Complete samenvatting voor het vak genetica FLO. De relevante hoofdstukken van de boeken Butler en Campbell staan erin. De samenvatting is in het Nederlands getypte.
,Inhoud
Algemene kennis voor de cursus...........................................................................................................3
DNA Extraction Methods (Butler H.2)................................................................................................3
Non-Human DNA (Butler H.16)..........................................................................................................5
Nucleic acids and inheritance (campbell H.16)..................................................................................5
Genomes vary in size number of genes, and gene density (Campbell H.20.3)...................................9
Les 1: DNA amplificatie & PCR.............................................................................................................10
PCR Amplification: Capabilities and Cautions (Butler H.4)...............................................................10
DNA sequencing and DNA cloning are valuable tools for genetic engineering and biological inquiry
(Campbell H.19.1)............................................................................................................................13
Les 2: Primer design en Biodatabases..................................................................................................15
PCR Primer Design Guidelines
(http://www.premierbiosoft.com/tech_notes/PCR_Primer_Design.html)......................................15
PCR Amplification: Capabilities and Cautions (Butler, H.4)..............................................................17
Scientists use bioinformatics to analyze genomes and their functions (Campbell, H.20.2).............18
Les 3: restrictie enzymen.....................................................................................................................19
Les 4: Forensische DNA markers..........................................................................................................19
Short Tandem Repeat (STR) Loci and Kits (Butler H.5).....................................................................19
Single nucleotide polymorphisms and applications (Butler, H.12)...................................................20
Y-Chromosome DNA Testing (Butler, H.13).....................................................................................21
Mitochondrial DNA Analysis (Butler, H.14)......................................................................................21
Les 5: Ouderschapsonderzoek en Forensische identificatie.................................................................23
Familial DNA searches: potential, pitfalls and privacy concenrns (Butler, A.2)................................23
23.2 The Hardy-Weinberg equation can be used to test whether a population is evolving............23
, Algemene kennis voor de cursus
DNA Extraction Methods (Butler H.2)
Purpose of DNA extraction
- Scheiden van DNA door eiwitten en andere celmaterialen weg te halen die de PCR analyse
zouden kunnen beïnvloeden.
- Na extractie dient er een stabiele vloeistof met DNA aanwezig te zijn die voor lange tijd goed
houdbaar is.
- Doelen:
1. Lyceren van cellen zodat DNA vrijkomt.
2. Het scheiden van de DNA cellen van al het andere celmateriaal.
3. Het isoleren van het DNA in een oplossing waarmee het gebruikt kan worden met de PCR
- Met alle monsters moet veilig gewerkt worden om contaminatie te voorkomen. Vaak
worden daarom verschillende monsters op verschillende tijdstippen behandeld en soms
zelfs op verschillende locaties.
- Geëxtraheerd DNA wordt opgeslagen in -20 en -80 graden om nuclease activiteit te
voorkomen.
- Nuclease activiteit kan ook voorkomen worden door de magnesium weg te halen met EDTA
korrels.
PCR inhibitors and DNA degredation
- De meest voorkomende PCR remmers zijn hemoglobine en ‘indigo dyes’ van een jeans.
- In haar monsters is melanine een PCR remmer voor mitochondriaal onderzoek.
- De remmers binden vaak aan de actieve kant van taq DNA polymerase, hierdoor neemt een
goede werking af.
- Warmte en vocht versnellen hydrolytische eigenschappen = degradatie DNA
- UV-straling kan leiden tot crosslinking van thymine nucleotide.
Early Techniques Used For DNA Extraction
Organic (phenol-chloroform) extraction
- Natrium dodecylsulfaat (SDS) en proteinase K worden toegevoegd om het celmembraan
open te breken en breken vervolgens ook de eiwitten af die het DNA beschermen wanneer
in chromosomale vorm.
- Vervolgens wordt een phenol/chloroform mengsel toegevoegd om de eiwitten te scheiden
van het DNA.
- Na centrifuge kan DNA uit de meer waterige kant (chloroform) worden gehaald.
- Deze methode werkt goed voor amplificatie van grote DNA sequenties, maar kost veel tijd,
grotere kans om contaminatie en materialen/chemicaliën.
Chelex extractie
- Chelex is een ion-overdragende stof die wordt toegevoegd aan een DNA monster.
- Chelex bestaat uit styreen divinylbenzeen copolymeren die ook gepaarde iminodiacetaat
ionen bevatten deze reageren als chelaatvormers voor het binden van metal ionen, zoals
magnesium.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller jensvisser. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $8.02. You're not tied to anything after your purchase.
