GC content: 30-70%
Tm = 50-60°C
Geen P-P bindingen
Geen gebonden 3’-uiteinde = vrij: ongewoon dat polymerase bindt en verlengt.
△G > -5kDa = goed
Mutatie aan 5’ prime end: ver van 3’end geen duplex storingen.
GG: steek in primer BsaI-site
= volledige controle over die site want bevindt zich in de primer.
= volledige controle over overhangs
-> klonen.
DNA assemblage: space = complementair -> binden -> assembleer DNA.
- ≠ nulecotiden = ≠ overhang : controle.
- Controle over overhangs -> controle over assembleren van DNA.
(overhangs = programmeerbaar: gepland dan kan je het klonen).
, F Q
Taq = 5’ -> 3’ exonuclease
- Primers zijn niet vertekend (bias)
- GC content
- Tm (lengte primer)
- Probe-primer interacties
- Probe positie moet tussen de 2 primers zijn
- △G
- Specifieke annealing temperatuur.
, 1e getekende figuur = GGC: klonen met type IIs endonuclease om DNA te knippen,
herkenningssite is niet palindromisch en enzymen knippen buiten herkenningssite.
Je kan vreemd DNA introduceren door te knippen met hetzelfde enzym en ligeren in de
vector.
De overhangen zijn gekozen, omdat ze compatibel moeten zijn om aan elkaar vast te hagen
(ligate).
+ knippen buiten herkenningsplaats, wanneer ze ligeren willen ze de herkenningsplaats niet
regenereren -> SCARLESS klonen: vector kan in 1 stap gedaan worden
2e getekende figuur BB: bestaat uit BB-delen = promotor, RBS, knip sequenties en terminators
deze behoren tot de restrictie enzym assembleer standaard, deze laat toe om specifieke
restrictie enzymen te gebruiken om te knippen en dan plakken van de individuele delen tot
een samengesteld deel. Herkenningsplaats kan geregenereerd worden dus een nieuwe
restrictie kan plaatsvinden. Door herhaling -> bouwen van een geheel systeem van
individuele blokken.
+ klassieke afhankelijk van identificeren van specifieke endonucleasen sites = case-by-case.
+ BB: gestandaardiseerd, modulair, robuust en herhaalbaar -> betrouwbaar.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller VDSA. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $27.35. You're not tied to anything after your purchase.
