Class notes
Hoofdstuk 5
- Course
- Institution
Dit zijn mijn college aantekeningen, heel handig om zelf een samenvatting van te maken!
[Show more]
Seller
Follow
lisaankersmit
Reviews received
Content preview
Les 5Samenvatting STR typering
Bij onze raw data wordt er in de
machine zelf al een beetje
gescheiden op de verschillende
kleuren. De interpretatie van onze
raw data zal vooral door de
software gebeuren. We maken
daarbij steeds gebruik van internal
size standards. Ook gebruiken we
filters om (1) vals positieve pieken
te vermijden; en (2) om PCR-
artefacten (bijvoorbeeld stutter
fragmenten) systematisch weg te filteren. We verkrijgen dan een piekenpatroon, ofwel het genotype.
Met dit genotype gaan we verder werken.
Data interpretatie
Wanneer er aanwezigheid is van DNA-degradatie, dan moet de mogelijkheid nagegaan worden of dat
we opnieuw een analyse kunnen gaan uitvoeren, bijvoorbeeld nu met mini STRs, hierdoor kunnen we
meer resultaten halen uit het DNA dat we wensen te analyseren. Bij extreme degradatie zullen we
SNP typering uitvoeren of we gaan kijken naar het mtDNA.
Mengprofielen – Samenvatting
Altijd moet er eerst gekeken worden naar hoeveel donoren er zijn. Zijn dit er meer dan 2, dan moet
er geen ratio bepaald worden. Dan gaan we kijken of het een onderscheidend mengprofiel is, kunnen
we een dominant genotype bepalen? Indien niet, dan moeten we alle mogelijke genotype
combinaties gaan bepalen. Wanneer we een niet-onderscheidend mengprofiel hebben bij meerdere
STRs, dan is het niet mogelijk om de genotype combinaties te bepalen. Als laatste moeten we de
ratio bepalen tussen het mineur genotype en het dominante genotype.
Wat zijn nu de meest gemaakte fouten bij het genotyperen van mengprofielen?
Twee hoogste pieken automatisch benoemen als het dominant genotype
Ratio mineur ten opzichte van dominant genotype: De deler (dominante genotype) kan niet
kleiner zijn dan de noemer (mineur genotype)
Piekhoogte van een gemeenschappelijk allel niet door twee delen. Bijvoorbeeld: (11,12) en
(12,13). Het is fout om de piekhoogte van 12 nu te delen door 2
Wanneer er meer dan één genotype combinatie is, kunnen we niet spreken van een
onderscheidend DNA profiel. Wanneer we twee verschillende combinaties hebben, moeten
we natuurlijk eerst gaan kijken naar de ratio en of deze ook past bij het gemiddelde. Als dat
zo is voor beide combinaties, dan hebben we het over een niet-onderscheidend DNA-profiel!
DNA interpretatie – Beschikbaar DNA
PCR is een gevoelige methode, waarbij typering van één cel mogelijk is. ook is er STR typering van
huidcontactsporen mogelijk (sinds 1997). We moeten het probleem kunnen vaststellen:
Weinig DNA beschikbaar (vaak bij microsporen het geval)
DNA-kwaliteit is laag (bij DNA-degradatie)
In beide gevallen hebben we ‘low-level’ DNA. Maar, hiervoor zijn er verschillende definities gekend:
Low copy number (LCN), waarbij de focus wordt gelegd op de techniek
Low template DNA (LT-DNA), waarbij de focus wordt gelegd op het input DNA of het DNA-
staal
Alternatief: DNA of low quality and quantity (DNALQQ), dus niet alleen de kwaliteit is
belangrijk, maar ook de kwantiteit!
Pagina 1 van 8
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lisaankersmit. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $9.01. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
72042 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now