnen we dan de
sequentie gaan bepalen naar de poly-C toe. Naast de forward streng, wordt er ook de reverse streng
geanalyseerd, deze moeten natuurlijk dezelfde (omgekeerde) sequentie geven! We gebruiken twee
keer deze primers op dezelfde plaats, deze moeten dan natuurlijk ook dezelfde sequentie geven!
Echter, dit is een erg arbeidsintensieve methode. Met een beperkt aantal sporen is dit geen
probleem, maar bij veel sporen is dit niet te doen
(denk bijvoorbeeld aan een situatie met tientallen
verdachten). Hoe gaan we al deze sporen
analyseren op een zo kort mogelijke tijd?

Alternatieve analyse voor mtDNA – Array
Er wordt bij een array een strip gebruikt waar
verschillende oligonucleotiden op zitten. Deze
oligonucleotiden zullen een specifiek mtDNA
sequentie detecteren, dit noemen we een lineaire
array. We gebruiken in dit geval een gekend staal
(K) en een spoor (Q, question sample). In dit geval
zien we dat deze duidelijk verschillend zijn. Dus, we
hoeven nu niet op Sanger sequentie over te gaan. Dit is nu een snelle screening van veel biologische
sporen.

Alternatieve analyse voor mtDNA – Klassieke methode, ASO


Pagina 1 van 8

The benefits of buying summaries with Stuvia:

Guaranteed quality through customer reviews

Guaranteed quality through customer reviews

Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.

Quick and easy check-out

Quick and easy check-out

You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.

Focus on what matters

Focus on what matters

Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!

Frequently asked questions

What do I get when I buy this document?

You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.

Satisfaction guarantee: how does it work?

Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.

Who am I buying these notes from?

Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lisaankersmit. Stuvia facilitates payment to the seller.

Will I be stuck with a subscription?

No, you only buy these notes for $9.09. You're not tied to anything after your purchase.

Can Stuvia be trusted?

4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)

67418 documents were sold in the last 30 days

Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 15 years now

Start selling
$9.09  1x  sold
  • (0)
Add to cart
Added