Class notes
Hoofdstuk 4
- Course
- Institution
Dit zijn mijn college aantekeningen, heel handig om zelf een samenvatting van te maken!
[Show more]
Seller
Follow
lisaankersmit
Reviews received
Content preview
Les 4Proces van genotypering
In de vorige les hebben we gezien hoe we de DNA-fragmenten scheiden door capillaire elektroforese
en hoe we de verschillende fluorescente labels kunnen scheiden. Hoe gaan we nu het DNA-profiel
interpreteren als we deze resultaten hebben? In deze les gaan we kijken hoe we de lengte van elk
fragment kunnen bepalen; hoe we de fragmenten kunnen vergelijken met de allelische ladder; en
hoe we de allelen gaan benoemen. Hierna worden de resultaten ook nog geverifieerd door een
tweede persoon, zodat er geen fouten worden gemaakt en dat de geïnterpreteerde data ook correct
gaan zijn.
Analyse van de capillaire elektroforese data – Fragment analyse
De formamide oplossing moet een bepaalde kwaliteit hebben, zodat het DNA goed wordt opgezogen
in de capillairen door het aanleggen van een spanning. We hebben verschillende componenten nodig
voor de fragment analyse en de genotypering:
Elk staal die uit de capillaire elektroforese is
gekomen, bevat naast formamide en het PCR-
product ook een ‘Internal Lane Standard’
(ILS). Deze ILS is essentieel voor het bepalen
van de lengte van de PCR-fragmenten.
Wanneer we een andere fluorescent label zien
dan de te analyseren PCR-producten, hebben
we overlap met de andere PCR-fragmenten
De Internal Lane Standard (ILS) is een synthetische mix
van verschillende fragmenten van een gekende lengte.
Hiermee kunnen we een grafiek opstellen in functie
van de gekende lengte en de migratie in de capillair.
Voor de fragmenten in het staal kan men nu de lengte
van bepalen, dit wordt berekend door software.
Elke reeks van analyses bevat ten minste één staal die uit de capillaire elektroforese is
gekomen met, naast formamide en ILS, ook een ‘allelische’ ladder. Dit bevat de lengtes van
de meest belangrijke allelen en wordt dan ook wel de synthetische standaard genoemd
Een allelische ladder wordt ontwikkeld door een artificieel mengsel van verschillende frequent
voorkomende STR allelen. Hierin zit dezelfde primer set als die gebruikt wordt in de multiplex kit voor
de analyse van onbekende stalen. Ook is het exact aantal herhalingsmotieven gekend van elk
fragment (gekende STR allelen) via sequentie analyse, zo weten wij exact hoeveel
herhalingsmotieven aanwezig zijn in de ladder. Tijdens
het ontwikkelen van de ladder, wordt er ook een
populatie studie gebruikt, dit is essentieel om het
aantal frequente allelen te kennen. We nemen
honderden individuen en voeren een fragment analyse
uit met dezelfde primer set. Zo kunnen we zien welke
fragmenten we zien binnen die honderden personen.
Voor elk staal kunnen we zien hoeveel PCR-producten
er zijn geproduceerd. We nemen gelijke hoeveelheden
van deze individuele PCR-reacties en gaan hier
opnieuw de PCR voor uitvoeren met dezelfde primer
set. Nu krijgen we de allelische ladder. Dit is de werking voor één STR, dus dit moet vaak gebeuren
voor alle te onderzoeken STRs in een kit.
Proces van genotypering
Nu we de lengte hebben bepaald en de fragmenten hebben vergeleken met de allelische ladder, is de
volgende stap om de allelen uit ons PCR-staal te gaan benoemen.
Pagina 1 van 9
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lisaankersmit. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $10.56. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
52355 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now