Volledige samenvatting van het vak Biochemie, gegeven door prof. Van Lint. Dit vak is een onderdeel van het overkoepelende vak "Biochemie en Moleculaire Biologie".
Samenvating gemaakt aan de hand van de slides, hoorcolleges en het boek.
Met deze samenvatting haalde ik een 18/20!
Biochemie Biochemie
Hoofdstuk 1: Biomoleculen
Inleiding:
- Karakter/ eigenschappen van biomoleculen wordt bepaald door de aanwezige functionele groepen van
het molecule
- De vorm/opvouwing van de molecule is ook heel belangrijk voor de werking van de biomolecule
o Stereo-isomeren: R en S vormen hebben zelfde opbouw maar andere ruimtelijke
structuur → binden op andere receptoren → andere werking
o Thalidomide: R-vorm in geneesmiddelen tegen ochtendmisselijkheid, maar S-vorm was
schadelijk → misvormde ledematen bij “softenon” kinderen
o Carvone: R-vorm heeft pepermunt smaak, S-vorm heeft smaak van karwijzaden
o Aspartaam: R-vorm heeft zoete smaak, S-vorm heeft bittere smaak
Aminozuren:
- Bestaat uit een centrale C atoom gebonden met een H, amine groep & carboxylgroep
- Plaats van C beschrijven adhv
o Cijfers: tellen vanaf -COOH
o Griekse letters: tellen vanaf centrale C
- In ons lichaam: enkel L-aminozuren; bacteriën kunnen voor korte aminozuurketens ook D-aminozuren
aanmaken
- 20 aminozuren + kenmerken => VAN BUITEN KENNEN
o pKa,COOH rond 2
o pKa,NH3 rond 9-10
Aminozuur Afkorting pKa,R Eigenschappen
Niet-polaire, - inert door alifatisch karakter
alifatische R-groepen - zijketens zijn hydrofoob → gaan zo samen clusteren → opplooien proteïne
- geen functionele groepen
Glycine Gly, G - niet asymmetrisch, 2 H
- veel Gly naast elkaar → flexibel
- kleine R-groep → veel rotatie
- flexibiliteit belangrijk voor opvouwing proteïne
Alanine Ala, A In vitro mutagenese
= onderzoeken van welk aminozuur voor bepaalde eigenschap
zorgt: de codon voor dat aminozuur vervangen door die van alanine
→ equivalent van ‘afgeknipte’ zijketen
Valine Val, V
Leucine Leu, L
Isoleucine Ile, I
, Methionine Met, M
Aromatische R- Absorberen licht → hieruit concentratie van eiwit in een vloeistof bepalen
groepen → licht door vloeistof met eiwitten, dit wordt geabsorbeerd, lichtintensiteit die hierna wordt
uitgestoten zal minder intens zijn → via detector meten
→ hoeveelheid eiwit bepalen adhv referentiestalen
Phenylalanine Phe, F - hydrofoob
- apolair
- weinig reactief
Tyrosine Tyr, Y 10 - OH → intermediair polair
- OH→ H-bruggen→ opvouwing eiwit
Fosforylatieplaats
= post-translationele modificatie waarbij fosfaatgroep wordt
aangehecht aan hydroxylgroep → negatieve lading
(afstoten/aantrekken)→ conformatieverandering → functie
verandering door andere vorm
Tryptofaan Trp, W - N → intermediair polair
- Zeldzaam in eiwitten
Polaire, ongeladen R-
groepen
Serine Ser, S - OH → polair
- Gefosforyleerd worden
Threonine Thr, T - H bruggen vormen
Cysteïne Cys, C 8 - SH groep → dissociëren en dus polair
- 2 aparte eiwitten die disulfidebrug vormen = cystine
- 2 cysteïnes in 1 keten die disulfidebrug vormen = belangrijke
factor in het opplooien van eiwitten
- Nucleofiele katalytische groep → enzym bindt aan molecule
doordat cysteïne een H afsplitst → elektronenverplaatsing
waardoor een ander deel afsplitst
Asparagine Asn, N - Amiden → polair
Glutamine Gln, Q - Vormen H-bruggen
Proline Pro, P - Zijketen uit centrale alfa-C gaat binden aan aminogroep
- Ring gevormd → geen rotatie
- Geen H-bruggen
- Knikvorming in keten
- Zowel trans als cis vorm is mogelijk, niet even gunstig
Positief geladen R-
groepen
Lysine Lys, K 10 - R-groep is een primaire amine
Histidine His, H 6 - Ringsluiting in zijketen
- pKa is redelijk neutraal → in een fysiologische pH gaat de
groep zowel geladen al ongeladen zijn
- Veelzijdige zijgroep (zowel donor als acceptor)
- Katalytisch aminozuur
Arginine Arg, R 12 - R-groep bevat guanidinogroep
Negatief geladen R-
groepen
Asparaginezuur Asp, D 4 - Op pH 7: volledig geïoniseerd → heel polair
(Aspartaat) - Negatieve R-groepen → carboxylgroep
Glutaminezuur Glu, E 4 - Heel goed binden met metalen en kationen door negatieve
o Families van basis sachariden → derivaten van basis vorm
Zure suikers: geoxideerd tot carboxylgroep (COO-)
Suikeralcoholen/ ketosuikers: reductie van carbonylgroep
Kunnen niet cycleren
Aminosuikers: aminogroep
Geacetyleerd (C=O)
Gefosforyleerd
Deoxy suikers: geen zuurstof waar je het zou verwachten
CH3 ipv CH2OH
, - Polysachariden = verbindingen tussen suikers
o Homo- of heteropolysachariden → vertakt of onvertakt, herhaling of complex
o Zetmeel en glycogeen
Homopolysachariden, opgebouwd uit glucose
Opslag van glucose in levende cellen → zetmeel: planten, glucose: dieren
Structuur glycogeen:
Maakt een knik tussen 2 glucoses → helix gevormd
Veel vertakkingen gevormd: korte takjes → veel uiteinden zodat het
enzym dat glycogeen afbreekt aan de uiteinden snel en veel tegelijk kan
doen → meer glucose vrijstellen
o Cellulose en chitine
Veel suikers lineair achter elkaar schakelen
Meerdere lagen gevormd, lopen dwars over elkaar
H-bruggen tussen moleculen in zelfde vlak + H-bruggen tussen moleculen van
een ander vlak → heel sterke structuur
o Peptidoglycans
In wand bacteriën: strengen die een harde laag rond het plasmamembraan van
de bacterie vormen
Osmolariteit niet regelen en dus heel hoog → osmose → water naar binnen →
bacterie barst
Door de wand kan er geen water door; als wand weg is → bacterie sterft
Elke molecule heeft een tetrapeptide die onderling zijn verbonden dmv 5
glycines → vast geketend aan elkaar → heel sterk
Verdedigingsmechanismen in natuur hiertegen:
In ons traanvocht secreteren wij een enzym lysozyme, dit kan de suikers
splitsen op die plaatsen van de tetrapeptiden
Schimmels produceren moleculen die het bacteriële enzym dat de wand
opbouwt afbreekt → wand niet synthetiseren waardoor ze deze wand
dus missen en barsten en doodgaan
o Glycosaminoglycans = polymeren van suikers die in duo’s voorkomen
Negatief geladen, zure aminosuikers (geacetyleerd of sulfaten)
Belangrijk onderdeel van extracellulaire matrix (ECM)
Een paar veel voorkomende:
1. Hyaluronzuur (HA)
- In het wit van het oog
- Heel viskeus → glijmiddel gewrichten
- Belangrijk bestanddeel van ECM: moeilijk doordringbaar voor
bacteriën → lokale infecties
- Sommige bacteriën produceren enzymen die deze strengen
afbreken → beter verspreiden door ECM
2. Chondroïtinesulfaat (CS)
- Chondros → gewricht
- Spansterkte in kraakbeen, pezen, ligamenten, wand aorta
3. Dermatansulfaat (DS)
- Derma → huid
- Plooibaarheid van de huis
- Ook in bloedvaten en hartkleppen
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller laurebrants. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $12.85. You're not tied to anything after your purchase.
