Summary
Samenvatting Ontwikkeling deeltoets 2 (hc + wat van boek)
- Course
- Institution
Uitgebreide samenvatting van de hoorcolleges en wat extra naslagwerk uit het boek
[Show more]
Seller
Follow
xfemkel
Reviews received
Content preview
Deeltoets 2Ontwikkelingsbiologie
Hoofdstuk 8: Celdifferentiatie en stamcellen
- Verandering is progressief en komt door genexpressie
- Wanneer cellen eenmaal terminaal zijn gedifferentieerd, is de structuur zichtbaar
veranderd en is er geen verandering van die cellen meer in andere celtypen
- Volgorde van belangrijkheid volgens Inge The
1) Bevruchting
2) Zygotysche transcriptie
3) Gastrulatie
1: Gedifferentieerde celtypen
- De mens heeft 200 verschillende celtypen met allemaal een andere structuur
o Neuron en epitheelcel hebben bvb allebei een polariteit dankzij de PAR-genen
(bepalen polariteit cel), maar zijn wel anders in eiwit
- Dankzij DNA-microarray en RNA-sequencing weten we dat ongeveer 10% van de actieve
genen nodig zijn bij celfate of celdifferentiatie
- De extracellulaire signalen bepalen de celdifferentiatie: ze zijn selectief
o Aantal opties is gelimiteerd
o Signaal hangt af van ontwikkelingshistorie van organisme
- Gedifferentieerde cellen hebben geen/beperkte celdeling
2: Klein aantal genen/TF specifiëren verschillende cellen
- Er zijn maar een klein aantal genen of TF, maar toch vele soorten cellen. Wat het celtype
wordt ligt aan de combinatie van de expressie van genen = spatio-temporeel
- Één enkel gen kan ook de celfate bepalen, die staat dan aan de top van de translatie
hiërarchie. Dit heet een master regulatory gen
- Sommige genen worden dus in meerdere weefsels gebruikt!
Deel uit hfdstk 1: genexpressie
- Een gen bevat;
o Controle regio
Promotor aan altijd de 5’
Enhancer: waar DNA-bindende eiwitten aan binden
, Aan de sequenties van enhancers/controle regio’s kunnen eiwitten binden
die activators of repressors zijn. Co-activators en co-respressor binden dan
die eiwitten aan het TIC
o Coderende regio
Intronen
Exonen
o Niet-vertaalde regio
Aan de 5’ én 3’ kant (5’UTR en 3’UTR uit mijn hoofd)
Ook wordt 3’ vaak meegenomen in het DNA; hier kan miRNA aan binden. 5’
wordt niet meegenomen
- Als je een weefsel in een ander weefsel tot expressie wil laten brengen, moet je de
specifieke controle regio’s verplaatsen. Aan deze regio’s binden;
o Promotor
Algemene TF
RNA-polymerase II
- De algemene TF en RNA-polymerase II vormen samen het transcriptie-initiatie complex
(TIC)
- De activators en repressors kunnen als co-repressor of co-activator binden aan de TIC
- Er bestaan ook mediators
o Zijn multi-e iwit complexen
o De mediator verbindt de activators of repressors (met de co-facotren) met RNA-pol
II; het zit ertussen
- De controle regio kan aan de 5’ of aan de 3’ kant zijn. Het kunnen ook een paar eiwitten,
maar ook duizenden eiwitten zijn: looping DNA
4: Regulatie van genexpressie
- Unieke combinatie van TF in de tijd en ruimte zorgen voor de expressie van een gen
- Dit is spatio-temporale expressie
Voorbeeld: Eve-gen
- Even-skipped wordt gereguleerd door Gapgenen en maternale genen
(elke streep komt door een ander gen)
- In het vroege embryo komt eve-gen tot expressie als 7 strepen
- Het late embryo in de spier (het hart)
- Komt door verschillende TF die tot expressie komen in vroege vs.
, late embryo
- Die combinatie van TF bepaalt de expressiepatronen van Eve
- De TF onderaan afbeelding komen niet tot expressie in vroege embryo!
Alleen in het late embryo!
6: Een enkele TF kan de expressie van verschillende genen reguleren
- Dit kan een TF op een positieve of negatieve manier
- Activatie van een gen omvat een unieke combi van TF
- Activatie van een gen hangt af van;
o Aanwezige combinaties van TF
o Het niveau van TF
o Of de TF betrokken is met een co-activator of co-repressor
- Er is verschil in niveaus van activatie
Topologically associated domains (TADs)
- Als het DNA meer gevouwen is, is het donkerder van kleur
- Chromatine kan gevouwen worden en gelooped worden: dit zijn topologically associated
domains (TADs)
- Aflezen;
o Hoe donkerder de kleur = hoe meer bepakt, hoe meer vouwing
o Hoe hoger de punt van de pyramide = hoe complexer de vouwing
- TADs worden gescheiden door regio’s met weinig interactie
- De grenzen worden bepaald door grote complexen (de bolletjes) en die heten CTFT: een
DNA-bindingseiwit met een rol in de vouwing van chromatine
- Een hoxgen cluster ligt tussen twee TADs in; 3’ TAD en de 5’ TAD
- De controle-elementen (enhancers) voor HoxA liggen in een TAD
o De genexpressie wordt gereguleerd door het vouwen en ontvouwen van chromatine
o Het laatste gen is HoxA 13: die zet de A-genen uit
Genexpressie gaat van 5’ naar 3’
Hoxgenen van 3’ naar 5’
, 8: Sequentiele expressie van genen in een Hoxcluster
- Muis dag 6
o Chromatine is gecondenseerd (is dus erg gevouwen)
o Er zijn vooral remmende histonmarkers. DNA is dus niet naakt, maar gewonden om
de histonen. De histonen bevatten markeringen die het DNA strak laten winden
(remmend) of losjes. Op dag 6 dus vooral de remmende
- Muis dag 7.4
o Wnt-signalering zorgt dat chromatine opent, het DNA ontvouwt. Daardoor kan het
eerste gen van Hox1 cluster worden afgeschreven. Dit gaat door
Van A P, in volgorde van de lichaamsas
o Histonen krijgen andere markeringen en er worden activerende enhancers
geactiveerd (i.p.v. de remmende) die reageren op WNT
- Er is progressieve decondensatie van chromatine
- Muis dag 10
o Het laatste gen, Hoxa13 komt tot expressie en zet de anteriore Hoxgenen uit
Benaming DNA voor transcriptie
- Heterochromatine
o Dik bepakt en donker van kleur
o Minder genexpressie mogelijk
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller xfemkel. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $11.77. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
50843 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now