Summary
Samenvatting alle leerdoelen week 8 uitgewerkt
- Course
- Institution
Top voor het leren voor het tentamen! Alle leerdoelen van week 8 (deel micro-organismen) uitgewerkt.
[Show more]
Seller
Follow
linarundberg
Content preview
Na het bestuderen van de leerstof van deze week moet je het volgendekunnen:
Uitleggen hoe het genetisch materiaal van een prokaryoot en eukaryoot van elkaar
verschillen qua structuur en verhouding coding versus non-coding
o Prokaryoot: heeft circulair DNA.
Vaak haploid.
Hebben plasmiden die onafhankelijk kunnen repliceren
Hebben een operon
o Eukaryoot: lineair DNA.
Replicatie en translatie zijn gescheiden.
Hebben intronen en exonen
Aangeven wat plasmiden zijn en voorbeelden noemen van eigenschappen die door
plasmiden worden gecodeerd
o Is circulair DNA wat onafhankelijk kan repliceren.
o Dragen eigenschappen die niet essentieel zijn voor de overleving van de bacterie
Antibiotica resistentie
Virulente genen
Symbiose
Metabolische routes pathways
Uitleggen wat de correlatie is tussen genoom grootte en het leven in verschillende niches
o Als het genoom van een bacterie groter is kan hij in meer niches overleven
Uitleggen wat we bedoelen met stam en serotype en hoe we bepalen of een bacteriestam
tot een bepaalde soort behoort
o Soort bepalen
Combineren van eigenschappen
Als de 16S rRNA genen identiek zijn of meer dan 95% gelijk
Als de huishoudengenen identiek zijn of meer dan 95% gelijk
o Hierdoor krijg je ook verschillende stammen
Door vergelijken van genoom
En combineren van eigenschappen
o Je kan ook verschillende serotypen krijgen
Gaat over antigenen die op het micro-organismen aanwezig zijn
Uitleggen hoe we coli-forme bacteriën identificeren met MacConkey medium
o Op het MacConckey agar zitten galzouten waat gram positieve niet op kunnen
groeien
o Vervolgens kijken naar de vergisting van lactose: alleen coliforme bacterien kunnen
dat.
Aangeven wat frameshift, nonsense, missense, silent mutaties zijn en voorbeelden noemen
van andere DNA-veranderingen
o Frameshift: het hele leesraam veranderd door een deletie of insertie
o Nonsene: zorgt voor een vroegtijdig stopcodon door een puntmutatie
o Missense: een verkeerd aminozuur
o Silent mutaties: codeerd voor zelfde aminozuur heeft geen gevolg.
Aangeven hoe we horizontale genoverdracht in een genoom sequentie kunt herkennen
o Het gen kan sterk overeenkomen met een soort die ver weg ligt in de fylogenie
o Als het gen een ander G/C gehalte of codon gebruikt dan in de rest van het genoom
o Als ze sterk lijken op restanen van mobiele elementen
o Genomic islands: groot stuk van het chromosoom is waarschijnlijk verkregen door
HGZ
, Uitleggen wat een pan genoom en een core genoom is
o Pan genoom: alle genen die in een soort voorkomt. Neemt toe naarmate je
sequenst.
o Core genoom: alle genen die in iedere stam aanwezig zijn. Hoe meer je sequenct hoe
kleiner het genoom
Uitleggen wat we verstaan onder genoomplasticiteit en de mechanismen die daarbij een rol
spelen
o Het genoom kan veranderen van grootte en van inhoud. Het is een optimalisatie van
het genoom aan de hand van mutaties, recombinaties en duplicatie
o Mechanismen
Genoom reductie: er vindt een deletie plaats (genoom wordt kleiner)
Horizontale genoverdracht
Conjugatie (cel-cel contact via pili)
Transductie (DNA-overdracht via fagen)
Transformatie (opname van los DNA)
De verschillende niveaus van regulatie kunnen aangeven en uitleggen de verschillen tussen
prokaryoten en eukaryoten
o Prokaryoot: heeft 1 compartiment dus de transcriptie en translatie kan tegelijk
gebeuren en is 1 proces.
Ze hebben een promotor, operon en repressor
Meerdere genen achter 1 promotor
o Eukaryoot: heeft verschillende compartimenten dus transcriptie en translatie is
apart.
Processing mRNA: capping, splicing.
Intronen en exonen
De stappen van de levenscyclus van Myxobacterium xanthus beschrijven
o Gram negatieve bacterie heeft een groot genoom en is een predator.
o Vegatieve groei. Ze jagen samen.
o Nutriententekort
Aggregaten
Differentiatie
Endosporen (cellen komen in een rustfase en kunnen overleven)
Aangeven welke vormen van beweging er zijn en welke organellen daarbij een rol spelen
o Ze bewegen met type 4 pili en ze hebben een soort slijm waardoor ze makkelijker
glijden.
o Ze bewegen voor- en achteruit.
Uitleggen hoe we processen bestuderen door middel van (random) mutanten
o Door random genen uit te schakelen kun je vervolgens zien welk gen er invloed op
heeft.
De drie manieren van horizontale DNA-overdracht noemen, vergelijken en herkennen
o Transformatie: de opname van DNA uit de omgeving
Als er een cel dood is gegaan kan de inhoud nog in de omgeving zijn.
Ontvangende cel kan dat fragment opnemen.
Het kan verloren gaan of het kan gaan repliceren of recombineren (stukje
wordt opgenomen in DNA van de ontvangende cel)
o Conjugatie: cel-cel contact
Gaat vaak over plasmiden
De cel met de plasmiden is de F+ cel en de ontvangende cel is de F- cel. F is
de factor.
Er wordt een brug van pili gemaakt door de donorcel. Tra genen.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller linarundberg. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $5.67. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
48756 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 15 years now